[SYNTHESE] Utilisation de taxref_tree pour les filtres taxonomiques

[bouttier]

Actuellement le filtrage en synthèse se fait en deux étapes :

• détermination de l’ensemble des cd_ref via find_all_taxons_children
• filtrage IN avec le résultat précédent

L’ajout de la VM taxref_tree offre la possibilité, via une jointure de cette table à la synthèse, de filtrer directement sur un taxon parent sans appel à la fonction find_all_taxons_children.

Lorsque l’on effectue une recherche sur un nœud plutôt bas de l’arbre taxonomique, les performances sont plutôt similaires. L’appel à find_all_taxons_children est relativement négligeable et les conditions IN vs taxref_tree sont relativement similaire.

En revanche lorsque la recherche porte sur un nœud élevé, par exemple « Animalia », taxref_tree améliore quelque peu les performances (~550-600ms vs ~850-900ms sur mes tests).

EXPLAIN ANALYSE SELECT count(*)
FROM gn_synthese.synthese s
WHERE s.cd_nom IN (SELECT DISTINCT cd_ref FROM taxonomie.find_all_taxons_children(ARRAY[183716]));

EXPLAIN ANALYSE SELECT count(*)
FROM gn_synthese.synthese s
JOIN taxonomie.vm_taxref_tree tt on s.cd_nom = tt.cd_nom , taxonomie.vm_taxref_tree parent
WHERE parent.cd_nom = 183716 AND tt.path <@ parent.path;

Le gain de performance ne semble donc pas extraordinaire, mais passer à taxref_tree s’envisage.

[camillemonchicourt]

A voir aussi dans les filtres taxonomiques avancés si c’est la même conclusion.