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;;; seqel-genetic-code.el --- Store tables of genetic code -*- lexical-binding: t -*-
;; Copyright (C) 2021 Zech Xu
;; Author: Zech Xu
;; Version: 1.0
;; License: BSD-3
;; URL: https://github.com/RNAer/seqel
;;; Commentary:
;; The translation tables are downloaded from
;; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi
;;; Code:
(defun seqel-genetic-code-table (n)
"Return tranlation table.
N is an integer to set the translation table that
can be downloaded from URL
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi"
(cond ((eq n 1) ; standard genetic code
;; 1st: codon
;; 2nd: amino acid
;; 3rd: start codon
'(("TTT" ?F -)
("TTC" ?F -)
("TTA" ?L -)
("TTG" ?L M)
("TCT" ?S -)
("TCC" ?S -)
("TCA" ?S -)
("TCG" ?S -)
("TAT" ?Y -)
("TAC" ?Y -)
("TAA" ?* -) ; stop codon
("TAG" ?* -)
("TGT" ?C -)
("TGC" ?C -)
("TGA" ?* -)
("TGG" ?W -)
("CTT" ?L -)
("CTC" ?L -)
("CTA" ?L -)
("CTG" ?L M)
("CCT" ?P -)
("CCC" ?P -)
("CCA" ?P -)
("CCG" ?P -)
("CAT" ?H -)
("CAC" ?H -)
("CAA" ?Q -)
("CAG" ?Q -)
("CGT" ?R -)
("CGC" ?R -)
("CGA" ?R -)
("CGG" ?R -)
("ATT" ?I -)
("ATC" ?I -)
("ATA" ?I -)
("ATG" ?M M)
("ACT" ?T -)
("ACC" ?T -)
("ACA" ?T -)
("ACG" ?T -)
("AAT" ?N -)
("AAC" ?N -)
("AAA" ?K -)
("AAG" ?K -)
("AGT" ?S -)
("AGC" ?S -)
("AGA" ?R -)
("AGG" ?R -)
("GTT" ?V -)
("GTC" ?V -)
("GTA" ?V -)
("GTG" ?V -)
("GCT" ?A -)
("GCC" ?A -)
("GCA" ?A -)
("GCG" ?A -)
("GAT" ?D -)
("GAC" ?D -)
("GAA" ?E -)
("GAG" ?E -)
("GGT" ?G -)
("GGC" ?G -)
("GGA" ?G -)
("GGG" ?G -)))
((eq n 2) ; Vertebrate Mitochondrial Code
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?-)
("TTG" ?L ?-)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?* ?-)
("TAG" ?* ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?W ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?L ?-)
("CTC" ?L ?-)
("CTA" ?L ?-)
("CTG" ?L ?-)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?M)
("ATC" ?I ?M)
("ATA" ?M ?M)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
("AAC" ?N ?-)
("AAA" ?K ?-)
("AAG" ?K ?-)
("AGT" ?S ?-)
("AGC" ?S ?-)
("AGA" ?* ?-)
("AGG" ?* ?-)
("GTT" ?V ?-)
("GTC" ?V ?-)
("GTA" ?V ?-)
("GTG" ?V ?M)
("GCT" ?A ?-)
("GCC" ?A ?-)
("GCA" ?A ?-)
("GCG" ?A ?-)
("GAT" ?D ?-)
("GAC" ?D ?-)
("GAA" ?E ?-)
("GAG" ?E ?-)
("GGT" ?G ?-)
("GGC" ?G ?-)
("GGA" ?G ?-)
("GGG" ?G ?-)))
((eq n 3) ; Yeast Mitochondrial Code
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?-)
("TTG" ?L ?-)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?* ?-)
("TAG" ?* ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?W ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?T ?-)
("CTC" ?T ?-)
("CTA" ?T ?-)
("CTG" ?T ?-)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?-)
("ATC" ?I ?-)
("ATA" ?M ?M)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
("AAC" ?N ?-)
("AAA" ?K ?-)
("AAG" ?K ?-)
("AGT" ?S ?-)
("AGC" ?S ?-)
("AGA" ?R ?-)
("AGG" ?R ?-)
("GTT" ?V ?-)
("GTC" ?V ?-)
("GTA" ?V ?-)
("GTG" ?V ?-)
("GCT" ?A ?-)
("GCC" ?A ?-)
("GCA" ?A ?-)
("GCG" ?A ?-)
("GAT" ?D ?-)
("GAC" ?D ?-)
("GAA" ?E ?-)
("GAG" ?E ?-)
("GGT" ?G ?-)
("GGC" ?G ?-)
("GGA" ?G ?-)
("GGG" ?G ?-)))
;; Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and
;; the Mycoplasma/Spiroplasma Code
((eq n 4)
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?M)
("TTG" ?L ?M)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?* ?-)
("TAG" ?* ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?W ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?L ?-)
("CTC" ?L ?-)
("CTA" ?L ?-)
("CTG" ?L ?M)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?M)
("ATC" ?I ?M)
("ATA" ?I ?M)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
("AAC" ?N ?-)
("AAA" ?K ?-)
("AAG" ?K ?-)
("AGT" ?S ?-)
("AGC" ?S ?-)
("AGA" ?R ?-)
("AGG" ?R ?-)
("GTT" ?V ?-)
("GTC" ?V ?-)
("GTA" ?V ?-)
("GTG" ?V ?M)
("GCT" ?A ?-)
("GCC" ?A ?-)
("GCA" ?A ?-)
("GCG" ?A ?-)
("GAT" ?D ?-)
("GAC" ?D ?-)
("GAA" ?E ?-)
("GAG" ?E ?-)
("GGT" ?G ?-)
("GGC" ?G ?-)
("GGA" ?G ?-)
("GGG" ?G ?-)))
((eq n 5)
;; Invertebrate Mitochondrial Code
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?-)
("TTG" ?L ?M)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?* ?-)
("TAG" ?* ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?W ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?L ?-)
("CTC" ?L ?-)
("CTA" ?L ?-)
("CTG" ?L ?-)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?M)
("ATC" ?I ?M)
("ATA" ?M ?M)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
("AAC" ?N ?-)
("AAA" ?K ?-)
("AAG" ?K ?-)
("AGT" ?S ?-)
("AGC" ?S ?-)
("AGA" ?S ?-)
("AGG" ?S ?-)
("GTT" ?V ?-)
("GTC" ?V ?-)
("GTA" ?V ?-)
("GTG" ?V ?M)
("GCT" ?A ?-)
("GCC" ?A ?-)
("GCA" ?A ?-)
("GCG" ?A ?-)
("GAT" ?D ?-)
("GAC" ?D ?-)
("GAA" ?E ?-)
("GAG" ?E ?-)
("GGT" ?G ?-)
("GGC" ?G ?-)
("GGA" ?G ?-)
("GGG" ?G ?-)))
((eq n 6)
;; Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?-)
("TTG" ?L ?-)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?Q ?-)
("TAG" ?Q ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?* ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?L ?-)
("CTC" ?L ?-)
("CTA" ?L ?-)
("CTG" ?L ?-)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?-)
("ATC" ?I ?-)
("ATA" ?I ?-)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
("AAC" ?N ?-)
("AAA" ?K ?-)
("AAG" ?K ?-)
("AGT" ?S ?-)
("AGC" ?S ?-)
("AGA" ?R ?-)
("AGG" ?R ?-)
("GTT" ?V ?-)
("GTC" ?V ?-)
("GTA" ?V ?-)
("GTG" ?V ?-)
("GCT" ?A ?-)
("GCC" ?A ?-)
("GCA" ?A ?-)
("GCG" ?A ?-)
("GAT" ?D ?-)
("GAC" ?D ?-)
("GAA" ?E ?-)
("GAG" ?E ?-)
("GGT" ?G ?-)
("GGC" ?G ?-)
("GGA" ?G ?-)
("GGG" ?G ?-)))
((eq n 9)
;; The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?-)
("TTG" ?L ?-)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?* ?-)
("TAG" ?* ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?W ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?L ?-)
("CTC" ?L ?-)
("CTA" ?L ?-)
("CTG" ?L ?-)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?-)
("ATC" ?I ?-)
("ATA" ?I ?-)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
("AAC" ?N ?-)
("AAA" ?N ?-)
("AAG" ?K ?-)
("AGT" ?S ?-)
("AGC" ?S ?-)
("AGA" ?S ?-)
("AGG" ?S ?-)
("GTT" ?V ?-)
("GTC" ?V ?-)
("GTA" ?V ?-)
("GTG" ?V ?M)
("GCT" ?A ?-)
("GCC" ?A ?-)
("GCA" ?A ?-)
("GCG" ?A ?-)
("GAT" ?D ?-)
("GAC" ?D ?-)
("GAA" ?E ?-)
("GAG" ?E ?-)
("GGT" ?G ?-)
("GGC" ?G ?-)
("GGA" ?G ?-)
("GGG" ?G ?-)))
((eq n 10)
;; The Euplotid Nuclear Code
'(("TTT" ?F ?-)
("TTC" ?F ?-)
("TTA" ?L ?-)
("TTG" ?L ?-)
("TCT" ?S ?-)
("TCC" ?S ?-)
("TCA" ?S ?-)
("TCG" ?S ?-)
("TAT" ?Y ?-)
("TAC" ?Y ?-)
("TAA" ?* ?-)
("TAG" ?* ?-)
("TGT" ?C ?-)
("TGC" ?C ?-)
("TGA" ?C ?-)
("TGG" ?W ?-)
("CTT" ?L ?-)
("CTC" ?L ?-)
("CTA" ?L ?-)
("CTG" ?L ?-)
("CCT" ?P ?-)
("CCC" ?P ?-)
("CCA" ?P ?-)
("CCG" ?P ?-)
("CAT" ?H ?-)
("CAC" ?H ?-)
("CAA" ?Q ?-)
("CAG" ?Q ?-)
("CGT" ?R ?-)
("CGC" ?R ?-)
("CGA" ?R ?-)
("CGG" ?R ?-)
("ATT" ?I ?-)
("ATC" ?I ?-)
("ATA" ?I ?-)
("ATG" ?M ?M)
("ACT" ?T ?-)
("ACC" ?T ?-)
("ACA" ?T ?-)
("ACG" ?T ?-)
("AAT" ?N ?-)
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