From 42720d930577da8bcebe7fd6bf06aca71bcfe31a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Senthilkumar Panneerselvam Date: Tue, 19 Mar 2024 09:54:31 +0100 Subject: [PATCH] use official docker images to build --- Dockerfiles/Dockerfile | 19 ++++++++++++++++--- .../influenza_quantification/_index.md | 2 +- 2 files changed, 17 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/Dockerfiles/Dockerfile b/Dockerfiles/Dockerfile index 33908ba50..a8fa2fc6a 100644 --- a/Dockerfiles/Dockerfile +++ b/Dockerfiles/Dockerfile @@ -1,8 +1,21 @@ -FROM klakegg/hugo:0.104.3-ubuntu-onbuild AS build +# Use alpine Linux, download desired version of HUGO and build html files +FROM alpine:3.19.1 AS build +RUN apk add --no-cache wget=1.21.4-r0 +ARG HUGO_VERSION="0.123.7" +RUN wget --quiet "https://github.com/gohugoio/hugo/releases/download/v${HUGO_VERSION}/hugo_${HUGO_VERSION}_Linux-64bit.tar.gz" && \ + tar xzf hugo_${HUGO_VERSION}_Linux-64bit.tar.gz && \ + rm -r hugo_${HUGO_VERSION}_Linux-64bit.tar.gz && \ + mv hugo /usr/bin && \ + chmod 755 /usr/bin/hugo +WORKDIR /src +COPY ./ /src +RUN mkdir /target && \ + hugo -d /target +# Serve the generated html using nginx FROM nginxinc/nginx-unprivileged:alpine -RUN sed -i '3 a\ absolute_redirect off;' /etc/nginx/conf.d/default.conf -RUN sed -i 's/#error_page 404/error_page 404/' /etc/nginx/conf.d/default.conf +RUN sed -i '3 a\ absolute_redirect off;' /etc/nginx/conf.d/default.conf && \ + sed -i 's/#error_page 404/error_page 404/' /etc/nginx/conf.d/default.conf COPY --from=build /target /usr/share/nginx/html EXPOSE 8080 diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/influenza_quantification/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/influenza_quantification/_index.md index 06ca661af..3b2a89d96 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/influenza_quantification/_index.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/influenza_quantification/_index.md @@ -80,6 +80,6 @@ För de flesta städer som representeras på den här sidan används flödeskomp Det virala genomiska materialet från de insamlade proverna extraheras med en metod som använder Maxwell RSC Enviro TNA-kitet (Promega). -Absolut kvantifiering av antalet kopior av influensa A- och B-virusgenom görs med metoden One-Step RT-qPCR och Flu SC2 Multiplex-testet från Centers for Disease Control and Prevention (CDC). För att korrigera för variation i population och avloppsvattenflöde kvantifieras förekomsten av viruset pepper mild mottle virus (PMMoV), ett växtvirus från peppar som människor får i sig via maten. PMMoV kvantifieras med hjälp av en modifierad version av testet i [Zhang et al. (2006)](<(https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040003)>). PMMoV är det vanligaste RNA-viruset i avföring från människa och används för att uppskatta mängden avföring från människa i avloppsvattenprover ([Symonds et al., 2019](<(https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007639)>)). +Absolut kvantifiering av antalet kopior av influensa A- och B-virusgenom görs med metoden One-Step RT-qPCR och Flu SC2 Multiplex-testet från Centers for Disease Control and Prevention (CDC). För att korrigera för variation i population och avloppsvattenflöde kvantifieras förekomsten av viruset pepper mild mottle virus (PMMoV), ett växtvirus från peppar som människor får i sig via maten. PMMoV kvantifieras med hjälp av en modifierad version av testet i [Zhang et al. (2006)](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040003). PMMoV är det vanligaste RNA-viruset i avföring från människa och används för att uppskatta mängden avföring från människa i avloppsvattenprover [Symonds et al., (2019)](https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007639). Data som presenteras i grafen visar förhållandet mellan det kopieantal som uppmätts med Flu SC2 Multiplex-testet och PMMoV-testet, multiplicerat med 1000. Resultat från Flu SC2 Multiplex-testet är en proxy för mängden influensa A- och B-virus i avloppsvattnet och PMMoV är en proxy för mängden avföring från människa i avloppsvattnet. Detta förhållande kan i sin tur anses vara en proxy för andelen influensa A- och B-infektioner i populationen i avloppsvattnets upptagningsområde.