GeoNature et Campanule

[MathieuLagarde]

Version
Version de GeoNature 2.9.2.

Bonjour,
Travaillant actuellement sur des correspondances de nomenclatures entre des bases diverses et GéoNature, je m'interroge sur le fonctionnement actuel de GéoNature.

Concernant la thématique complexe des techniques / méthodes / protocoles d'observation dans son sens le plus large, voici ce que j'ai identifié y répondant peu ou prou:

Au niveau des métadonnées:

cadres d'acquisition

Le champ id_nomenclature_objectif (id_type = 108) de la table gn_meta.cor_acquisition_framework_objectif

jeux de données

Le champ id_nomenclature_dataset_objectif (id_type = 114) de la table gn_meta.t_datasets
Le champ id_nomenclature_collecting_method (id_type = 115) de la table gn_meta.t_datasets

Au niveau des données d'occurrence:

dans occtax

au niveau du relevé

Le champ id_nomenclature_tech_collect_campanule (id_type = 100) est présent dans la table pr_occtax.t_releves_occtax

au niveau du taxon

Les champs id_nomenclature_obs_technique (id_type = 14) [Technique d'observation] et id_nomenclature_determination_methode (id_type = 106) [Méthode de détermination] sont présents dans la table pr_occtax.t_occurrences_occtax.

dans la table gn_synthese.synthese:

Nous retrouvons les champs de la table pr_occtax.t_occurrences_occtax, à savoir id_nomenclature_obs_technique (id_type = 14) et id_nomenclature_determination_methode (id_type = 106), mais plus de trace de id_nomenclature_tech_collect_campanule (id_type = 100).

Description du problème

1/ Ai-je oublié des champs relatifs à cette problématique des techniques / méthodes / protocoles d'observation ?

2/ Pour pouvoir utiliser la nomenclature Campanule dans OccTax, il faut, si j'ai bien compris, activer le champ tech_collect = true dans le fichier conf_gn_module.toml du module occtax. Ce que j'ai fait sans succès malgré la doc: Afficher/masquer des champs du formulaire et Configuration d’un gn_module
D'où ma première question: quelle est la procédure pour activer ce champ ?
Le problème a déjà été soulevé (#1059), et semblait avoir été résolu.

3/ Le champ id_nomenclature_tech_collect_campanule ne se retrouve pas dans la table synthèse: est-ce prévu / en cours ? L'alimente-t'il sous un autre nom ?

De manière générale, j'ai compris que le sujet est délicat (#1208) et peut-être pas encore stabilisé au regard de l'historique de l'outil GéoNature, mais les derniers posts datent de plus d'un an, et je ne sais pas si les choses ont évolué depuis. Le champ id_nomenclature_tech_collect_campanule se base sur une nomenclature beaucoup plus complète que celles présentes dans les autres champs. Elle répond aussi à un besoin d'information standardisée largement utilisée chez les naturalistes.
Aussi, pour résumer, qu'en est-il de la nomenclature Campanule dans GéoNature ?

Par avance, merci pour vos réponse.

[Splendens]

Salut !

Pour le point 2

2/ Pour pouvoir utiliser la nomenclature Campanule dans OccTax, il faut, si j'ai bien compris, activer le champ tech_collect = true dans le fichier conf_gn_module.toml du module occtax. Ce que j'ai fait sans succès malgré la doc: Afficher/masquer des champs du formulaire et Configuration d’un gn_module
D'où ma première question: quelle est la procédure pour activer ce champ ?
Le problème a déjà été soulevé (#1059), et semblait avoir été résolu.

Je viens de tenter la manip sur une instance 2.9.2, et pas de souci, le champ du formulaire s'affiche après l'avoir passé à true.

Ce que j'ai fais :

• copier/coller de la partie

# ------------- FORM PARAMETER ---------------
 [form_fields]

du fichier d'exemple vers le fichier conf_gn_module.toml, avec les modifications suivantes :

`tech_collect = false` => `tech_collect = true`

`sample_number_proof = true` => suppression de cette ligne car renvoit une erreur lors du rechargement de la config.

• recharge de la config

cd /home/monuser/geonature/backend/
source venv/bin/activate
geonature update_module_configuration occtax
deactivate

• redémarrage du service
  sudo systemctl restart geonature

[jbrieuclp]

Peut-être que ça peut venir de ça : il ya l'ordre des paramètres a respecter dans le fichier de config occtax il me semble. Regarde le fichier d'exemple.

[MathieuLagarde]

Salut,
Merci pour ce point Marie, c'est désormais résolu. Je n'avais pas compris que le message que j'avais en lançant le geonature update_module_configuration occtax impliquait de supprimer la ligne sample_number_proof = true.

[camillemonchicourt]

Bonjour,

Quelques éléments sur ce sujet de Campanule et des techniques d'observation.
Lors de la construction de la version 2.0.0 de GeoNature, on avait un peu anticipé le lien entre données, métadonnées et Campanule (même si celui-ci n'était pas clarifié au niveau SINP) et intégré un champs "Technique d'observation" (hors standard) en plus du champs "Méthode d'observation" (présent dans le standard SINP).
Dans la V2 du standard SINP, le champs "Méthode d'observation" a été renommé "Technique d'observation", ce qui nous a posé des soucis conséquents du fait qu'on avait ces 2 champs distincts dans GeoNature.

Voir sur le sujet : #1208 (comment)

Quand on a implémenté la V2 du standard SINP dans GeoNature, on a gardé l'ancien champs "Technique d'observation" pour ceux qui l'utilisaient auparavant, mais en le masquant par défaut, car son destin n'est pas clair.

J'ai remonté plusieurs fois récemment dans différents GT SINP qu'il était important de clarifier le lien entre données, métadonnées et protocoles (Campanule) avec des enjeux forts sur le sujet, comme mentionné ici : #1453 (comment)

Ce sujet est ainsi remonté dans les questions à clarifier au niveau SINP.
En attendant, à utiliser avec précaution, car cela peut évoluer prochainement, quand les concepts et leur articulation sera précisée au niveau du SINP.

[MathieuLagarde]

Bonjour Camille,
Merci pour ta réponse.
Donc dans l'attente de cette clarification au niveau national, il faut laisser de côté la nomenclature id_nomenclature_tech_collect_campanule (id_type = 100) pour des données intégrées directement dans la table synthese.

[cen-cgeier]

Bonjour Camille,
Sais-tu si le SINP a pu clarifier les liens s'articulant entre données, métadonnées et protocoles (Campanule) ou si la question est toujours en cours de réflexion ? As-t'on des perspectives ?

[camillemonchicourt]

Oui il me semble que c'est le cas avec la V3 du standard Occurrences de taxons, sur lequel on n'est pas encore passé.

Lors des journées SINP de 2023 (https://sinp.naturefrance.fr/journees-du-sinp-2023/), une présentation de CAMPanule a eu lieu, dans laquelle il a notamment été mentionné cette articulation :

• Protocole et méthode au niveau du JDD
• Technique au niveau du taxon
• Méthode au niveau du relevé (si pas possible de le mettre au niveau du JDD)
• Cela ne va pas faire notre affaire de pouvoir mettre la méthode au niveau du JDD ou au niveau du relevé. Même si il est conseillé de le mettre au niveau du JDD. Je ne pense pas qu'il soit souhaitable de pouvoir associer une même info à 2 niveaux différents dans GeoNature

L'idée serait de profiter du passage à la V3 du standard Occurrences de taxons pour statuer et mettre ce sujet "serpent de mer" au propre.

Dans la présentation de cette nouvelle version du standard lors de ces mêmes journées SINP de 2023, on voit aussi :