Add sterf protocole with export + synthese (#56)

* Add sterf protocole * ignore DS_Store --------- Co-authored-by: Amandine <[email protected]>
PnX-SI · Nov 25, 2024 · f6024d1 · f6024d1
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diff --git a/.DS_Store b/.DS_Store
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -1,2 +1,4 @@
 .vscode
-custom.json
+custom.json
+
+.DS_Store
diff --git a/sterf/config.json b/sterf/config.json
@@ -0,0 +1,15 @@
+{
+  "tree": {
+    "module": {
+      "site": {
+        "visit": {
+          "observation": null
+        }
+      }
+    }
+  },
+  "data": {
+    "nomenclature": ["TYPE_SITE", "METH_DETERMIN"],
+    "user": ["__CODE_LIST_INVENTOR", "__CODE_LIST_OBSERVER"]
+  }
+}
diff --git a/sterf/exports/csv/export_csv.sql b/sterf/exports/csv/export_csv.sql
@@ -0,0 +1,64 @@
+------- Export des observations STERF ----------
+DROP VIEW  IF EXISTS gn_monitoring.v_export_sterf_standard;
+CREATE OR REPLACE VIEW gn_monitoring.v_export_sterf_standard AS 
+   SELECT
+   -- identifiant unique
+   o.uuid_observation AS uuid_observation,
+   -- Site et variables associées
+   s.base_site_name AS nom_transect,
+   st_astext(s.geom) AS wkt_transect,
+   st_x(st_centroid(s.geom_local)) AS x_centroid_local,
+   st_y(st_centroid(s.geom_local)) AS y_centroid_local,
+   s.altitude_min AS altitude_min,
+   s.altitude_max AS altitude_max,
+  	com.communes,
+   nullif(sc.data::json ->> 'tirage_site', 'null') AS tirage_site,
+   nullif(sc.data::json ->> 'habitat_1', 'null') AS habitat_1,
+   nullif(sc.data::json ->> 'habitat_2', 'null') AS habitat_2,
+   nullif(sc.data::json ->> 'habitat_3', 'null') AS habitat_3,    
+   nullif(sc.data::json ->> 'habitat_4', 'null') AS habitat_4,
+   -- Informations sur la visite
+   v.id_dataset, 
+   d.dataset_name AS jeu_de_donnees,
+   v.uuid_base_visit AS uuid_visite,
+   v.visit_date_min AS date_visite,
+   nullif(vc.data::json ->> 'duration', 'null') AS duree_parcours,
+   obs.observers,
+   nullif(vc.data::json ->> 'start_time', 'null') AS heure_debut,
+   nullif(vc.data::json ->> 'meteo_cond', 'null') AS conditions_meteo,
+   nullif(vc.data::json ->> 'temperature', 'null') AS temperature,
+   nullif(vc.data::json ->> 'vent', 'null') AS vent,
+   nullif(vc.data::json ->> 'ennuagement', 'null') AS ennuagement,
+   v.comments AS commentaire_visite,
+   -- Informations sur l'observation
+   o.cd_nom AS cd_nom,
+   t.lb_nom AS nom_latin,
+   t.nom_vern AS nom_francais,
+   r.prenom_role||' '||r.nom_role AS determinateur,
+   nullif(oc.data::json ->> 'count_min', 'null') AS count_min,
+   nullif(oc.data::json ->> 'count_max', 'null') AS count_max,
+   ref_nomenclatures.get_nomenclature_label(nullif(json_extract_path(oc.data::json,'id_nomenclature_determination_method')::text,'null')::integer, 'fr') AS methode_determ,
+   o.comments AS commentaire_obs
+FROM gn_monitoring.t_observations o
+JOIN gn_monitoring.t_observation_complements oc ON oc.id_observation = o.id_observation
+JOIN gn_monitoring.t_base_visits v ON o.id_base_visit = v.id_base_visit
+JOIN gn_monitoring.t_visit_complements vc ON v.id_base_visit = vc.id_base_visit
+JOIN gn_monitoring.t_base_sites s ON s.id_base_site = v.id_base_site
+JOIN gn_monitoring.t_site_complements sc ON sc.id_base_site = s.id_base_site
+JOIN gn_commons.t_modules m ON m.id_module = v.id_module
+JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = o.cd_nom 
+LEFT JOIN gn_meta.t_datasets d ON d.id_dataset=v.id_dataset 
+LEFT JOIN LATERAL (select string_agg(la.area_name, ', ') AS  communes
+   FROM ref_geo.l_areas la
+   JOIN ref_geo.bib_areas_types bat ON la.id_type = bat.id_type
+   JOIN gn_monitoring.cor_site_area csa ON csa.id_area = la.id_area
+   WHERE bat.type_code='COM'
+   AND csa.id_base_site = s.id_base_site) AS com ON true
+LEFT JOIN LATERAL ( SELECT array_agg(r.id_role) AS ids_observers,
+   string_agg(concat(r.nom_role, ' ', r.prenom_role, ' (',org.nom_organisme,') '), ' ; '::text) AS observers
+   FROM gn_monitoring.cor_visit_observer cvo
+   JOIN utilisateurs.t_roles r ON r.id_role = cvo.id_role
+   LEFT JOIN utilisateurs.bib_organismes org ON org.id_organisme =r.id_organisme
+   WHERE cvo.id_base_visit = v.id_base_visit) obs ON true
+LEFT JOIN utilisateurs.t_roles r ON nullif(json_extract_path(oc.data::json,'determiner')::text,'null')::integer = r.id_role
+WHERE m.module_code = 'sterf';
diff --git a/sterf/img.jpg b/sterf/img.jpg
diff --git a/sterf/module.json b/sterf/module.json
@@ -0,0 +1,7 @@
+{
+    "module_label":"Suivi Temporel des Rhopalocères de France",
+    "module_desc":"Module de saisie du protocole STERF",
+    "export_csv": [
+      { "label": "Format observations CSV", "type":"csv" , "method": "standard" }
+    ]
+}
diff --git a/sterf/nomenclature.json b/sterf/nomenclature.json
@@ -0,0 +1,18 @@
+{
+  "types": [
+    {
+      "mnemonique": "TYPE_SITE",
+      "label_default": "Type de sites",
+      "definition_default": "Nomenclature des types de sites suivi dans gn_monitoring."
+    }
+  ],
+  "nomenclatures": [
+    {
+      "type": "TYPE_SITE",
+      "cd_nomenclature": "STERF",
+      "mnemonique": "Site_STERF",
+      "label_default": "Site STERF",
+      "definition_default": "Site de relevé du protocole STERF"
+    }
+  ]
+}
diff --git a/sterf/observation.json b/sterf/observation.json
@@ -0,0 +1,58 @@
+{
+  "display_properties": [
+    "cd_nom",
+    "id_nomenclature_determination_method",
+    "determiner",
+    "count_min",
+    "count_max",
+    "comments"
+  ],
+  "display_list": [
+    "cd_nom",
+    "id_nomenclature_determination_method",
+    "count_min",
+    "count_max"
+  ],
+  "keep": [
+   "determiner",
+   "id_nomenclature_determination_method"
+  ],
+  "specific": {
+    "determiner": {
+      "type_widget": "datalist",
+      "attribut_label": "Déterminateur",
+      "api": "users/menu/__MODULE.ID_LIST_OBSERVER",
+      "application": "GeoNature",
+      "keyValue": "id_role",
+      "keyLabel": "nom_complet",
+      "type_util": "user",
+      "required": true
+    },
+    "id_nomenclature_determination_method": {
+      "type_widget": "datalist",
+      "attribut_label": "Méthode de détermination",
+      "api": "nomenclatures/nomenclature/METH_DETERMIN",
+      "application": "GeoNature",
+      "keyValue": "id_nomenclature",
+      "keyLabel": "label_fr",
+      "data_path": "values",
+      "type_util": "nomenclature",
+      "required": false,
+      "default": {
+        "cd_nomenclature": "67"
+      }
+    },
+    "count_min": {
+      "type_widget": "number",
+      "attribut_label": "Effectif minimal dénombré",
+      "required": true,
+      "min": 1
+    },
+    "count_max": {
+      "type_widget": "number",
+      "attribut_label": "Effectif maximal dénombré",
+      "required": true,
+      "min": "({value}) => value.count_min "
+    }
+  }
+}
diff --git a/sterf/site.json b/sterf/site.json
@@ -0,0 +1,102 @@
+
+{
+  "genre":"M",
+  "geometry_type": "LineString",
+  "label": "Transect",
+  "label_list": "Transects",
+  "map_label_field_name": "base_site_name",
+  "display_properties": [
+    "base_site_name",
+    "id_inventor",
+    "first_use_date",
+    "last_visit",
+    "nb_visits",
+    "tirage_site",
+    "habitat_1",
+    "habitat_2",
+    "habitat_3",
+    "habitat_4"
+ ],
+  "display_list": [
+    "base_site_name",
+    "first_use_date",
+    "last_visit",
+    "nb_visits"
+  ],
+  "keep": [
+   "id_inventor",
+   "tirage_site"
+  ],
+  "specific": {
+    "id_nomenclature_type_site": {
+      "type_widget": "nomenclature",
+      "attribut_label": "Type site",
+      "code_nomenclature_type": "TYPE_SITE",
+      "type_util": "nomenclature",
+      "required": true,
+      "value": {
+        "code_nomenclature_type": "TYPE_SITE",
+        "cd_nomenclature": "STERF"
+      },
+      "hidden": true
+    },
+    "tirage_site": {
+      "type_widget": "select",
+      "attribut_label": "Modalité de sélection du site *",
+      "required": true,
+      "values": ["Tiré aléatoirement", "Choisi"],
+      "value":"Choisi"
+    },
+    "habitat_1": {
+      "type_widget": "select",
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 1) *",
+      "required": true,
+      "values": ["A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)","B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)","C. Pelouses, marais et landes","D. Milieux agricoles","E. Milieux bâtis ou urbanisés","G. Rochers terrestres ou côtiers"]
+    },
+    "habitat_2": {
+      "type_widget": "select",
+      "required": false,
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 2)",
+      "values": [
+        "({value}) => {",
+        "  if (value.habitat_1 == 'A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)') { return [ 'a. Feuillus exclusifs','b. Mixte dom. Feuillus (< 10% conifères)','c. Mixte dom. conifères (< 10% feuillus)','d. Conifères exclusifs','e. Mixte' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)') { return [ 'a. Feuillus exclusifs','b. Mixte dom. feuillus (< 10% conifères)','c. Mixte dom. conifères (< 10% feuillus)','d. Conifères exclusifs','e. Mixte' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'C. Pelouses, marais et landes') { return [ 'a. Pelouse calcaire sèche','b. Lande herbacée','c. Lande à bruyères','d. Autres pelouses sèches','e. Pelouse d altitude', 'f. Pelouse humide naturelle', 'g. Pelouse inondée/marais pâturé', 'h. Tourbière', 'i. Roselière', 'j. Marais salant (halophile)', 'k. Autres zones humides ouvertes' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'D. Milieux agricoles') { return [ 'a. Prairie cultivée','b. Prairie non cultivée','c. Prairie / cultures mixtes','d. Grandes cultures','e. Vergers / vignes / cultures maraîchères','f. Autres types de cultures' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'E. Milieux bâtis ou urbanisés') { return [ 'a Zone urbaine résidentielle','b Zone urbaine industrielle','c Zone suburbaine résidentielle','d Zone suburbaine industrelle','e Zone rurale' ] }",
+        "  else { return [ 'a. Falaise','b. Eboulis, pente rocheuse','c. Carrière','d. Autres sols rocheux' ]} ",
+        "}"
+      ]
+    },
+    "habitat_3": {
+      "type_widget": "select",
+      "required": false,
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 3)",
+      "values": [
+        "({value}) => {",
+        "  if (value.habitat_1 == 'A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)') { return [ '1. Sous-bois dense','2. Sous-bois clair','3. Clairière et lisière','4. Parc (arbres épars et prairies)' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)') { return [ '1. Forêt de régénération ou taillis','2. Buissons calcicoles','3. Lande arbustive non calcicole','4. Garrigue (calcaire) (Méditerr)','5. Maquis (non calcaire) (Méditerr)','6. Buissons de zones humides' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'C. Pelouses, marais et landes') { return [ '1. Entouré de haies avec arbres','2. Entouré de haies de buissons','3. Entouré de ligne d arbres sans haie','4. Avec buissons épars','5. Sans buissons épars','6. Groupes isolés de 1-10 arbres','7. Autres limites de terrain (digue, fossé, mur, ...)' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'D. Milieux agricoles') { return [ '1. Entouré de haies avec arbres','2. Entouré de haies de buissons','3. Entouré de ligne d arbres sans haie','4. Entouré de bandes herbeuses','5. Avec des groupes isolés de 1-10 arbres','6. Autre limite de terrain (digue, fossé, mur, ...)' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'E. Milieux bâtis ou urbanisés') { return [ '1. Zones bâties prédominantes','2. Jardin','3. Parc public, zone de loisirs','4. Bord d une route (< 50 m)','5. Bord d un chemin de fer (< 50 m)','6. Décharge d’ordures' ] }",
+        "  else { return [ '1. En montagne','2. En bord de mer','3. En bord de lac ou de rivière','4. Autre' ]} ",
+        "}"
+      ]
+    },
+    "habitat_4": {
+      "type_widget": "select",
+      "required": false,
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 4)",
+      "values": [
+        "({value}) => {",
+        "  if (value.habitat_1 == 'A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)') { return [ 'a. Non perturbé','b. Peu exploité','c. Fortement exploité','d. Pâturé' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)') { return [ 'a. Non perturbé','b. Peu exploité','c. Fortement exploité','d. Pâturé' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'C. Pelouses, marais et landes') { return [ 'a. Non perturbé/non exploité','b. Fauché','c. Pâturé' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'D. Milieux agricoles') { return [ 'a. Non exploité (jachère)','b. Fauché','c. Pâturé','d. Céréales','e. Arbres fruitiers','f. Autres cultures' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'E. Milieux bâtis ou urbanisés') { return [ 'a. Avec peu d espaces verts (< 25 %)','b. Avec des espaces verts surtout composés de pelouses','c. Avec des espaces verts buissonants (parterres, friches)','d. Avec des espaces verts fortement arborés','e. Avec un (des) potager(s)' ] }",
+        "  else { return [ 'a. A dominante calcaire avec végétation herbacée rase','b. A dominante calcaire avec végétation herbacée haute','c. A dominante calcaire avec végétation buissonnante','d. A dominante non calcaire avec végétation herbacée rase','e. A dominante non calcaire avec végétation herbacée haute','f. A dominante non calcaire avec végétation buissonnante' ]} ",
+        "}"
+      ]
+    }
+  }
+}
diff --git a/sterf/synthese.sql b/sterf/synthese.sql
@@ -0,0 +1,67 @@
+-- #############################
+-- 	Création d'une vue 
+--		permettant la remonté des données 
+--		STERF dans la synthèse
+-- #############################
+DROP VIEW IF EXISTS gn_monitoring.v_synthese_sterf;
+
+-- gn_monitoring.v_synthese_sterf 
+CREATE OR REPLACE VIEW gn_monitoring.v_synthese_sterf
+AS WITH source AS (
+         SELECT t_sources.id_source
+           FROM gn_synthese.t_sources
+          WHERE t_sources.name_source::text = concat('MONITORING_', upper('sterf'::text))
+         LIMIT 1
+        )
+ SELECT o.uuid_observation AS unique_id_sinp,
+    v.uuid_base_visit AS unique_id_sinp_grp,
+    ( SELECT source.id_source
+           FROM source) AS id_source,
+    o.id_observation AS entity_source_pk_value,
+    v.id_dataset,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('METH_OBS'::character varying, '0'::character varying) AS id_nomenclature_obs_meth,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STADE_VIE'::character varying, '15'::character varying) AS id_nomenclature_life_stage,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('SEXE'::character varying, '6'::character varying) AS id_nomenclature_sex,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('OBJ_DENBR'::character varying, 'IND'::character varying) AS id_nomenclature_obj_count,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('TYP_DENBR'::character varying, 'Co'::character varying) AS id_nomenclature_type_count,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STATUT_OBS'::character varying, 'Pr'::character varying) AS id_nomenclature_observation_status,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STATUT_SOURCE'::character varying, 'Te'::character varying) AS id_nomenclature_source_status,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('TYP_INF_GEO'::character varying, '1'::character varying) AS id_nomenclature_info_geo_type,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('ETA_BIO'::character varying, '2'::character varying) AS id_nomenclature_bio_condition,
+    ((oc.data::json #> '{count_min}'::text[])::text)::integer AS count_min,
+    ((oc.data::json #> '{count_max}'::text[])::text)::integer AS count_max,
+    o.id_observation,
+    o.cd_nom,
+    t.nom_complet AS nom_cite,
+    alt.altitude_min,
+    alt.altitude_max,
+    s.geom AS the_geom_4326,
+    st_centroid(s.geom) AS the_geom_point,
+    s.geom_local AS the_geom_local,
+    v.visit_date_min AS date_min,
+    v.visit_date_max AS date_max,
+    obs.observers,
+    s.id_digitiser,
+    ((oc.data::json #> '{id_nomenclature_determination_method}'::text[])::text)::integer AS id_nomenclature_determination_method,
+    v.id_module,
+    v.comments AS comment_context,
+    o.comments AS comment_description,
+    obs.ids_observers,
+    v.id_base_site,
+    v.id_base_visit,
+    jsonb_build_object('nom_site', s.base_site_name, 'code_site', s.base_site_code, 'habitat_1', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_1'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'habitat_2', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_2'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'habitat_3', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_3'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'habitat_4', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_4'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'vent', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'vent'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'ennuagement', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'ennuagement'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'temperature', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'temperature'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'meteo_favorable', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'meteo_cond'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'duree_transect', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'duration'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'heure_debut', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'start_time'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text)) AS additional_data
+   FROM gn_monitoring.t_base_visits v
+     JOIN gn_monitoring.t_visit_complements vc ON v.id_base_visit = vc.id_base_visit
+     JOIN gn_monitoring.t_base_sites s ON s.id_base_site = v.id_base_site
+     JOIN gn_monitoring.t_site_complements sc ON s.id_base_site = sc.id_base_site
+     JOIN gn_commons.t_modules m ON m.id_module = v.id_module
+     JOIN gn_monitoring.t_observations o ON o.id_base_visit = v.id_base_visit
+     JOIN gn_monitoring.t_observation_complements oc ON oc.id_observation = o.id_observation
+     JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = o.cd_nom
+     LEFT JOIN LATERAL ( SELECT array_agg(r.id_role) AS ids_observers,
+            string_agg(concat(r.nom_role, ' ', r.prenom_role), ' ; '::text) AS observers
+           FROM gn_monitoring.cor_visit_observer cvo
+             JOIN utilisateurs.t_roles r ON r.id_role = cvo.id_role
+          WHERE cvo.id_base_visit = v.id_base_visit) obs ON true
+     LEFT JOIN LATERAL ref_geo.fct_get_altitude_intersection(s.geom_local) alt(altitude_min, altitude_max) ON true
+  WHERE m.module_code::text = 'sterf'::text;