Skip to content

Latest commit

 

History

History
1391 lines (1083 loc) · 54.9 KB

changelog.md

File metadata and controls

1391 lines (1083 loc) · 54.9 KB
Raw

CHANGELOG

2.1.0 (2024-12-06)

🚀 Nouveautés

  • Optimisation de la VM vm_taxref_tree pour en améliorer les performances et gérer différents cas où des taxons locaux ont été ajoutés à la table taxref (#587 par @bouttier)
  • Ajout d'une route /tmedias/types/ renvoyant la liste des types de médias (#588 par @amandine-sahl)
  • Amélioration des performances de la route /biblistes/ (#584 par @andriacap)
  • Ajout de la possibilité de filtrer la route /taxref/ par une liste de cd_nom (#581 par @amandine-sahl)

2.0.0 (2024-10-29)

  • Refonte globale de l'interface de TaxHub avec Flask-admin, pour simplifier son développement et sa maintenance, mais aussi permettre de l'intégrer complètement dans le module "Admin" de GeoNature.
  • Si vous utilisez GeoNature, TaxHub sera désormais intégré à celui-ci dans le module "Admin" et il ne sera plus nécessaire de l'installer, l'administrer ni le mettre à jour indépendamment.
  • Compatibilité avec GeoNature 2.15.0 minimum.

🚀 Nouveautés

  • Refonte majeure de l'interface. Migration de Angular JS à Flask-Admin (#297, #377, par @amandine-sahl, @TheoLechemia, @jacquesfize)
  • Suppression de la table bib_noms. Les attributs et médias sont désormais directement associés à la table taxref. Cela simplifie la gestion des taxons par les administrateurs, ainsi que la mise à jour régulière de Taxref (#111, #163)
  • Ajout d'une interface d'administration pour la création des types d'attributs et des thèmes
  • Peuplement en lot des listes de taxons avec un CSV de cd_nom (#299)
  • Ajout d'un paramètre --taxref-region à la commande de mise à jour de Taxref, qui permet de spécifier le nom de la colonne à utiliser pour peupler la colonne id_statut de taxref (utile pour les régions hors métropole) (#310)
  • Remplacement du fichier de configuration config.py par le fichier toml taxhub_config.toml (#517)
  • Création d'une commande de récupération des médias de l'INPN et suppression des anciens scripts. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom (flask taxref import-inpn-media list_cd_ref.csv) (#437)
  • Suppression de la chaine de caractères static/medias/ dans le champs taxonomie.t_medias.chemin
  • Suppression des code_profil de permissions 3 et 4, basculés en 2
  • Suppression du champs bib_listes.picto
  • Suppression de la table taxhub_admin_log
  • Suppression de la colonne supprime des médias qui effectuait une suppression logique et non physique des médias (#538)
  • Suppression de la colonne id_droit de la table bib_themes (#550)
  • Evolution de la procédure de migration Taxref (#382)
  • Déplacement de la doc de mise à jour de Taxref dans la documentation générale de TaxHub (#555)
  • Dépreciation de la route /taxoninfo au profit de la route /taxref (#554)
  • Ajout des propriétés optionnelles sur la route /taxref permettant de récupérer les attributs et les médias de chaque taxon (#498)
  • Ajout d'une route /bdc_statuts/status_symbologies renvoyant la symbologie de statuts des taxons (couleurs des valeurs des listes rouges) (#510, par @edelclaux)
  • Amélioration de la vue taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete pour afficher tous les noms d'un taxon (#332, par @JulienCorny et @andriacap)
  • Ajout d’une vue matérialisée vm_taxref_tree contenant pour chaque cd_nom la liste complète des cd_ref de ses taxons parents (#567, par @jbdesbas, @amandine-sahl, @bouttier)
  • Mise à jour de dépendances python, dont UsersHub-authentification-module en version 3.0.0 et Flask en version 3
  • L'image Docker de TaxHub n'est plus générée automatiquement en raison de son intégration à GeoNature (#519)
  • Suppression du code spécifique Amazon S3. Pour utiliser des services S3 de stockage des médias, il est toujours possible de monter un volume pour y déposer directement les médias
  • Les branches taxhub et taxhub-admin ont été renommées en taxhub-standalone et taxhub-standalone-sample
  • Ajout du paramètre API_PREFIX si on souhaite rajouter un préfixe devant les routes de l'API TaxHub (ne pas renseigner si vous utilisez TaxHub avec GeoNature)

⚠️ Notes de version

  • Si vous utilisez GeoNature, TaxHub est désormais intégré à celui-ci dans le module "Admin"
  • Pour les installations standalone (hors GeoNature), le fichier de configuration applicatif apptax/config.py est remplacé par le fichier config/taxhub_config.toml. Créer un fichier config/taxhub_config.toml puis ajoutez-y les paramètres suivants (en vous inspirant de config/taxhub_config.toml.sample) :
    • SQLALCHEMY_DATABASE_URI
    • APPLICATION_ROOT
    • SECRET_KEY
    • PASS_METHOD (si vous l'aviez renseigné)
  • Ajouter la nouvelle extension ltree à votre base de données : 
    sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION ltree;'
  • Désormais si vous modifier la table taxonomie.taxref (pour ajoute un taxon local par exemple), vous devez rafraichir la nouvelle vue avec la requête REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_tree
  • Les données de la table bib_noms ont été sauvegardées sous deux formes :
    • dans la table archive_bib_noms : ce qui pourra vous permettre de récupérer les données "nom_français" ainsi que "commentaire" (ils n'étaient plus utilisés dans les recherche de taxons depuis plusieurs versions)
    • dans une liste nommée BIB_NOMS
  • Evolutions des permissions :
    • en mode standalone (hors GeoNature), seuls les profils 2 et 6 sont désormais utilisés. Il faut un profil 2 pour ajouter des attributs ou médias et ajouter des taxons à des listes. Il faut un profil 6 pour pouvoir créer des listes / thêmes / type d'attributs.
    • intégré à GeoNature, TaxHub est désormais un module de GeoNature parmi les autres et on lui associe des permissions par groupe ou utilisateur et par objets (taxons, listes, attributs, médias...). Les permissions sur le module TaxHub sont automatiquement migrées lors de la mise à jour de GeoNature en s'appuyant sur les permissions existantes.
  • Les médias ont été déplacés du dossier /static/medias/ vers /media/taxhub/.
    Les URL des images vont donc changer. Pour des questions de rétrocompatibilité avec d'autres outils (GeoNature-atlas ou GeoNature-citizen par exemple), vous pouvez définir des règles de redirection pour les médias dans le fichier de configuration Apache de TaxHub : 
    # Cas où TaxHub et GeoNature sont sur le même sous-domaine
RewriteEngine on
RewriteRule   "^/taxhub/static/medias/(.+)" "/geonature/api/medias/taxhub/$1"  [R,L]
# Cas où TaxHub et GeoNature ont chacun un sous-domaine
RewriteEngine on
RewriteRule   "^/static/medias/(.+)" "https://geonature.<MON_DOMAINE.EXT>/api/medias/taxhub/$1"  [R,L]

1.14.2 (2024-09-13)

🐛 Corrections

1.14.1 (2024-05-23)

🚀 Nouveautés

  • Mise à jour de dépendances critiques : requests, jinja2, werkzeug, idna, gunicorn (#497)

1.14.0 (2024-04-23)

🚀 Nouveautés

  • Mise à jour de TaxRef et de la base de connaissance "Statuts" en v17 (#487)
  • Amélioration des performances du script de migration entre deux versions de Taxref. Contribution de @nico-imbert et @MathieuManceau.

🐛 Corrections.

💻 Développement

  • Les identifiants indiqués dans le paramètre id_liste de la route getTaxrefList sont indiqués de la manière suivante : id_liste=1,2,3 (anciennement id_liste=1&id_liste=2&id_liste=3).

1.13.4 (2024-04-11)

🚀 Nouveautés

  • Passage à la version 1.5.2 de RefGeo (#486)
  • Mise à jour de nombreuses dépendances Python (#486)

🐛 Corrections

  • Correction du problème de déploiement automatique de la documentation sur Read the Docs (#482)
  • Modification du nom de la variable du token d'identification (#481)

1.13.3 (2024-02-12)

🐛 Corrections

  • Correction du problème de connexion sur TaxHub quand celui-ci est lancé avec le service (#476)
  • Suppression de warnings SQLAlchemy 1.4 (#477)

1.13.2 (2024-01-30)

🚀 Nouveautés

  • Mise à jour de Flask version 2 à 3
  • Mise à jour du linter black en version 24

1.13.1 (2023-11-17)

🚀 Nouveautés

  • Ajout de la colonne group3_inpn au modèle de la table taxref et à la réponse de la route /getTaxonDetail (#447)
  • Ajout de la route /groupe3_inpn listant les group3 (#447)
  • Enrichissement de la route /taxref en y ajoutant une propriété listes, un filtre sur id_liste (remplaçant la route /cor_nom_liste supprimée) et en ajoutant la possibilité de limiter les champs retournés (#451 et #346)
  • La route /allnamebylist prend comme paramètre id_liste et non plus le code_liste (qui peut toujours être utilisé en tant que paramètre get) pour corriger le soucis de filtre de taxons par liste dans GeoNature (#346)
  • Suppression de la route /cor_nom_liste suite aux évolutions de la route /taxref (#469)
  • Ajout d'une valeur par défaut au paramètre UPLOAD_FOLDER (static/medias) (#445)

1.13.0 (2023-10-25)

🚀 Nouveautés

  • Ajout d'une fonction taxonomie.check_is_group3inpn(mygroup text) qui permet de tester si une chaine de caractère correspond bien à un group3_inpn (#433).
  • Ajout de la colonne group3_inpn à la vue materialisée vm_taxref_list_forautocomplete et d'un filtre group3_inpn à la route allnamebylist (#432).
  • Passage à Flask-Login pour la gestion de l'authentification via la montée de version du sous-module d'authentification en version 2.0.0

⚠️ Notes de version

  • Si TaxHub est à la racine de votre serveur web http://taxhub.mondomain.fr, le paramètre APPLICATION_ROOT doit être égal à "/" et non ""

1.12.1 (2023-09-12)

🐛 Corrections

  • [Migration Taxref] Ajout de scripts SQL manquants dans le fichier setup.py (#430)
  • [Migration Taxref] Ne pas spécifier de répertoire de fichier de données dans la fonction open_remote_file(...,"TAXREF_v16_2022.zip", ...), afin de pouvoir utiliser la variable d'environnement DATA_PATH (#430)

💻 Développement

  • Docker : redémarrage automatique de Flask après chaque modification du fichier config/config.py

1.12.0 (2023-07-11)

🚀 Nouveautés

  • Ajout d'une table t_meta_taxref stockant la version du référentiel taxonomique ainsi que de sa date de dernière mise à jour, et de la route /version associée (#394)
  • Ajout d'une route cor_nom_liste pour accéder au contenu de cette table (#406)
  • Mise à jour des dépendances Python (#410)

1.11.3 (2023-06-27)

🚀 Nouveautés

  • Compatibilité Debian 12 (Python 3.11)
  • Ajout de Debian 12 dans la CI de tests automatisés
  • Mise à jour de nombreuses dépendances Python (Flask, Alembic, SQLAlchemy, Marshmallow, Pytest, Pillow, ...)

🐛 Corrections

  • Correction de la route /taxoninfo et ajout de tests associés (#402)
  • Prise en compte des départements et territoires d'outre-mer pour la relation entre les zonages administratifs et la BDC statuts (#401)
  • Correction d'une requête SQL (#397)

⚠️ Notes de version

  • Suite à la prise en compte des territoires d'outre-mer avec la BDC statuts, il est conseillé de relancer le peuplement des données de la table bdc_statut_cor_text_area en utilisant la commande suivante : 
    cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas

1.11.2 (01-06-2023)

🐛 Corrections

  • Création de la table taxonomie.bdc_statut qui pouvait manquer sur certaines instances (#376)
  • Mise à jour des données vides de la table taxref en NULL au lieu d'une chaine vide (#387)
  • Optimisation de la route allnamebylist lors de la recherche par nom "search_name" (#384)
  • Rafraichissement des vues matérialisées après une migration de Taxref (#392)

⚠️ Notes de version

  • Si vous avez déjà réalisé une migration vers Taxref v16, il est conseillé de rafraichir les vues matérialisées :

    REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_classe;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_famille;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_group1_inpn;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_group2_inpn;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_ordre;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_phylum;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_regne;
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete;

1.11.1 (2023-03-04)

🚀 Nouveautés

  • Compatibilité SQLAlchemy 1.4
  • Mise à jour des dépendances :
    • RefGeo 1.3.0
    • UsersHub-authentification-module 1.6.5
    • Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.2
    • Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo 0.2.7

🐛 Corrections

  • Correction de la documentation

1.11.0 (2023-02-17)

🚀 Nouveautés

  • Passage à la version 16 de Taxref ainsi que de la BDC statuts, utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#366)
  • Suppression des tables des anciens statuts de protection, remplacés par la BDC statuts (#352) :
    • taxref_liste_rouge_fr
    • bib_taxref_categories_lr
    • taxref_protection_especes
    • taxref_protection_articles_structure
    • taxref_protection_articles
  • Ajout d'une commande permettant d'activer les textes de la BDC_statuts concernant uniquement son territoire (par area_code de départements) : flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean (#369)

🐛 Corrections

  • Complément de la gestion des cd_nom négatifs (#357)

⚠️ Notes de version

  • Si vous souhaitez mettre à jour Taxref, utilisez les scripts présents dans le dossier /apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref

  • Si vous mettez à jour TaxHub, assurez-vous que vous n'ayez pas de vues spécifiques qui dépendent des tables supprimées

  • Si vous mettez à jour Taxref et que vous utilisez GeoNature, mettez à jour les règles de sensibilité suite à la mise à jour de Taxref :

    source geonature/backend/venv/bin/activate
geonature sensitivity refresh-rules-cache

1.10.8 (2023-01-20)

🚀 Nouveautés

  • Le paramètre --keep-cdnom des scripts de migration de Taxref garde désormais tous les cd_nom supprimés dans la nouvelle version de Taxref, et plus seulement ceux présents dans la table bib_noms (#362)
  • Ajout d'un clé primaire sur la table taxonomie.import_taxref pour accélérer les migrations de Taxref (#364)

🐛 Corrections

  • Gestion des cd_nom négatifs (#357)
  • Ajout d'index sur vm vm_taxref_list_forautocomplete pour en améliorer les performances qui avaient été supprimés par erreur dans la version 1.10.3 (#355)
  • Correction d'un code de département dans la commande populate_bdc_statut_cor_text_area
  • Correction des scripts de migration de Taxref dans le cas des merges où plus de 2 grappes de cd_nom fusionnent (#365)
  • Correction de l'encodage de la BDC statuts lors de la migration de Taxref (#361)

💻 Développement

  • Mise à jour de la version de Node.js (et de la version de npm) en utilisant la LTS (version 18 actuellement) dans le fichier .nvmvrc, et non plus la version 10 (#353)
  • Mise à jour des actions Github (#356)

⚠️ Notes de version

  • Suite à la correction d'un code de département, il est fortement conseillé de relancer le peuplement des données de la table bdc_statut_cor_text_area en utilisant la commande suivante :
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas

1.10.7 (2022-12-20)

🐛 Corrections

  • Correction du bug dans la commande flask taxref link-bdc-statut-to-areas
  • Correction du message de confirmation de la commande flask taxref delete-bdc

1.10.6 (2022-12-14)

🐛 Corrections

  • Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2

1.10.5 (2022-12-13)

🚀 Nouveautés

  • Ajout de commandes permettant de gérer la base de connaissance du SINP des statuts des espèces :
    • flask taxref import-bdc-v14 : utile si vous avez appelez import-v14 avec --skip-bdc-statuts
    • flask taxref import-bdc-v15 : utile si vous avez appelez import-v15 avec --skip-bdc-statuts
    • flask taxref delete-bdc : permet de vider les tables de la BDC Statuts
    • flask taxref link-bdc-statut-to-areas : permet de peupler la table bdc_statut_cor_text_area; utile si vous avez importé votre BDC Statuts avec TaxHub ≤ 1.10.4
  • Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2
  • Les doublons ont été supprimés des données source de la BDC Statuts afin d'éviter cette lente opération lors de l'intégration dans la base de données.
  • Les données des départements, nécessaires à la BDC Statuts, sont importées par défaut
  • Les références à l'ID_APP sont supprimées au profit du CODE_APPLICATION (TH par défaut)
  • Le dossier des fichiers statiques peut être défini avec la variable d'environnement TAXHUB_STATIC_FOLDER
  • Ajout d'un Dockerfile et publication automatique des images de celui-ci par Github Action

🐛 Corrections

  • La table bdc_statut_cor_text_area est correctement peuplée lors de l'intégration de la BDC Statuts.
  • Le service systemd ne dépend plus de PostgreSQL pour les cas d'utilisation d'une base de données distante (mais continue de démarrer avant dans le cas d'une base de données locale).

⚠️ Notes de version

  • Si vous mettez à jour TaxHub, peuplez les données de la table bdc_statut_cor_text_area en utilisant la commande suivante :
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas

1.10.4 (2022-10-24)

🚀 Nouveautés

  • Mise à jour de la documentation d'installation
  • Mise à jour des dépendances :
    • RefGeo 1.2.0

1.10.3 (2022-10-20)

🐛 Corrections

  • Correction de la vue matérialisée vm_taxref_list_forautocomplete
  • Rendre le stockage des medias sur les services S3 vraiment facultatif
  • Installer la BDC statuts version 15 avec Taxref v15

1.10.2 (2022-10-06)

🐛 Corrections

  • Correction du chemin vers les scripts de migration Taxref v15

1.10.1 (2022-09-20)

🐛 Corrections

  • Ajout de gunicorn au requirements.
  • Modification du script de démarrage systemd pour lancer TaxHub après PostgreSQL.

1.10.0 (2022-03-31)

⚠️ Si vous utilisez GeoNature, vous devez mettre à jour celui-ci en version 2.10.

🚀 Nouveautés

  • Passage à la version 15 de Taxref ainsi que de la BDC statuts, utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#322)
  • Mise en place de scripts python pour la mise à jour de Taxref à partir de sa version 15, dans le dossier apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref, à la place des scripts shell (#322)
  • Ajout de l'option --keep-cdnom aux scripts de mise à jour de Taxref, pour empêcher la suppression des cd_noms manquants (#306)
  • Ajout du champs group3_inpn, ajouté dans la v15 de Taxref
  • Ajout des API pour les statuts de protection et de listes rouges (#291)
  • Ajout d'une table d'association entre les statuts et le référentiel géographique taxonomie.bdc_statut_cor_text_area. L'association entre les textes et les statuts est réalisée lorsque le texte est associé à une région ou un département (#323)
  • Possibilité de passer des paramètres de configuration par variable d'environnement préfixée par TAXHUB_
  • Fichiers de log :
    • Les logs sont à présent écrits dans le fichier /var/log/taxhub/taxhub.log
    • L'outil logrotate est configuré pour assurer la rotation du fichier
    • L'ancien fichier de log /var/log/taxhub.log est intouché; vous pouvez le supprimer, ou l'archiver manuellement.
  • Mise à jour des dépendances :
    • Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.0
    • UsersHub-authentification-module 1.6.0
    • RefGeo 1.1.1

🐛 Corrections

  • Correction d'un problème lié au double-chargement de Flask en mode développement.
  • Correction d'un problème au démarrage de Flask lorsque la base de données n'a pas encore été créée.

💻 Développement

  • Exécution automatique des tests backend avec Github actions
  • Le code est désormais formaté avec Black; une Github action y veille
  • Mise à jour de Flask version 1 à 2
  • Migrations Alembic : possibilité de rendre l'intégration de la BDC statuts optionnelle
  • Ajout de la dépendance au module RefGeo
  • Suppression des exemples de taxons (taxonomie_taxons_example.sql et taxonomie_attributes_example.sql)
  • Création de commandes pour l'insertion des données du référentiel, hors Alembic (#333)

⚠️ Notes de version

  • Les branches Alembic taxonomie_inpn_data, taxonomie_taxons_example et taxonomie_attributes_example ont été supprimées. Après avoir mis à jour TaxHub en version 1.10, vous devez supprimer toutes références à ces dernières, sans quoi Alembic vous indiquera qu'il ne connait pas certains numéros de révision :
(venv)$ flask db exec "delete from public.alembic_version where version_num in ('f61f95136ec3', 'aa7533601e41', '8222017dc3f6')"
  • Si vous n'utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma taxonomie depuis TaxHub :
    • Se placer dans le dossier de TaxHub : cd ~/taxhub
    • Sourcer le virtualenv de TaxHub : source venv/bin/activate
    • Appliquer les révisions du schéma de la base de données : flask db autoupgrade
  • Sinon le faire depuis GeoNature (venv)$ geonature db autoupgrade, après la mise à jour de ce dernier en version 2.10
  • La mise à jour de la version 14 à 15 de Taxref est désormais réalisée par des scripts python, disponibles dans le dossier apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref
  • Les mises à jour précédentes de Taxref jusqu'à la version 14 restent disponibles dans le dossier data/scripts/update_taxref
  • Il est possible d'installer TaxHub avec Taxref v14. Pour cela il faut utiliser les commandes suivantes :
flask db upgrade taxonomie@head
flask taxref import-v14 --skip-bdc-statuts

1.9.4 (2022-01-25)

🐛 Corrections

  • Ordonnancement de la route /allnamebylist par identifiant quand aucun search_name ne lui est passé en paramètre (pour ordonner les résultats paginés utilisés par Occtax-mobile)

💻 Développement

  • Utilisation du paramètre page de Flask à la place du paramètre maison offset pour la pagination des routes
  • Possibilité d'utiliser le fichier config.py dans les variables d'environnement
  • Ajout du fichier de configuration apptax/test_config.py pour les tests automatisés
  • Changement du code http 500 en 400 quand l'id_liste de la route /allnamebylist n'est pas trouvé

1.9.3 (2022-01-12)

🐛 Corrections

  • Correction de la variable SCRIPT_NAME (#295)

1.9.2 (2021-12-21)

🚀 Nouveautés

  • Ajout des champs licence et source dans le formulaire d'édition (#151)
  • Amélioration de quelques routes

🐛 Corrections

  • Correction du chemin des médias qui empêchait la récupération des vignettes
  • Correction de la génération de la documentation sur Readthedocs
  • Correction de la variable SCRIPT_NAME (#295)
  • Suppression de la documentation de l'API qui était cassée

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour TaxHub :

  • Vous devez modifier le fichier de configuration apptax/config.py :

    • Supprimer les lignes suivantes :
    # File
import os # A SUPPRIMER
BASE_DIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)) # A SUPPRIMER
    • Si vous l'aviez renseignée dans votre configuration, modifier le paramètre UPLOAD_FOLDER = 'static/medias' en UPLOAD_FOLDER = 'medias'

1.9.1 (2021-10-19)

🐛 Corrections

  • Correction d'un bug qui empêchait l'ajout d'une liste

1.9.0 (2021-10-01)

🚀 Nouveautés

  • Packaging de l'application TaxHub
  • Passage de supervisor à systemd
    • Les logs de l'application se trouvent désormais dans le répertoire système /var/log/taxhub.log
  • Ajout d'un template de configuration Apache et révision de la documentation sur le sujet
  • Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic
  • Possibilité d'installer le schéma taxonomie avec Alembic sans passer par une application Flask telle que TaxHub
  • Ajout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à partir d'un nom latin (match_binomial_taxref), et permettant de vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant (check_is_cd_ref) (par @DonovanMaillard)
  • Ajout d'une fonction find_all_taxons_parents(cd_nom) retournant les cd_nom de tous les taxons parents d'un cd_nom (par @DonovanMaillard)
  • Ajout de la vue v_bdc_status (par @jpm-cbna)
  • Suppression de ID_APP du fichier de configuration (auto-détection depuis la base de données)
  • Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.5.3
  • Mise à jour de Utils-Flask-SQLAlchemy en version 0.2.4

🐛 Corrections

  • Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub)
  • Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (#274 et #283)
  • Correction de la valeur par défaut du champs taxonomie.bib_listes.id_liste (#275)

⚠️ Notes de version

  • Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers SQL de création du schéma taxonomie ont été déplacés dans apptax/migrations/data/ et ils ne sont plus mis à jour à chaque nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations Alembic.

Pour mettre à jour TaxHub :

  • Suppression de supervisor :
    • Vérifier que TaxHub n'est pas lancé par supervisor : sudo supervisorctl stop taxhub
    • Supprimer le fichier de configuration de supervisor sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
    • Si supervisor n'est plus utilisé par aucun service (répertoire /etc/supervisor/conf.d/ vide), il peut être désinstallé : sudo apt remove supervisor
  • Installer le paquet python3-venv nouvellement nécessaire : sudo apt install python3-venv
  • Déplacer le fichier de configuration config.py situé à la racine de TaxHub dans le sous-dossier apptax
  • Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
  • Si vous servez TaxHub sur un préfixe (e.g. /taxhub), rajouter dans config.py le paramètre suivant : APPLICATION_ROOT = '/taxhub'
  • Passage à systemd :
    • Le fichier /etc/systemd/system/taxhub.service doit avoir été installé par le script install_app.sh
    • Pour démarrer TaxHub : sudo systemctl start taxhub
    • Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage : sudo systemctl enable taxhub
  • Révision de la configuration Apache :
    • Le script d'installation install_app.sh aura installé le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf permettant de servir TaxHub sur le préfixe /taxhub.
    • Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en l'activant (sudo a2enconf taxhub), soit en l'incluant dans la configuration de votre vhost (Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf).
    • Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous servez TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directives ProxyPass et ProxyPassReverse comme c'est le cas dans le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf.
    • Si vous décidez d'utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer votre ancienne configuration apache (sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf).
  • Si vous n'utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma taxonomie depuis TaxHub :
    • Se placer dans le dossier de TaxHub : cd ~/taxhub
    • Sourcer le virtualenv de TaxHub : source venv/bin/activate
    • Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du schéma taxonomie et les données d'exemples : flask db stamp 3fe8c07741be
    • Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base : flask db stamp f61f95136ec3
    • Appliquer les révisions du schéma taxonomie : flask db upgrade taxonomie@head

1.8.1 (2021-07-01)

🐛 Corrections

  • Correction de la migration Taxref v11 vers v13 pour les versions de PostgreSQL <12

⚠️ Notes de version

  • Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires

1.8.0 (2021-06-22)

🚀 Nouveautés

  • Passage à la version 14 de Taxref, utilisée par défaut pour les nouvelles installations
  • Intégration du référentiel BDC statuts (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/bdc-statuts-especes), peuplé lors du passage à Taxref v14. Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature les anciens statuts de protection et les listes rouges sont toujours présents (#157)
  • Support du stockage des medias sur les services de stockages S3 (#248 par @jbdesbas)
  • Ajout d'un champs code_liste dans la table taxonomie.bib_listes pour utiliser des codes plutôt que des identifiants et faciliter l'interopérabilité des données entre outils
  • Ajout d'un paramètre fields à la route /taxref/search/ afin de pouvoir récupérer dans la réponse des champs supplémentaires selon les besoins (#243)
  • Recherche non sensible aux accents pour la route allnamebylist
  • Mise à jour de AngularJS en version 1.8.0
  • Mise à jour de différentes dépendances Python

🐛 Corrections

  • Correction de la génération des vignettes des images

⚠️ Notes de version

1.7.3 (2020-09-29)

🚀 Nouveautés

  • Ajout de tests unitaires
  • Mise à jour des dépendances (psycopg2 et SQLAlchemy)

🐛 Corrections

  • Correction d'un bug sur la récupération des attributs des taxons (#235 par @jbdesbas)
  • Script de récupération des médias sur INPN. Le script continue lorsqu'un appel à l'API renvoie un autre code que 200

1.7.2 (2020-07-03)

🚀 Nouveautés

  • Ajout du nom vernaculaire (nom_vern) dans la vue matérialisée taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete et dans la route associée (api/taxref/allnamebylist/)

🐛 Corrections

  • Correction de la pagination des routes quand le paramètre offset est égal à zéro (nécessaire pour Sync-mobile)

⚠️ Notes de version

1.7.1 (2020-07-02)

🐛 Corrections

  • Correction et homogénéisation des paramètres offset et page sur toutes les routes (#229)
  • Correction de la route de récupération de la configuration sans le "/" (#228)
  • Suppression des doublons de la route allnamebylist, entrainant un nombre de résultats différent du paramètre limit fourni

1.7.0 (2020-06-17)

🚀 Nouveautés

  • Mise à jour de Taxref en version 13
  • Intégration brute de la Base de connaissance des statuts des espèces correspondant à la version 13 de Taxref, en vue de la révision des statuts de protection (#157)
  • Migration de la librairie OpenCV vers PIL (plus légère) pour le redimensionnement des images et suppression de la librairie dépendante NumPy (#209)
  • Mise à jour des librairies Python (Flask 1.1.1, Jinja 2.11.1, Werkzeug 1.0.0, gunicorn20.0.4) et Javascript (AngularJS 1.7.9, Bootstrap 3.4.1)
  • Suppression du paramètre id_application du fichier static/app/constants.js de façon à ce qu'il soit récupéré de façon dynamique
  • Ajout de fonctions génériques de détection, suppression et création des vues dépendantes dans le schéma public (data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql)
  • Route allnamebylist enrichie avec un paramètre offset pour que l'application Occtax-mobile puisse récupérer les taxons par lots (#208)
  • Utilisation du cd_sup au lieu du cd_taxsup dans la fonction taxonomie.find_all_taxons_children() pour prendre en compte les rangs intermediaires
  • Ajout de la colonne famille au modèle VMTaxrefHierarchie (#211)
  • Ajout d'un manuel administrateur listant les fonctions SQL de la BDD (par @jbdesbas)
  • Révision et compléments de la documentation (par @ksamuel)
  • Ajout d'un lien vers le manuel utilisateur depuis la barre de navigation de l'application
  • Changement de modélisation de la table vm_taxref_list_forautocomplete qui redevient une vue matérialisée (#219). A rafraichir quand on met à jour Taxref

🐛 Corrections

  • Correction d'un bug de suppression des attributs suite à une erreur d'enregistrement (#80)
  • Correction d'un bug lors de la modification d'un média
  • Correction des doublons (#216) et des noms manquants (#194) dans la vue matérialisée vm_taxref_list_forautocomplete (#219)
  • Impossibilité d'associer une valeur nulle à un attribut
  • Nettoyage et suppression des scripts SQL et de leurs mentions à GeoNature v1 et UsersHub v1

⚠️ Notes de version

1.6.5 (2020-02-17)

Corrections

  • Compatibilité Python > 3.5 : utilisation de <ImmutableDict>.to_dict() pour convertir le résultat d'un formulaire en dictionnaire (Corrige le bug d'ajout de média)

Notes de version

1.6.4 (2020-02-13)

Corrections

  • Logging des erreurs lorsque des exceptions sont attrapées (évite les erreurs silencieuses)
  • Gestion des taxons synonymes dans la vue gérant la recherche des taxons (vm_taxref_list_forautocomplete)
  • Modification de la méthode d'installation du virtualenv
  • Utilisation de nvm pour installer node et npm (uniformisation avec GeoNature)

Notes de version

1.6.3 (2019-07-16)

Nouveautés

  • Intégration du trigramme dans le champs de recherche de taxon de TaxHub
  • Route de recherche de taxon : Possibilité de limiter à un rang
  • Ajout de la fonction taxonomie.find_all_taxons_children qui renvoie tous les taxons enfants d'un taxon à partir d'un cd_nom
  • Mise à jour de OpenCV en 3.4.2

Corrections

  • Suppression de l'index taxref.i_taxref_cd_nom inutile (#192)

Notes de version

1.6.2 (2019-02-27)

Nouveautés

  • Ajout du rang de l'espèce et du cd_nom sur l'API de recherche des taxons (autocomplete dans la table vm_taxref_list_forautocomplete), utilisée par GeoNature

Corrections

  • Ajout d'index uniques pour le rafraichissement des vues matérialisées
  • Correction de l'index sur la table taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete pour le trigramme
  • Centralisation des logs supervisor et gunicorn dans un seul fichier (taxhub_path/var/log/)

Note de version

  • Afin que les logs de l'application (supervisor et gunicorn) soient tous écrits au même endroit, modifier le fichier taxhub-service.conf (sudo nano /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf). A la ligne stdout_logfile, remplacer la ligne existante par : stdout_logfile = /home/<MON_USER>/taxhub/var/log/taxhub-errors.log (en remplaçant <MON_USER> par votre utilisateur linux)
  • Pour ne pas avoir de conflits de sessions d'authentification entre TaxHub et GeoNature, ajouter une variable ID_APP dans le fichier de configuration config.py et y mettre l'identifiant de l'application TaxHub tel qu'il est inscrit dans la table utilisateurs.t_applications. Exemple : ID_APP = 2
  • Exécuter le script de migration SQL : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.1to1.6.2.sql
  • Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.6.1 (2019-01-21)

Corrections

  • Mise à jour de la version du sous-module d'authentification
  • Mise à jour de SQLAlchemy
  • Utilisation par défaut du mode d'authentification plus robuste (hash)
  • Clarification des notes de version

Notes de version

1.6.0 (2019-01-15)

Nouveautés

  • Ajout et utilisation de l'extension PostgreSQL pg_tgrm permettant d'améliorer la pertinence de recherche d'une espèce au niveau de l'API d'autocomplétion de TaxHub, utilisée dans GeoNature, en utilisant l'algorithme des trigrammes (http://si.ecrins-parcnational.com/blog/2019-01-fuzzy-search-taxons.html)
  • Suppression du SQL local du schéma utilisateurs pour utiliser celui du dépôt de UsersHub (#165)
  • Compatibilité avec UsersHub V2 (nouvelles tables et vues de rétrocompatibilité)
  • Ajout d'un taxon synonyme dans les données d'exemple

Corrections

Notes de version

1.5.1 (2018-10-17)

Nouveautés

  • Script d'import des médias depuis l'API INPN (data/scripts/import_inpn_media)
  • Création d'un manuel d'utilisation dans la documentation : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html (merci @DonovanMaillard)
  • Amélioration de la configuration Apache pour que l'URL de TaxHub sans / à la fin redirige vers la version avec / (#125)

Corrections

  • Remise à zéro des séquences

Notes de versions

1.5.0 (2018-09-19)

Nouveautés

  • Ajout de la possibilité de filtrer les attributs par id_theme ou id_attribut au niveau de la route taxoninfo
  • Ajout de routes pour récupérer bib_taxref_habitats et bib_taxref_categories_lr (listes rouges nationales)
  • Installation : Ajout de paramètres permettant de mieux définir les données à intégrer et séparation des scripts SQL, notamment pour ne pas imposer d'intégrer toutes les données nécéessaires à GeoNature V1 (attributs et listes)
  • Mise à jour de Flask (0.11.1 à 1.0.2), Jinja, psycopg2 et Werkzeug

1.4.1 (2018-08-20)

Corrections

  • Correction de l'enregistrement lors du peuplement d'une liste

1.4.0 (2018-07-12)

Nouveautés

  • Migration de Taxref 9 à 11 et scripts de migration (#155 et #156)
  • Ajout d'un champ comments à la table bib_noms et dans le formulaire de saisie
  • Passage du champ bib_noms.nom_francais en varchar(1000), du champ taxref.nom_vern en varchar(1000) et du champ taxref.lb_auteur en varchar(250)
  • Amélioration des logs et mise en place d'une rotation des logs
  • Création d'une fonction pour créer les répertoires système (create_sys_dir())
  • Amélioration de la vue permettant de rechercher un taxon (PnX-SI/GeoNature#334)

Note de version

1.3.2 (2017-12-15)

Nouveautés

  • Optimisation du chargement des noms dans les listes
  • Optimisation des requêtes
  • Affichage du rang sur les fiches des taxons/noms
  • Ajout d'un champ source et licence pour les médias (sans interface de saisie pour le moment). Voir #151, #126
  • Script de récupération de médias depuis mediawiki-commons (expérimental). Voir #150
  • Ajout d'un service de redimensionnement à la volée des images (http://URL_TAXHUB/api/tmedias/thumbnail/2241?h=400&w=600 où 2241 est l'id du média). Il est aussi possible de ne spécifier qu'une largeur ou une hauteur pour que l'image garde ses proportions sans ajouter de bandes noires. Voir #108
  • Correction et compléments documentation (compatibilité Debian 9 notamment)
  • Compatibilité avec Python 2

Corrections

  • Ajout d'une liste vide impossible #148
  • Enregistrement d'un attribut de type select (bug de la version 1.3.1, ce n'était pas la valeur qui était enregistrée mais l'index)

Note de version

  • Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.2 mais en suivant les différentes notes de version.
  • Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD data/update1.3.1to1.3.2.sql
  • Suivez la procédure générique de mise à jour de l'application

1.3.1 (2017-09-26)

Corrections

  • Optimisation des performances pour le rafraichissement d'une vue matérialisée qui est devenue une table controlée (vm_taxref_list_forautocomplete) par trigger (trg_refresh_mv_taxref_list_forautocomplete). Voir #134
  • Utilisation du nom francais de la table bib_noms pour la table vm_taxref_list_forautocomplete. Cette table permet de stocker les noms sous la forme nom_vern|lb_nom = nom_valide pour les formulaires de recherche d'un taxon.
  • Dans la liste taxref, tous les noms étaient considérés comme nouveaux (plus de possibilité de modification)

Note de version

  • Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.1 mais en suivant les différentes notes de version.
  • Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD data/update1.3.0to1.3.1.sql

1.3.0 (2017-09-20)

Nouveautés

  • Ajout d'un trigger assurant l'unicité de la photo principale pour chaque cd_ref dans la table taxonomie.t_medias. Si on ajoute une photo principale à un taxon qui en a déjà une, alors la précédente bascule en photo
  • Performances dans les modules TaxRef et Taxons : au lieu de charger toutes les données côté client, on ne charge que les données présentes à l'écran et on lance une requête AJAX à chaque changement de page ou recherche
  • Valeurs des listes déroulantes des attributs par ordre alphabétique
  • Formulaire BIB_NOMS : Les champs nom latin, auteur et cd_nom ne sont plus modifiables car ce sont des infos venant de TaxRef.
  • Performances de la BDD : création d'index sur la table Taxref
  • Suppression de Taxref du dépôt pour le télécharger sur http://geonature.fr/data/inpn/ lors de l'installation automatique de la BDD
  • Ajout de nombreuses fonctions et vues matérialisées dans la BDD : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/develop/data/update1.2.0to1.3.0.sql
  • Nettoyage et amélioration des routes de l'API

Note de version

1.2.1 (2017-07-04)

Nouveautés

  • Correction de la conf Apache pour un accès à l'application sans le slash final dans l'URL
  • Retrait du "v" dans le tag de la release

Note de version

  • Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.2.1 mais en suivant les notes de version de la 1.2.0.

1.2.0 (2017-06-21)

Nouveautés

  • Ajout de toutes les fonctionnalités de gestion des listes ainsi que des noms de taxons qu'elles peuvent contenir.
  • Possibilité d'exporter le contenu d'une liste de noms en CSV.
  • Correction du fonctionnement de la pagination.
  • Permettre la validation du formulaire d'authentification avec la touche Entrer.
  • Bib_noms : ajout de la possibilité de gérer le multiselect des attributs par checkboxs.
  • Utilisation de gunicorn comme serveur http et mise en place d'un makefile.
  • Suppression du sous-module d'authentification en tant que sous module git et intégration de ce dernier en tant que module python.
  • Mise à jour de la lib psycopg2.
  • Installation : passage des requirements en https pour les firewall.

Note de version

  • Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD data/update1.1.2to1.2.0.sql.
  • Exécutez le script install_app.sh qui permet l'installation de gunicorn et la mise à jour des dépendances python et javascript.

Attention

TaxHub n'utilise plus wsgi mais un serveur HTTP python nommé Gunicorn. Il est nécessaire de revoir la configuration Apache et de lancer le serveur http Gunicorn

  • Activer le mode proxy de Apache
sudo a2enmod proxy
sudo a2enmod proxy_http
sudo apache2ctl restart
  • Supprimer la totalité de la configuration Apache concernant TaxHub et remplacez-la par celle-ci :
# Configuration TaxHub
    <Location /taxhub>
        ProxyPass  http://127.0.0.1:8000/
        ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000/
    </Location>
# FIN Configuration TaxHub
  • Redémarrer Apache :
sudo service apache2 restart
  • Lancer le serveur HTTP Gunicorn :
make prod
  • Si vous voulez arrêter le serveur HTTP Gunicorn :
make prod-stop

L'application doit être disponible à l'adresse : http://monserver.ext/taxhub

1.1.2 (2017-02-23)

Nouveautés

  • Correction du code pour compatibilité avec Angular 1.6.1.
  • Passage à npm pour la gestion des dépendances (librairies).
  • Mise à jour du sous-module d'authentification.
  • Ajout de la liste des gymnospermes oubliés.
  • Création d'une liste Saisie possible, remplaçant l'attribut Saisie. Cela permet de choisir les synonymes que l'on peut saisir ou non dans GeoNature en se basant sur les cd_nom (bib_listes et cor_nom_liste) et non plus sur les cd_ref (bib_attributs et cor_taxon_attribut).
  • Création d'une documentation standard de mise à jour de l'application.
  • Bugfix (cf #100).

Note de version

1.1.1 (2016-12-14)

Nouveautés

  • Fixation et livraison des librairies suite à l'arrivée d'AngularJS1.6 (suppression du gestionnaire de dépendances bower)
  • Mise à disposition des listes rouges (non encore utilisé dans l'application)

Note de version

1.1.0 (2016-11-17)

Nouveautés

  • Bugfix
  • Ajout d'un titre à l'application
  • Gestion des valeurs null et des chaines vides
  • Correction de l'installation
  • Correction de l'effacement du type de média dans le tableau après enregistrement
  • Ajout d'une clé étrangère manquante à la création de la base de données
  • Ajout des listes rouges INPN (en BDD uniquement pour le moment)
  • Compléments sur les attributs des taxons exemples
  • Ajout d'une confirmation avant la suppression d'un media
  • Champ auteur affiché au lieu du champ description dans le tableau des médias
  • Modification du type de données pour l'attribut milieu
  • Possibilité de choisir pour l'installation du schéma utilisateurs - en local ou en Foreign Data Wrapper
  • Meilleure articulation et cohérence avec UsersHub, GeoNature et GeoNature-atlas
  • Amélioration en vue d'une installation simplifiée

1.0.0 (2016-09-06)

Première version fonctionnelle et déployable de TaxHub (Python Flask)

Fonctionnalités

  • Visualisation de Taxref
  • Gestion du catalogue de noms d'une structure
  • Association de données attributaires aux taxons d'une structure
  • Association de médias aux taxons d'une structure

0.1.0 (2016-05-12)

Première version de TaxHub, développée avec le framework PHP Symfony

Permet de lister le contenu de TaxRef, le contenu de taxonomie.bib_taxons, de faire des recherches, d'ajouter un taxon à taxonomie.bib_taxons depuis TaxRef et d'y renseigner ses propres attributs.

L'ajout d'un taxon dans des listes n'est pas encore développé.

Le MCD a été revu pour se baser sur taxonomie.bib_attributs et non plus sur les filtres de bib_taxons mais il reste encore à revoir le MCD pour ne pas pouvoir renseigner différemment les attributs d'un même taxon de référence - #71

A suivre : Remplacement du framework Symfony (PHP) par Flask (Python) - #70

0.0.1 (2015-04-01)

  • Création du projet et de la documentation