From 3f8c5a6b77898f7cf3154b5720ccf25db79a17d3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Irfan Alibay Date: Wed, 2 Dec 2020 18:56:39 +0000 Subject: [PATCH 01/38] Adds basic GH Actions CI workflow (#3040) Fixes #3036 ## Work done in this PR - Adds a continuous integration workflow based on github actions. - Disables previous continuous integration workflow based on TravisCI. - Fixes minor Visibledeprecation warnings with the hole2 tests. --- .travis.yml => .disabled-travis.yml | 0 .github/workflows/gh-ci.yaml | 281 ++++++++++++++++++ maintainer/install_hole.sh | 115 ------- .../MDAnalysisTests/analysis/test_hole2.py | 6 +- 4 files changed, 284 insertions(+), 118 deletions(-) rename .travis.yml => .disabled-travis.yml (100%) create mode 100644 .github/workflows/gh-ci.yaml delete mode 100755 maintainer/install_hole.sh diff --git a/.travis.yml b/.disabled-travis.yml similarity index 100% rename from .travis.yml rename to .disabled-travis.yml diff --git a/.github/workflows/gh-ci.yaml b/.github/workflows/gh-ci.yaml new file mode 100644 index 00000000000..a9fee810031 --- /dev/null +++ b/.github/workflows/gh-ci.yaml @@ -0,0 +1,281 @@ +name: mda_gh_ci +on: + push: + branches: + - develop + - master + pull_request: + branches: + - develop + - master + +defaults: + run: + shell: bash -l {0} + +env: + MDA_CONDA_MIN_DEPS: "pip pytest mmtf-python biopython networkx cython matplotlib scipy griddataformats hypothesis gsd codecov" + MDA_CONDA_EXTRA_DEPS: "seaborn>=0.7.0 clustalw=2.1 netcdf4 scikit-learn joblib>=0.12 chemfiles tqdm>=4.43.0 tidynamics>=1.0.0 rdkit>=2020.03.1 h5py==2.10.0" + MDA_PIP_MIN_DEPS: 'coveralls coverage<5 pytest-cov pytest-xdist' + MDA_PIP_EXTRA_DEPS: 'duecredit parmed' + +jobs: + main_tests: + if: "github.repository == 'MDAnalysis/mdanalysis'" + runs-on: ${{ matrix.os }} + strategy: + fail-fast: false + matrix: + os: [ubuntu-latest, ] + python-version: [3.6, 3.7, 3.8] + run_type: [FULL, ] + install_hole: [true, ] + codecov: [true, ] + include: + - name: macOS + os: macOS-latest + python-version: 3.7 + run_type: FULL + install_hole: true + codecov: true + - name: minimal-ubuntu + os: ubuntu-latest + python-version: 3.6 + run_type: MIN + install_hole: false + codecov: true + - name: numpy_min + os: ubuntu-latest + python-version: 3.6 + run_type: FULL + install_hole: false + codecov: false + numpy: numpy=1.16.0 + - name: asv_check + os: ubuntu-latest + python-version: 3.7 + run_type: FULL + install_hole: false + codecov: false + env: + CYTHON_TRACE_NOGIL: 1 + MPLBACKEND: agg + GH_OS: ${{ matrix.os }} + + steps: + - uses: actions/checkout@v2 + + - name: setup_osx + if: startsWith(matrix.os, 'macOS') + run: | + # Set OS specific vars and compiler flags + echo "OS_NAME=osx" >> $GITHUB_ENV + # TODO: work out why this is necessary (from CI helpers) + echo "MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.9" >> $GITHUB_ENV + ulimit -S -n 2048 + clang -v + echo "CC=clang" >> $GITHUB_ENV + clang++ -v + echo "CXX=clang++" >> $GITHUB_ENV + gfortran-9 -v + echo "FC=gfortran-9" >> $GITHUB_ENV + + - name: setup_linux + if: startsWith(matrix.os, 'ubuntu') + run: | + # Set OS specific vars and compiler flags + echo "OS_NAME=linux" >> $GITHUB_ENV + gcc -v + echo "CC=gcc" >> $GITHUB_ENV + g++ -v + echo "CXX=g++" >> $GITHUB_ENV + gfortran -v + echo "FC=gfortran" >> $GITHUB_ENV + + - name: setup_miniconda + uses: conda-incubator/setup-miniconda@v2 + with: + python-version: ${{ matrix.python-version }} + auto-update-conda: true + channel-priority: flexible + channels: biobuilds, conda-forge + add-pip-as-python-dependency: true + # TODO: mamba causes pip to segfault, switch when fixed + #mamba-version: "*" + architecture: x64 + + - name: install_deps + env: + MDA_CONDA_FULL_DEPS: "${{ env.MDA_CONDA_MIN_DEPS }} ${{ env.MDA_CONDA_EXTRA_DEPS }}" + MDA_PIP_FULL_DEPS: "${{ env.MDA_PIP_MIN_DEPS }} ${{ env.MDA_PIP_EXTRA_DEPS }}" + run: | + # NOTE: vars need to be re-assigned + # NOTE: set matrix.numpy to pin to a specific numpy version + conda_deps="${{ matrix.numpy }} ${MDA_CONDA_${{ matrix.run_type }}_DEPS}" + pip_deps=${MDA_PIP_${{ matrix.run_type }}_DEPS} + conda install ${conda_deps} + pip install ${pip_deps} + + # also install asv if required + if [ ${{ matrix.name }} = "asv_check" ]; then + pip install asv + fi + + - name: check_setup + run: | + # Check OS and python setup + echo "OS: ${OS_NAME}" + which python + which pip + pip list + conda info + conda list + + - name: install_hole + if : matrix.install_hole + run: | + # We manually build hole2 to avoid OS incompatibilities + git clone https://github.com/MDAnalysis/hole2.git + cd hole2/src + source ../source.apache + (make FC=${FC}) && (make PREFIX=${HOME}/hole2 FC=${FC} install) + source ../source.unset + echo "HOLE_BINDIR=${HOME}/hole2/bin" >> $GITHUB_ENV + echo "${HOME}/hole2/bin" >> $GITHUB_PATH + + - name: install_mda + run: | + # TODO: using install instead of develop here causes coverage to drop + # for .pyx file. If possible a solution for this should be found. + (cd package/ && python setup.py develop) && (cd testsuite/ && python setup.py install) + + - name: run_tests + if: contains(matrix.name, 'asv_check') != true + run: | + PYTEST_FLAGS="--disable-pytest-warnings --durations=50" + if [ ${{ matrix.codecov }} = "true" ]; then + PYTEST_FLAGS="${PYTEST_FLAGS} --cov=MDAnalysis --cov-report=xml" + fi + echo $PYTEST_FLAGS + pytest -n 2 testsuite/MDAnalysisTests $PYTEST_FLAGS + + - name: run_asv + if: contains(matrix.name, 'asv_check') + run: | + cd benchmarks + time python -m asv check -E existing + + - name: codecov + if: matrix.codecov + uses: codecov/codecov-action@v1 + with: + file: coverage.xml + fail_ci_if_error: True + verbose: True + + + build_docs: + if: "github.repository == 'MDAnalysis/mdanalysis'" + runs-on: ubuntu-latest + env: + CYTHON_TRACE_NOGIL: 1 + MPLBACKEND: agg + + steps: + - uses: actions/checkout@v2 + + - name: setup_miniconda + uses: conda-incubator/setup-miniconda@v2 + with: + python-version: 3.7 + auto-update-conda: true + channel-priority: flexible + channels: biobuilds, conda-forge + add-pip-as-python-dependency: true + architecture: x64 + + - name: install_deps + run: | + conda_deps="${{ env.MDA_CONDA_MIN_DEPS }} ${{ env.MDA_CONDA_EXTRA_DEPS}}" + pip_deps="${{ env.MDA_PIP_MIN_DEPS}} ${{ env.MDA_PIP_EXTRA_DEPS }} sphinx==1.8.5 sphinx-sitemap sphinx_rtd_theme msmb_theme==1.2.0" + conda install ${conda_deps} + pip install ${pip_deps} + + - name: install_mda + run: | + cd package && python setup.py develop + + - name: build_docs + run: | + cd package && python setup.py build_sphinx -E + + - name: deploy_docs + if: github.event_name != 'pull_request' + run: | + # place the deploy call here + echo "Oh, maple syrup roast parsnips [Richard Gowers]" + + + pylint_check: + if: "github.repository == 'MDAnalysis/mdanalysis'" + runs-on: ubuntu-latest + + steps: + - uses: actions/checkout@v2 + + - name: setup_miniconda + uses: conda-incubator/setup-miniconda@v2 + with: + python-version: 3.7 + auto-update-conda: true + channel-priority: flexible + channels: conda-forge + add-pip-as-python-dependency: true + mamba-version: "*" + architecture: x64 + + - name: install + run: | + which pip + which python + pip install pylint + + - name: pylint + env: + PYLINTRC: package/.pylintrc + run: | + pylint --py3k package/MDAnalysis && pylint --py3k testsuite/MDAnalysisTests + + + pypi_check: + if: "github.repository == 'MDAnalysis/mdanalysis'" + runs-on: ubuntu-latest + + steps: + - uses: actions/checkout@v2 + + - name: setup_miniconda + uses: conda-incubator/setup-miniconda@v2 + with: + python-version: 3.7 + auto-update-conda: true + channel-priority: flexible + channels: conda-forge + add-pip-as-python-dependency: true + mamba-version: "*" + architecture: x64 + + - name: install_conda + run: | + conda install setuptools cython numpy twine + + - name: install_mdanalysis + run: | + cd package && python setup.py sdist + + - name: check_package_build + run: | + DISTRIBUTION=$(ls -t1 package/dist/MDAnalysis-*.tar.gz | head -n 1) + test -n "${DISTRIBUTION}" || { echo "no distribution package/dist/MDAnalysis-*.tar.gz found"; exit 1; } + echo "twine check $DISTRIBUTION" + twine check $DISTRIBUTION diff --git a/maintainer/install_hole.sh b/maintainer/install_hole.sh deleted file mode 100755 index 8e2046ae310..00000000000 --- a/maintainer/install_hole.sh +++ /dev/null @@ -1,115 +0,0 @@ -#!/bin/bash -# -# Written by Oliver Beckstein, 2016 -# -# This script is placed into the Public Domain using the CC0 1.0 Public Domain -# Dedication https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/ -# -# -# NOTE: IF YOU RUN THIS SCRIPT YOU MUST BE ABLE TO COMPLY WITH THE HOLE -# NOT-FOR-PROFIT LICENSE. -# -# -# Install HOLE from http://www.holeprogram.org/ -# -# arguments -# OSNAME : linux | darwin -# PREFIX : "path/to/installdir" -# -# PREFIX can be relative to CWD or an absolute path; it will be created -# and HOLE unpacked under PREFIX (the tar file contains "hole2/...") -# -# -# HOLE v2.2004 is used under the terms of the 'HOLE END USER LICENCE AGREEMENT -# NOT-FOR-PROFIT VERSION' as provided in the installation tarball as file -# 'doc/Licence-not-for-profit.asciidoc' and see copy at -# https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis/files/372246/Licence-not-for-profit.txt -# (recent as of 2016-07-19). -# - - -set -o errexit -o nounset - -SCRIPT=$(basename $0) - -# We still use the 2.2004 versions (academic only) because -# for the v2.2005 (Apache license) there are no pre-compiled binaries -# available at http://www.holeprogram.org/ as of 2018-02-22 - -# could switch to http://www.holeprogram.org/downloads/2.2.004/hole2-NotForProfit-2.2.004-Linux-i686.tar.gz -DOWNLOAD_URL_LINUX='https://www.holeprogram.org/downloads/2.2.004/hole2-NotForProfit-2.2.004-Linux-x86_64.tar.gz' -TARFILE_LINUX='hole2-NotForProfit-2.2.004-Linux-x86_64.tar.gz' - -# could switch to http://www.holeprogram.org/downloads/2.2.004/hole2-NotForProfit-2.2.004-Darwin-i386.tar.gz -DOWNLOAD_URL_DARWIN='https://www.holeprogram.org/downloads/2.2.004/hole2-NotForProfit-2.2.004-Darwin-i386.tar.gz' -TARFILE_DARWIN=hole2-NotForProfit-2.2.004-Darwin-i386.tar.gz - -# path to dir with executables in the current HOLE distribution -HOLE_EXE_DIR=hole2/exe - -function die () { - local msg="$1" err=$2 - echo "[${SCRIPT}] ERROR: $msg [$err]" - exit $err -} - -function is_native_executable () { - local filename="$1" OSNAME="$2" - file "${filename}" | grep -qi ${OFORMAT} - return $? -} - -OSNAME="$1" -case "$OSNAME" in - Linux|linux) - OSNAME=Linux - OFORMAT=Linux - DOWNLOAD_URL="${DOWNLOAD_URL_LINUX}" - TARFILE=${TARFILE_LINUX} - ;; - OSX|osx|Darwin|darwin) - OSNAME=Darwin - OFORMAT="Mach-O" - DOWNLOAD_URL="${DOWNLOAD_URL_DARWIN}" - TARFILE=${TARFILE_DARWIN} - ;; - *) - die "OS '${OSNAME}' not supported." 10;; -esac - -PREFIX="$2" -test -n "$PREFIX" || die "missing second argument PREFIX (installation directory)" 10 - -#------------------------------------------------------------ -# start installation -#------------------------------------------------------------ - -mkdir -p "$PREFIX" && cd "$PREFIX" || die "Failed to create and cd to $PREFIX" 1 -if ! test -f ${TARFILE}; then - echo "Downloading ${TARFILE} from ${DOWNLOAD_URL}..." - # fixing curl on travis/anaconda, see http://stackoverflow.com/a/31060428/334357 - export CURL_CA_BUNDLE=/etc/ssl/certs/ca-certificates.crt - curl -L ${DOWNLOAD_URL} -o ${TARFILE} || \ - die "Failed to download ${TARFILE} from ${DOWNLOAD_URL}" 1 -fi - -# only install the executables in HOLE_EXE_DIR -tar xvf ${TARFILE} ${HOLE_EXE_DIR} || die "Failed 'tar xvf ${TARFILE} ${HOLE_EXE_DIR}'" 1 - -MDA_HOLE_BINDIR="${PWD}/${HOLE_EXE_DIR}" -HOLE_EXE="${MDA_HOLE_BINDIR}/hole" - -test -d "${MDA_HOLE_BINDIR}" || { \ - echo "Content of ${PWD}:"; - ls -la; - die "no HOLE exe dir ${MDA_HOLE_BINDIR} in $PWD" 2; } -test -f "${HOLE_EXE}" || die "hole executable ${HOLE_EXE} not installed" 2 -is_native_executable ${HOLE_EXE} ${OFORMAT} || \ - { file ${HOLE_EXE}; \ - die "${HOLE_EXE} will not run on ${OSNAME} (object format ${OFORMAT})" 3; } - -echo "HOLE executables were installed into ${MDA_HOLE_BINDIR}" -echo ">>> export PATH=\${PATH}:${MDA_HOLE_BINDIR}" - -# repeat this line in .travis.yml -export PATH=${PATH}:${MDA_HOLE_BINDIR} diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/analysis/test_hole2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/analysis/test_hole2.py index 380eceba95e..4dc98365da7 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/analysis/test_hole2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/analysis/test_hole2.py @@ -480,7 +480,7 @@ def test_over_order_parameters(self, hole): assert key == rmsd idx = np.argsort(op) - arr = np.array(list(hole.profiles.values())) + arr = np.array(list(hole.profiles.values()), dtype=object) for op_prof, arr_prof in zip(profiles.values(), arr[idx]): assert op_prof is arr_prof @@ -496,7 +496,7 @@ def test_over_order_parameters_file(self, hole, tmpdir): assert key == rmsd idx = np.argsort(op) - arr = np.array(list(hole.profiles.values())) + arr = np.array(list(hole.profiles.values()), dtype=object) for op_prof, arr_prof in zip(profiles.values(), arr[idx]): assert op_prof is arr_prof @@ -520,7 +520,7 @@ def test_over_order_parameters_frames(self, hole): idx = np.argsort(op[:n_frames]) values = list(hole.profiles.values())[:n_frames] - arr = np.array(values) + arr = np.array(values, dtype=object) for op_prof, arr_prof in zip(profiles.values(), arr[idx]): assert op_prof is arr_prof From fac470c1838b786c0efbf1ab7024f74d58b9938d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 11:06:30 +0100 Subject: [PATCH 02/38] write failing test --- testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py | 4 ++++ 1 file changed, 4 insertions(+) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py index c5fb1650d15..66a225917cc 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py @@ -55,6 +55,10 @@ def test_read_statusbit(self): assert_equal(len(u.atoms), 297) assert_equal(u.trajectory.n_frames, 1) + def test_elements(self): + u = Universe(mol2_ligand) + u.elements + def test_write(self, tmpdir): ref = Universe(mol2_molecules) with tmpdir.as_cwd(): From 7109ebe6d9d3a8663d678859fd6da48af12c3681 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 12:17:01 +0100 Subject: [PATCH 03/38] revert coordinates --- testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py | 4 ---- 1 file changed, 4 deletions(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py index 66a225917cc..c5fb1650d15 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_mol2.py @@ -55,10 +55,6 @@ def test_read_statusbit(self): assert_equal(len(u.atoms), 297) assert_equal(u.trajectory.n_frames, 1) - def test_elements(self): - u = Universe(mol2_ligand) - u.elements - def test_write(self, tmpdir): ref = Universe(mol2_molecules) with tmpdir.as_cwd(): From bbbd6f4fa6fe329a4577e84b38a05431a5bf2fae Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 12:32:44 +0100 Subject: [PATCH 04/38] add correct failing test --- .../MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 28 ++++++++++++++++++- 1 file changed, 27 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 47601d905e7..8b4a8f4c709 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -32,11 +32,14 @@ ) from numpy.testing import assert_equal +import numpy as np + class TestMOL2Base(ParserBase): parser = mda.topology.MOL2Parser.MOL2Parser expected_attrs = [ - 'ids', 'names', 'types', 'charges', 'resids', 'resnames', 'bonds' + 'ids', 'names', 'types', 'charges', 'resids', 'resnames', 'bonds', + 'elements', ] guessed_attrs = ['masses'] expected_n_atoms = 49 @@ -50,6 +53,7 @@ def test_attr_size(self, top): assert len(top.charges) == top.n_atoms assert len(top.resids) == top.n_residues assert len(top.resnames) == top.n_residues + assert len(top.elements) == top.n_atoms def test_bonds(self, top): assert len(top.bonds) == 49 # bonds for 49 atoms @@ -68,3 +72,25 @@ def test_bond_orders(): u = mda.Universe(mol2_molecule) orders = [bond.order for bond in u.atoms.bonds] assert_equal(orders, ref_orders) + + +def test_elements(): + u = mda.Universe(mol2_molecule) + + assert_equal( + u.atoms.elements[:5], + np.array(["N", "S", "N", "N", "O"], dtype="U3") + ) + + +""" +# Test for #2927 +def test_elements_selection(): + u = mda.Universe(mol2_molecule) + ag = u.select_atoms("element S") + + assert_equal( + ag.elements, + np.array(["S", "S"], dtype="U3") + ) +""" From b44ca847f158a4a88dc8e8a95161dae736161154 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 12:32:58 +0100 Subject: [PATCH 05/38] populate elements from MOL2 --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 13 ++++++++++++- 1 file changed, 12 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 9a765449245..2440dc90191 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -53,6 +53,7 @@ Atomtypes, Bonds, Charges, + Elements, Masses, Resids, Resnums, @@ -91,6 +92,13 @@ def parse(self, **kwargs): Returns ------- A MDAnalysis Topology object + + + .. versionchanges: 2.0.0 + Parse elements from atom types. The elements attribute can contain + MOL2-specific atom types such as Du (dummy atom), Any, Hal (halogen), + Het (heteroatom) and Hev (heavy atoms). Masses are "guessed" from + elements. """ blocks = [] @@ -136,6 +144,7 @@ def parse(self, **kwargs): resids = [] resnames = [] charges = [] + elements = [] for a in atom_lines: aid, name, x, y, z, atom_type, resid, resname, charge = a.split()[:9] @@ -146,10 +155,11 @@ def parse(self, **kwargs): resids.append(resid) resnames.append(resname) charges.append(charge) + elements.append(atom_type.strip(".")[0]) n_atoms = len(ids) - masses = guessers.guess_masses(types) + masses = guessers.guess_masses(elements) attrs = [] attrs.append(Atomids(np.array(ids, dtype=np.int32))) @@ -157,6 +167,7 @@ def parse(self, **kwargs): attrs.append(Atomtypes(np.array(types, dtype=object))) attrs.append(Charges(np.array(charges, dtype=np.float32))) attrs.append(Masses(masses, guessed=True)) + attrs.append(Elements(np.array(elements, dtype="U3"))) resids = np.array(resids, dtype=np.int32) resnames = np.array(resnames, dtype=object) From 2f08e60d5614cfcaf55f66c8f0a63c640f21aa50 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 12:48:37 +0100 Subject: [PATCH 06/38] pep8 --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 6 +++--- 1 file changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 2440dc90191..75b5a97da02 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -96,9 +96,9 @@ def parse(self, **kwargs): .. versionchanges: 2.0.0 Parse elements from atom types. The elements attribute can contain - MOL2-specific atom types such as Du (dummy atom), Any, Hal (halogen), - Het (heteroatom) and Hev (heavy atoms). Masses are "guessed" from - elements. + MOL2-specific atom types such as Du (dummy atom), Any, + Hal (halogen), Het (heteroatom) and Hev (heavy atoms). + Masses are "guessed" from elements. """ blocks = [] From 3e60ebe3ff60f7aaa2b27d2a1bf4a789d1a99aca Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 12:51:18 +0100 Subject: [PATCH 07/38] changelog --- package/CHANGELOG | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/package/CHANGELOG b/package/CHANGELOG index 3f192320800..85737aac9b1 100644 --- a/package/CHANGELOG +++ b/package/CHANGELOG @@ -21,6 +21,7 @@ The rules for this file: * 2.0.0 Fixes + * MOL2 parser populates elements attribute from SYMBL atom types (Issue #3062) * Write `CONECT` record only once in multi-model PDB files (Issue #3018) * Add '.nc' as a recognised extension for the NCDFWriter (Issue #3030) * PDB parser now assigns empty records for partially missing/invalid elements From 2661c9ba9633d76654199b5a5ba878f42ce3627f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 13:44:46 +0100 Subject: [PATCH 08/38] validate elements and test --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 18 ++++++++++-- .../MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 28 +++++++++++++++++-- 2 files changed, 42 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 75b5a97da02..0236a662cbb 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -61,6 +61,9 @@ Segids, ) from ..core.topology import Topology +from .tables import SYMB2Z + +import warnings class MOL2Parser(TopologyReaderBase): @@ -159,7 +162,18 @@ def parse(self, **kwargs): n_atoms = len(ids) - masses = guessers.guess_masses(elements) + validated_elements = [] + for elem in elements: + if elem.capitalize() in SYMB2Z: + validated_elements.append(elem.capitalize()) + else: + wmsg = (f"Unknown element {elem.capitalize()} found for some " + "atoms. These have been given an empty element " + "record.") + warnings.warn(wmsg) + validated_elements.append('') + + masses = guessers.guess_masses(validated_elements) attrs = [] attrs.append(Atomids(np.array(ids, dtype=np.int32))) @@ -167,7 +181,7 @@ def parse(self, **kwargs): attrs.append(Atomtypes(np.array(types, dtype=object))) attrs.append(Charges(np.array(charges, dtype=np.float32))) attrs.append(Masses(masses, guessed=True)) - attrs.append(Elements(np.array(elements, dtype="U3"))) + attrs.append(Elements(np.array(validated_elements, dtype="U3"))) resids = np.array(resids, dtype=np.int32) resnames = np.array(resnames, dtype=object) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 8b4a8f4c709..38ad6d75999 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -30,10 +30,9 @@ mol2_molecule, mol2_molecules, ) -from numpy.testing import assert_equal import numpy as np - +from io import StringIO class TestMOL2Base(ParserBase): parser = mda.topology.MOL2Parser.MOL2Parser @@ -94,3 +93,28 @@ def test_elements_selection(): np.array(["S", "S"], dtype="U3") ) """ + +# Bond information is needed +# See #3057 +mol2_wrong_element ="""\ +@MOLECULE +FXA101_1 +49 51 1 0 0 +SMALL +USER_CHARGES + + +@ATOM + 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 +@BOND + 1 1 2 am +""" + + +def test_wrong_elements_warnings(): + with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown element X found'): + u = mda.Universe(StringIO(mol2_wrong_element), format='MOL2') + + expected = np.array(['N', ''], dtype=object) + assert_equal(u.atoms.elements, expected) \ No newline at end of file From 660750ca646954b23d1d34fdf712223161355aa9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 13:52:35 +0100 Subject: [PATCH 09/38] fix pep8 --- testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 8 ++++---- 1 file changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 38ad6d75999..7a4c87d52ce 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -37,7 +37,7 @@ class TestMOL2Base(ParserBase): parser = mda.topology.MOL2Parser.MOL2Parser expected_attrs = [ - 'ids', 'names', 'types', 'charges', 'resids', 'resnames', 'bonds', + 'ids', 'names', 'types', 'charges', 'resids', 'resnames', 'bonds', 'elements', ] guessed_attrs = ['masses'] @@ -96,10 +96,10 @@ def test_elements_selection(): # Bond information is needed # See #3057 -mol2_wrong_element ="""\ +mol2_wrong_element = """\ @MOLECULE FXA101_1 -49 51 1 0 0 +49 51 1 0 0 SMALL USER_CHARGES @@ -117,4 +117,4 @@ def test_wrong_elements_warnings(): u = mda.Universe(StringIO(mol2_wrong_element), format='MOL2') expected = np.array(['N', ''], dtype=object) - assert_equal(u.atoms.elements, expected) \ No newline at end of file + assert_equal(u.atoms.elements, expected) From d87f65111c02da9cae948193b7a534013e1f35ce Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 13:58:26 +0100 Subject: [PATCH 10/38] try to fix git mess --- .github/workflows/gh-ci.yaml | 53 +++++++++++++++++- maintainer/deploy_docs_via_travis.sh | 82 ---------------------------- 2 files changed, 51 insertions(+), 84 deletions(-) delete mode 100644 maintainer/deploy_docs_via_travis.sh diff --git a/.github/workflows/gh-ci.yaml b/.github/workflows/gh-ci.yaml index a9fee810031..679dd97ec5f 100644 --- a/.github/workflows/gh-ci.yaml +++ b/.github/workflows/gh-ci.yaml @@ -19,6 +19,7 @@ env: MDA_PIP_MIN_DEPS: 'coveralls coverage<5 pytest-cov pytest-xdist' MDA_PIP_EXTRA_DEPS: 'duecredit parmed' + jobs: main_tests: if: "github.repository == 'MDAnalysis/mdanalysis'" @@ -211,9 +212,57 @@ jobs: - name: deploy_docs if: github.event_name != 'pull_request' + env: + GH_USER: github-actions + GH_EMAIL: "github-action@users.noreply.github.com" + GH_REPOSITORY: "github.com/${{ github.repository }}.git" + GH_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} + URL: https://docs.mdanalysis.org + run: | - # place the deploy call here - echo "Oh, maple syrup roast parsnips [Richard Gowers]" + # set up environment variables + # cannot execute bash to make variables in env section + # export URL for the Python script $UPDATE_JSON + export URL + export VERSION=$(cd package/MDAnalysis; python -c 'import version; print(version.__version__)') + UPDATE_JSON=$(pwd)/maintainer/update_json_stubs_sitemap.py + BRANCH="${GITHUB_REF#refs/heads/}" + + # the below turns off non-blocking as it causes large writes to stdout to fail + # (see https://github.com/travis-ci/travis-ci/issues/4704) + # commented out as this is not a problem with gh-actions + # python -c 'import os,sys,fcntl; flags = fcntl.fcntl(sys.stdout, fcntl.F_GETFL); fcntl.fcntl(sys.stdout, fcntl.F_SETFL, flags&~os.O_NONBLOCK);' + cd package/doc/html/html + + # move docs into version subfolder + mkdir ../${VERSION} && mv * ../${VERSION} && mv ../${VERSION} $VERSION + + # set up git + REV=$(git rev-parse --short HEAD) + git init + git config user.name $GH_USER + git config user.email $GH_EMAIL + git remote add upstream "https://${GH_USER}:${GH_TOKEN}@${GH_REPOSITORY}" + git fetch --depth 50 upstream $BRANCH gh-pages + git reset upstream/gh-pages + + # redirects and copies + mkdir latest + python $UPDATE_JSON + touch . + touch .nojekyll + + git add -A ${VERSION}/ + git add .nojekyll versions.json *.xml *.html index.html latest + + for dirname in dev stable documentation_pages ; do + if [ -d $dirname ]; then git add $dirname; fi + done + + # check for anything to commit + # https://stackoverflow.com/questions/3878624/how-do-i-programmatically-determine-if-there-are-uncommited-changes + git diff-index --quiet HEAD -- || git commit -m "rebuilt html docs for version ${VERSION} from branch ${BRANCH} with sphinx at ${REV}" + git push -q upstream HEAD:gh-pages pylint_check: diff --git a/maintainer/deploy_docs_via_travis.sh b/maintainer/deploy_docs_via_travis.sh deleted file mode 100644 index 52c613e6b89..00000000000 --- a/maintainer/deploy_docs_via_travis.sh +++ /dev/null @@ -1,82 +0,0 @@ -#!/bin/bash -# Deploying docs from travis-ci. -# See https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis/issues/386 -# Script based on https://github.com/steveklabnik/automatically_update_github_pages_with_travis_example - -# Run this script from the top-level of the checked out git -# repository. A github OAuth token must be available in the evironment -# variable GH_TOKEN and is set up through the .travis.yml -# env:global:secure parameter (encrypted with travis-ci's public key)/ -# -# Additional environment variables set in .travis.yml -# GH_REPOSITORY repo to full from and push to -# GH_DOC_BRANCH branch from which the docs are built -# GIT_CI_USER name of the user to push docs as -# GIT_CI_EMAIL email of the user to push docs as -# MDA_DOCDIR path to the docdir from top of repo -# MAINTAIN_DIR path to maintainer/ -# VERSION version of MDAnalysis -# -# NOTE: If any of these environment variables are not set or -# empty then the script will exit with and error (-o nounset). - -set -o errexit -o nounset - -function die () { - local msg="$1" err=${2:-1} - echo "ERROR: $msg [$err]" - exit $err -} - -rev=$(git rev-parse --short HEAD) - -# the following tests should be superfluous because of -o nounset -test -n "${GH_TOKEN}" || die "GH_TOKEN is empty: need OAuth GitHub token to continue" 100 -test -n "${GH_REPOSITORY}" || die "GH_REPOSITORY must be set in .travis.yml" 100 -test -n "${MDA_DOCDIR}" || die "MDA_DOCDIR must be set in .travis.yml" 100 -test -n "${MAINTAIN_DIR}" || die "MAINTAIN_DIR must be set in .travis.yml" 100 -test -n "${VERSION}" || die "VERSION must be set in .travis.yml" 100 - - -cd ${MDA_DOCDIR} || die "Failed to 'cd ${MDA_DOCDIR}'. Run from the top level of the repository" - -# move into $version subdirectory -mkdir ../${VERSION} && mv * ../${VERSION} - -git init -git config user.name "${GIT_CI_USER}" -git config user.email "${GIT_CI_EMAIL}" - -mv ../${VERSION} $VERSION - -git remote add upstream "https://${GH_TOKEN}@${GH_REPOSITORY}" -git fetch --depth 50 upstream ${GH_DOC_BRANCH} gh-pages -git reset upstream/gh-pages - -# === REDIRECTS AND COPIES ==== -# home (index.html) redirects to stable/ -# latest (latest/index.html) redirects to most recent release -# dev/ is a copy of the dev docs with the highest number (so 2.0.0-dev instead of 1.0.1-dev) -# stable/ is a copy of the release docs with the highest number -mkdir latest -export URL="https://docs.mdanalysis.org" -python ${MAINTAIN_DIR}/update_json_stubs_sitemap.py -touch . -touch .nojekyll - -git add -A ${VERSION}/ -git add .nojekyll versions.json -git add index.html latest - -for dirname in dev stable documentation_pages ; do - if [ -d $dirname ]; then git add $dirname; fi -done - -git add *.xml *.html - -# check for anything to commit -# https://stackoverflow.com/questions/3878624/how-do-i-programmatically-determine-if-there-are-uncommited-changes -git diff-index --quiet HEAD -- || git commit -m "rebuilt html docs for version ${VERSION} from branch ${GH_DOC_BRANCH} with sphinx at ${rev}" -git push -q upstream HEAD:gh-pages - - From c354c12ccc2662c16119cafef91ceabc026b5b10 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 14:19:14 +0100 Subject: [PATCH 11/38] one warning per invalid element --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 13 +++++++++---- testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 8 ++++++-- 2 files changed, 15 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 0236a662cbb..38b70b3d090 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -163,16 +163,21 @@ def parse(self, **kwargs): n_atoms = len(ids) validated_elements = [] + invalid_elements = set() for elem in elements: if elem.capitalize() in SYMB2Z: validated_elements.append(elem.capitalize()) else: - wmsg = (f"Unknown element {elem.capitalize()} found for some " - "atoms. These have been given an empty element " - "record.") - warnings.warn(wmsg) + invalid_elements.add(elem.capitalize()) validated_elements.append('') + # Print warnings about invalid elements + for elem in invalid_elements: + wmsg = (f"Unknown element {elem} found for some " + "atoms. These have been given an empty element " + "record.") + warnings.warn(wmsg) + masses = guessers.guess_masses(validated_elements) attrs = [] diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 7a4c87d52ce..905b0b5851a 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -107,14 +107,18 @@ def test_elements_selection(): @ATOM 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 + 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 X.am 1 Q101 -0.3970 @BOND 1 1 2 am """ def test_wrong_elements_warnings(): - with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown element X found'): + with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown element X found') as record: u = mda.Universe(StringIO(mol2_wrong_element), format='MOL2') - expected = np.array(['N', ''], dtype=object) + # One warning from invalid elements, one from invalid masses + assert len(record) == 2 + + expected = np.array(['N', '', ''], dtype=object) assert_equal(u.atoms.elements, expected) From 815a39905a32c63bb4980f8cc2f9adb7be4fa545 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 15:29:10 +0100 Subject: [PATCH 12/38] print only a single warning --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 14 ++++++-------- testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 4 ++-- 2 files changed, 8 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 38b70b3d090..442499ecd53 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -158,7 +158,7 @@ def parse(self, **kwargs): resids.append(resid) resnames.append(resname) charges.append(charge) - elements.append(atom_type.strip(".")[0]) + elements.append(atom_type.split(".")[0]) n_atoms = len(ids) @@ -168,15 +168,13 @@ def parse(self, **kwargs): if elem.capitalize() in SYMB2Z: validated_elements.append(elem.capitalize()) else: - invalid_elements.add(elem.capitalize()) + invalid_elements.add(elem) validated_elements.append('') - # Print warnings about invalid elements - for elem in invalid_elements: - wmsg = (f"Unknown element {elem} found for some " - "atoms. These have been given an empty element " - "record.") - warnings.warn(wmsg) + if invalid_elements: + warnings.warn("Unknown elements found for some " + f"atoms: {[e for e in invalid_elements]}. " + "These have been given an empty element record.") masses = guessers.guess_masses(validated_elements) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 905b0b5851a..6b6660a9ab5 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -107,14 +107,14 @@ def test_elements_selection(): @ATOM 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 - 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 X.am 1 Q101 -0.3970 + 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 XX.am 1 Q101 -0.3970 @BOND 1 1 2 am """ def test_wrong_elements_warnings(): - with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown element X found') as record: + with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown elements found') as record: u = mda.Universe(StringIO(mol2_wrong_element), format='MOL2') # One warning from invalid elements, one from invalid masses From e64fdd9280f17587240bccacc08466f0a2c385ba Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 8 Dec 2020 15:30:58 +0100 Subject: [PATCH 13/38] print set directly --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 2 +- testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 1 + 2 files changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 442499ecd53..7e19cff014c 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -173,7 +173,7 @@ def parse(self, **kwargs): if invalid_elements: warnings.warn("Unknown elements found for some " - f"atoms: {[e for e in invalid_elements]}. " + f"atoms: {invalid_elements}. " "These have been given an empty element record.") masses = guessers.guess_masses(validated_elements) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 6b6660a9ab5..13ee0de4eec 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -119,6 +119,7 @@ def test_wrong_elements_warnings(): # One warning from invalid elements, one from invalid masses assert len(record) == 2 + print(record[0].message) expected = np.array(['N', '', ''], dtype=object) assert_equal(u.atoms.elements, expected) From 77179637428b6329a7627246d8047f49eb4b1987 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Sat, 12 Dec 2020 23:00:43 +0100 Subject: [PATCH 14/38] do not capitalize elements --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 9 ++++++--- 1 file changed, 6 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 7e19cff014c..bb2cfede66d 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -165,12 +165,13 @@ def parse(self, **kwargs): validated_elements = [] invalid_elements = set() for elem in elements: - if elem.capitalize() in SYMB2Z: - validated_elements.append(elem.capitalize()) + if elem in SYMB2Z: + validated_elements.append(elem) else: invalid_elements.add(elem) validated_elements.append('') + # Print single warning for all unknown elements, if any if invalid_elements: warnings.warn("Unknown elements found for some " f"atoms: {invalid_elements}. " @@ -184,7 +185,9 @@ def parse(self, **kwargs): attrs.append(Atomtypes(np.array(types, dtype=object))) attrs.append(Charges(np.array(charges, dtype=np.float32))) attrs.append(Masses(masses, guessed=True)) - attrs.append(Elements(np.array(validated_elements, dtype="U3"))) + + if not np.all(validated_elements == ''): + attrs.append(Elements(np.array(validated_elements, dtype="U3"))) resids = np.array(resids, dtype=np.int32) resnames = np.array(resnames, dtype=object) From 69585b35f027e028be48b8b0f5b979e5a8c1b46e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Sat, 12 Dec 2020 23:10:58 +0100 Subject: [PATCH 15/38] uncomment tests for now merged PRs --- testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 5 +---- 1 file changed, 1 insertion(+), 4 deletions(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 13ee0de4eec..ccc451e7c10 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -82,7 +82,6 @@ def test_elements(): ) -""" # Test for #2927 def test_elements_selection(): u = mda.Universe(mol2_molecule) @@ -92,7 +91,7 @@ def test_elements_selection(): ag.elements, np.array(["S", "S"], dtype="U3") ) -""" + # Bond information is needed # See #3057 @@ -108,8 +107,6 @@ def test_elements_selection(): 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 XX.am 1 Q101 -0.3970 -@BOND - 1 1 2 am """ From df10a1b40baf21384389cdeab8e1f89c861657d0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Sat, 12 Dec 2020 23:24:07 +0100 Subject: [PATCH 16/38] prepare fix for rdkit test from PR #3069 --- testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_rdkit.py | 4 ++++ 1 file changed, 4 insertions(+) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_rdkit.py b/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_rdkit.py index 1fc1bea543d..8b79179043e 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_rdkit.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/coordinates/test_rdkit.py @@ -220,6 +220,10 @@ def test_identical_topology(self, rdmol): def test_raise_requires_elements(self): u = mda.Universe(mol2_molecule) + + # Delete topology attribute (PR #3069) + # universe.del_TopologyAttr('elements') + with pytest.raises( AttributeError, match="`elements` attribute is required for the RDKitConverter" From 41a8025347ad04e7459c7b3072c3bd07c4f4d5f0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 3 Aug 2021 12:05:25 +0200 Subject: [PATCH 17/38] delete topology attribute for RDKit test --- testsuite/MDAnalysisTests/converters/test_rdkit.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/converters/test_rdkit.py b/testsuite/MDAnalysisTests/converters/test_rdkit.py index 528390a8dbd..0e9ee968ee5 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/converters/test_rdkit.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/converters/test_rdkit.py @@ -231,7 +231,7 @@ def test_raise_requires_elements(self): u = mda.Universe(mol2_molecule) # Delete topology attribute (PR #3069) - # universe.del_TopologyAttr('elements') + u.del_TopologyAttr('elements') with pytest.raises( AttributeError, From fa96cbcae00e4e2dd8defb3d6b149014be7c6ee0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 3 Aug 2021 14:13:33 +0200 Subject: [PATCH 18/38] add dictionary of SYBYL atom types --- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 31 +++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 31 insertions(+) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index ce25dbbeded..4edc784f1fc 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -394,3 +394,34 @@ def kv2dict(s, convertor=str): 113: 'Nh', 114: 'Fl', 115: 'Mc', 116: 'Lv', 117: 'Ts', 118: 'Og'} SYMB2Z = {v:k for k, v in Z2SYMB.items()} + +SYBYL2SYMB = { + "H": "H", "H.spc": "H", "H.t3p": "H", + "C.3": "C", "C.2": "C", "C.1": "C", "C.ar": "C", "C.cat": "C", "Du.C": "C", + "N.3": "N", "N.2": "N", "N.1": "N", "N.ar": "N", + "N.am": "N", "N.pl3": "N", "N.4": "N", + "O.3": "O", "O.2": "O", "O.co2": "O", "O.spc": "O", "O.t3p": "O", + "S.3": "S", "S.2": "S", "S.o": "S", "S.o2": "S", # S.o and S.o2 or S.O and S.O2? + "P.3": "P", + "F": "F", + "Li": "Li", + "Na": "Na", + "Mg": "Mg", + "Al": "Al", + "Si": "Si", + "K": "K", + "Ca": "Ca", + "Cr.th": "Cr", + "Cr.oh": "Cr", + "Mn": "Mn", + "Fe": "Fe", + "Co.oh": "Co", + "Cu": "Cu", + "Cl": "Cl", + "Br": "Br", + "I": "I", + "Zn": "Zn", + "Se": "Se", + "Mo": "Mo", + "Sn": "Sn", +} \ No newline at end of file From 899717cab4194ca8a048f98d9fb693806ef7804d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 3 Aug 2021 14:18:50 +0200 Subject: [PATCH 19/38] check types are SYBYL atom sypes --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 16 ++++++++-------- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 2 +- 2 files changed, 9 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 131909b4c93..da0d23264b2 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -61,7 +61,7 @@ Segids, ) from ..core.topology import Topology -from .tables import SYMB2Z +from .tables import SYBYL2SYMB import warnings @@ -146,7 +146,7 @@ def parse(self, **kwargs): resids = [] resnames = [] charges = [] - elements = [] + #elements = [] for a in atom_lines: aid, name, x, y, z, atom_type, resid, resname, charge = a.split()[:9] @@ -157,17 +157,17 @@ def parse(self, **kwargs): resids.append(resid) resnames.append(resname) charges.append(charge) - elements.append(atom_type.split(".")[0]) + #elements.append(atom_type.split(".")[0]) n_atoms = len(ids) validated_elements = [] invalid_elements = set() - for elem in elements: - if elem in SYMB2Z: - validated_elements.append(elem) - else: - invalid_elements.add(elem) + for at in types: + try: + validated_elements.append(SYBYL2SYMB[at]) + except KeyError: + invalid_elements.add(at) validated_elements.append('') # Print single warning for all unknown elements, if any diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index 4edc784f1fc..0513547817a 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -401,7 +401,7 @@ def kv2dict(s, convertor=str): "N.3": "N", "N.2": "N", "N.1": "N", "N.ar": "N", "N.am": "N", "N.pl3": "N", "N.4": "N", "O.3": "O", "O.2": "O", "O.co2": "O", "O.spc": "O", "O.t3p": "O", - "S.3": "S", "S.2": "S", "S.o": "S", "S.o2": "S", # S.o and S.o2 or S.O and S.O2? + "S.3": "S", "S.2": "S", "S.o": "S", "S.o2": "S", "P.3": "P", "F": "F", "Li": "Li", From be39fe1aea857609a66f590f71eb234c7000a17a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Tue, 3 Aug 2021 14:31:40 +0200 Subject: [PATCH 20/38] conform SYBYL2SYMB and test mol2 files to standard --- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 2 +- .../MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 | 2 +- .../MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 | 400 +++++++++--------- 3 files changed, 202 insertions(+), 202 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index 0513547817a..5343993590e 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -401,7 +401,7 @@ def kv2dict(s, convertor=str): "N.3": "N", "N.2": "N", "N.1": "N", "N.ar": "N", "N.am": "N", "N.pl3": "N", "N.4": "N", "O.3": "O", "O.2": "O", "O.co2": "O", "O.spc": "O", "O.t3p": "O", - "S.3": "S", "S.2": "S", "S.o": "S", "S.o2": "S", + "S.3": "S", "S.2": "S", "S.O": "S", "S.O2": "S", "P.3": "P", "F": "F", "Li": "Li", diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 index 90ffd37e38b..a0fa9994aca 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 @@ -7,7 +7,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.0930 7.5030 14.2800 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.5760 8.3830 20.3400 O.2 1 Q101 -0.6040 diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 index 03abe9b52d8..e4128b41019 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 @@ -7,7 +7,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.0930 7.5030 14.2800 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.5760 8.3830 20.3400 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -121,7 +121,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.6710 9.9330 22.9940 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1430 9.4530 23.4530 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 8.1430 9.4530 23.4530 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.8800 10.6210 20.1330 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.7280 14.9060 15.3230 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 7.0100 11.4100 20.5170 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -235,7 +235,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.2140 9.2650 21.0970 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.6190 10.3830 22.1900 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.6190 10.3830 22.1900 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.0050 5.9140 20.3260 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 9.1230 1.2300 17.1160 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 8.0010 7.0500 20.5200 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -349,7 +349,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 3.6150 7.0890 16.7950 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 3.2850 6.2460 15.4580 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 3.2850 6.2460 15.4580 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 5.5120 9.4740 18.4020 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 8.8210 9.9520 23.9780 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.1600 7.2740 18.1790 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -463,7 +463,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 -3.4560 9.9700 13.3950 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 -4.1000 10.4380 11.9900 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 -4.1000 10.4380 11.9900 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 -2.0290 11.5400 16.1100 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.8680 13.6700 17.7860 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 -1.7480 12.2540 13.9370 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -577,7 +577,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 0.2000 9.9260 14.5910 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 -0.9480 9.5520 13.5180 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 -0.9480 9.5520 13.5180 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.5130 8.9140 16.9340 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 7.0560 9.5160 21.5420 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 0.9410 10.5520 17.3270 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -691,7 +691,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.5760 9.7990 20.2330 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 7.4580 9.6580 21.5790 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 7.4580 9.6580 21.5790 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.8330 8.9320 18.3380 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 1.7950 8.0520 12.1780 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.0000 8.4280 17.7400 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -805,7 +805,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.6840 8.3390 22.9910 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.2020 9.0710 24.3350 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.2020 9.0710 24.3350 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.9900 5.4640 21.2260 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.9980 2.0500 15.8160 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.9920 6.5940 21.0750 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -919,7 +919,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 3.9610 13.3730 19.2020 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 5.1330 12.2970 19.4830 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 5.1330 12.2970 19.4830 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.2730 14.3310 16.3560 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.4380 18.0260 11.0780 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.4600 13.6030 16.3510 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1033,7 +1033,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.0860 10.1970 21.8120 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.6940 10.3460 21.7600 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.6940 10.3460 21.7600 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.7460 8.0700 23.1760 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -2.6460 6.3720 26.3760 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 2.2190 9.7570 21.6970 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1147,7 +1147,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.3970 10.5030 22.6140 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 7.7530 9.8410 23.1890 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 7.7530 9.8410 23.1890 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4180 10.0230 19.8350 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 2.7770 12.2110 13.9490 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.7130 9.8200 19.8100 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1261,7 +1261,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.4800 8.8530 23.0870 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.2390 8.5790 24.6600 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.2390 8.5790 24.6600 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.8900 11.0250 20.4450 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 4.6660 12.1860 14.4910 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.9040 9.9540 20.9120 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1375,7 +1375,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.1130 9.1000 22.7730 N.am 1 Q101 -0.8960 - 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2 S1 4.8610 4.5910 15.5020 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 4.8610 4.5910 15.5020 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.5490 6.1180 19.8120 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 9.7110 9.2380 24.5500 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 5.2240 7.6470 18.7070 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21097,7 +21097,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.9780 8.5880 22.1970 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.7210 9.6460 23.1650 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.7210 9.6460 23.1650 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.7670 7.7540 21.2690 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.0050 4.7680 21.6360 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.3780 8.2300 23.4390 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21211,7 +21211,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.8840 7.8780 22.9680 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.4190 8.7030 24.2500 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.4190 8.7030 24.2500 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.4740 7.2580 20.5860 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 0.9130 2.1820 17.4720 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.9370 5.8220 22.3290 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21325,7 +21325,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.9570 8.0490 22.9390 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.4960 8.7820 24.2740 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.4960 8.7820 24.2740 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.2610 6.1710 21.9040 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 1.5220 -0.0820 22.0920 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.3480 5.8350 23.9080 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21439,7 +21439,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.0090 8.8540 21.2460 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.0140 9.8350 22.0440 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.0140 9.8350 22.0440 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 1.5780 8.5560 21.1830 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.1480 6.8400 25.2610 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 2.7570 9.2640 23.0320 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21553,7 +21553,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.3280 8.1880 23.0760 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.0730 8.8670 24.3380 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.0730 8.8670 24.3380 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.7710 9.0150 20.9200 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.6980 9.5320 21.0090 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 2.7430 9.5070 23.1720 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21667,7 +21667,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.5160 8.3480 22.5910 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.8860 9.2020 22.6250 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.8860 9.2020 22.6250 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.1490 9.0380 22.3550 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.7220 9.5840 25.0700 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.6300 10.3370 23.5500 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21781,7 +21781,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.9710 5.9290 16.3150 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 4.9330 5.4320 15.1820 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 4.9330 5.4320 15.1820 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.9430 6.0590 19.6170 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 9.5610 8.8110 24.9010 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 5.5330 7.6020 18.6470 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -21895,7 +21895,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 4.0540 8.0660 23.5720 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 4.8760 9.2560 24.2920 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 4.8760 9.2560 24.2920 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 0.8550 6.7940 23.6840 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -2.3980 2.5800 27.4290 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 1.9950 7.5290 25.5470 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22009,7 +22009,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.3300 8.7360 22.9670 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 7.5520 9.5900 22.3450 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 7.5520 9.5900 22.3450 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.3040 7.1430 22.5530 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -2.6940 7.2020 25.1430 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.5020 9.3920 23.0130 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22123,7 +22123,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.7140 10.3730 16.8110 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 5.5290 11.0580 15.3600 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 5.5290 11.0580 15.3600 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.6330 10.7000 20.1140 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 9.3580 8.2840 25.4880 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 8.1480 10.5230 18.3870 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22237,7 +22237,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 4.0040 9.6000 20.2620 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 2.5480 10.2720 20.0690 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 2.5480 10.2720 20.0690 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.1440 8.2590 22.6050 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 11.5480 7.9440 26.2060 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 5.2600 10.3810 22.7600 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22351,7 +22351,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 -2.0390 9.9490 20.3410 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 -3.1230 10.4110 19.2360 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 -3.1230 10.4110 19.2360 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 0.5940 7.8100 20.9370 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 1.4440 2.0220 23.7620 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 -1.5060 7.0960 20.3130 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22465,7 +22465,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.8770 9.2730 20.0780 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.0750 10.3180 21.2930 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.0750 10.3180 21.2930 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 5.8090 5.8810 19.4830 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 8.7320 0.8990 16.5650 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 7.4380 6.9170 20.7400 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22579,7 +22579,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.6190 8.0260 23.8010 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.8090 9.1020 23.9960 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.8090 9.1020 23.9960 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.3720 7.6940 22.7000 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.9860 6.5250 23.5820 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.0230 9.2320 24.2880 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22693,7 +22693,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 1.7240 11.2730 14.1200 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 1.5290 11.0680 12.5300 S.o2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 1.5290 11.0680 12.5300 S.O2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.8860 12.1730 16.6470 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 7.7420 9.3720 21.0430 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.1710 10.2970 15.3390 O.2 1 Q101 -0.6040 From 0bad3f6b0aad46c1ccfbafcb2cdf2f24c4546956 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Wed, 4 Aug 2021 13:40:05 +0200 Subject: [PATCH 21/38] support alternative S types --- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 1 + testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 | 2 +- 2 files changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index 5343993590e..414ab48ed63 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -402,6 +402,7 @@ def kv2dict(s, convertor=str): "N.am": "N", "N.pl3": "N", "N.4": "N", "O.3": "O", "O.2": "O", "O.co2": "O", "O.spc": "O", "O.t3p": "O", "S.3": "S", "S.2": "S", "S.O": "S", "S.O2": "S", + "S.o": "S", "S.o2": "S", # Non-standard but often found in the wild... "P.3": "P", "F": "F", "Li": "Li", diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 index a0fa9994aca..90ffd37e38b 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecule.mol2 @@ -7,7 +7,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.0930 7.5030 14.2800 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.5760 8.3830 20.3400 O.2 1 Q101 -0.6040 From a8f70f3b9714a6c2acf7256e85e0512c61df907b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Wed, 4 Aug 2021 13:40:26 +0200 Subject: [PATCH 22/38] fix typo --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index da0d23264b2..c56b8acee13 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -99,7 +99,7 @@ def parse(self, **kwargs): A MDAnalysis Topology object - .. versionchanges: 2.0.0 + .. versionchanged: 2.0.0 Parse elements from atom types. The elements attribute can contain MOL2-specific atom types such as Du (dummy atom), Any, Hal (halogen), Het (heteroatom) and Hev (heavy atoms). From 7c600f84339a0ed9741d9f8bd9aacaf6e5cf4353 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Wed, 4 Aug 2021 13:44:57 +0200 Subject: [PATCH 23/38] cleanup old code --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 2 -- 1 file changed, 2 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index c56b8acee13..f4199d962b4 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -146,7 +146,6 @@ def parse(self, **kwargs): resids = [] resnames = [] charges = [] - #elements = [] for a in atom_lines: aid, name, x, y, z, atom_type, resid, resname, charge = a.split()[:9] @@ -157,7 +156,6 @@ def parse(self, **kwargs): resids.append(resid) resnames.append(resname) charges.append(charge) - #elements.append(atom_type.split(".")[0]) n_atoms = len(ids) From b69877f777328c10f4b8f0083fc5dbb05f169210 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 11:47:01 +0200 Subject: [PATCH 24/38] remove carbon dummy atom as valid element --- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index 414ab48ed63..aa473149e12 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -397,7 +397,7 @@ def kv2dict(s, convertor=str): SYBYL2SYMB = { "H": "H", "H.spc": "H", "H.t3p": "H", - "C.3": "C", "C.2": "C", "C.1": "C", "C.ar": "C", "C.cat": "C", "Du.C": "C", + "C.3": "C", "C.2": "C", "C.1": "C", "C.ar": "C", "C.cat": "C", "N.3": "N", "N.2": "N", "N.1": "N", "N.ar": "N", "N.am": "N", "N.pl3": "N", "N.4": "N", "O.3": "O", "O.2": "O", "O.co2": "O", "O.spc": "O", "O.t3p": "O", From 3161a7cb17230b5585aefa09aa42f664095537b1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 11:47:21 +0200 Subject: [PATCH 25/38] fix docstring --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 5 +---- 1 file changed, 1 insertion(+), 4 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index f4199d962b4..1ddfaa5fdf6 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -100,10 +100,7 @@ def parse(self, **kwargs): .. versionchanged: 2.0.0 - Parse elements from atom types. The elements attribute can contain - MOL2-specific atom types such as Du (dummy atom), Any, - Hal (halogen), Het (heteroatom) and Hev (heavy atoms). - Masses are "guessed" from elements. + Parse elements from atom types. """ blocks = [] From c2ca5aa70d7b6c8eb94791bf88734d4151461277 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 11:47:40 +0200 Subject: [PATCH 26/38] test with all supported elements and a few unsupported ones --- .../MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 51 ++++++++++++++++++- 1 file changed, 49 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index ccc451e7c10..ff76508db09 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -93,8 +93,6 @@ def test_elements_selection(): ) -# Bond information is needed -# See #3057 mol2_wrong_element = """\ @MOLECULE FXA101_1 @@ -120,3 +118,52 @@ def test_wrong_elements_warnings(): expected = np.array(['N', '', ''], dtype=object) assert_equal(u.atoms.elements, expected) + + +mol2_fake = """\ +@MOLECULE +FXA101_1 +49 0 0 0 0 +SMALL +USER_CHARGES + + +@ATOM + 1 H1 0.0000 1.0000 10.0000 H.spc 1 XXXX 5.0000 + 2 H2 0.0000 1.0000 10.0000 H.t3p 1 XXXX 5.0000 + 3 H3 0.0000 1.0000 10.0000 H.xyz 1 XXXX 5.0000 + 4 C1 0.0000 1.0000 10.0000 C.1 1 XXXX 5.0000 + 5 C2 0.0000 1.0000 10.0000 C.2 1 XXXX 5.0000 + 5 C3 0.0000 1.0000 10.0000 C.3 1 XXXX 5.0000 + 6 C4 0.0000 1.0000 10.0000 C.ar 1 XXXX 5.0000 + 7 C5 0.0000 1.0000 10.0000 C.cat 1 XXXX 5.0000 + 8 C6 0.0000 1.0000 10.0000 C.xyz 1 XXXX 5.0000 + 9 N1 0.0000 1.0000 10.0000 N.1 1 XXXX 5.0000 + 10 N2 0.0000 1.0000 10.0000 N.2 1 XXXX 5.0000 + 11 N3 0.0000 1.0000 10.0000 N.3 1 XXXX 5.0000 + 12 N4 0.0000 1.0000 10.0000 N.ar 1 XXXX 5.0000 + 13 O1 0.0000 1.0000 10.0000 O.2 1 XXXX 5.0000 + 14 O2 0.0000 1.0000 10.0000 O.3 1 XXXX 5.0000 + 15 O3 0.0000 1.0000 10.0000 O.co2 1 XXXX 5.0000 + 16 O4 0.0000 1.0000 10.0000 O.spc 1 XXXX 5.0000 + 16 O5 0.0000 1.0000 10.0000 O.t3p 1 XXXX 5.0000 + 17 S1 0.0000 1.0000 10.0000 S.3 1 XXXX 5.0000 + 18 S2 0.0000 1.0000 10.0000 S.2 1 XXXX 5.0000 + 19 S3 0.0000 1.0000 10.0000 S.O 1 XXXX 5.0000 + 20 S4 0.0000 1.0000 10.0000 S.O2 1 XXXX 5.0000 + 21 S5 0.0000 1.0000 10.0000 S.o 1 XXXX 5.0000 + 22 S6 0.0000 1.0000 10.0000 S.o2 1 XXXX 5.0000 + 23 P1 0.0000 1.0000 10.0000 P.3 1 XXXX 5.0000 + 24 Cr1 0.0000 1.0000 10.0000 Cr.th 1 XXXX 5.0000 + 25 Cr2 0.0000 1.0000 10.0000 Cr.oh 1 XXXX 5.0000 + 26 Co1 0.0000 1.0000 10.0000 Co.oh 1 XXXX 5.0000 +""" + +def test_all_elements(): + with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown elements found') as record: + u = mda.Universe(StringIO(mol2_fake), format='MOL2') + + expected = ["H"] * 2 + [""] + ["C"] * 5 + [""] + ["N"] * 4 + ["O"] * 5 + \ + ["S"] * 6 + ["P"] + ["Cr"] * 2 + ["Co"] + expected = np.array(expected, dtype=object) + assert_equal(u.atoms.elements, expected) \ No newline at end of file From d06f1104a44ce038c2b72220e38e9273f5a67556 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 11:48:38 +0200 Subject: [PATCH 27/38] changelog enhancement instead of fix --- package/CHANGELOG | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/CHANGELOG b/package/CHANGELOG index 5e96aa94f7b..076cccdf659 100644 --- a/package/CHANGELOG +++ b/package/CHANGELOG @@ -23,7 +23,6 @@ The rules for this file: * 2.0.0 Fixes - * MOL2 parser populates elements attribute from SYMBL atom types (Issue #3062) * Fixed sometimes wrong sorting of atoms into fragments when unwrapping (Issue #3352, PR #3353) * Fixed missing array flatten preventing PCA from running when mean positions @@ -118,6 +117,7 @@ Fixes * new `Results` class now can be pickled/unpickled. (PR #3309) Enhancements + * MOL2 parser populates elements attribute from SYMBL atom types (Issue #3062) * Added guessers for aromaticity and Gasteiger partial charges (Issue #2468, PR #2926) * Added `Results` class for storing analysis results (#3115, PR #3233) From ea0bee8b4420dcc2c72cb30bff97d5a822041a1b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 11:51:24 +0200 Subject: [PATCH 28/38] revert changes on test files to non-standard ones --- .../MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 | 400 +++++++++--------- 1 file changed, 200 insertions(+), 200 deletions(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 index e4128b41019..03abe9b52d8 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/data/mol2/Molecules.mol2 @@ -7,7 +7,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.0930 7.5030 14.2800 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.5760 8.3830 20.3400 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -121,7 +121,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.6710 9.9330 22.9940 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1430 9.4530 23.4530 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 8.1430 9.4530 23.4530 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.8800 10.6210 20.1330 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.7280 14.9060 15.3230 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 7.0100 11.4100 20.5170 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -235,7 +235,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.2140 9.2650 21.0970 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.6190 10.3830 22.1900 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.6190 10.3830 22.1900 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.0050 5.9140 20.3260 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 9.1230 1.2300 17.1160 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 8.0010 7.0500 20.5200 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -349,7 +349,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 3.6150 7.0890 16.7950 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 3.2850 6.2460 15.4580 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 3.2850 6.2460 15.4580 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 5.5120 9.4740 18.4020 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 8.8210 9.9520 23.9780 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.1600 7.2740 18.1790 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -463,7 +463,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 -3.4560 9.9700 13.3950 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 -4.1000 10.4380 11.9900 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 -4.1000 10.4380 11.9900 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 -2.0290 11.5400 16.1100 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.8680 13.6700 17.7860 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 -1.7480 12.2540 13.9370 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -577,7 +577,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 0.2000 9.9260 14.5910 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 -0.9480 9.5520 13.5180 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 -0.9480 9.5520 13.5180 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.5130 8.9140 16.9340 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 7.0560 9.5160 21.5420 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 0.9410 10.5520 17.3270 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -691,7 +691,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.5760 9.7990 20.2330 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 7.4580 9.6580 21.5790 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 7.4580 9.6580 21.5790 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.8330 8.9320 18.3380 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 1.7950 8.0520 12.1780 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.0000 8.4280 17.7400 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -805,7 +805,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.6840 8.3390 22.9910 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.2020 9.0710 24.3350 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.2020 9.0710 24.3350 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.9900 5.4640 21.2260 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.9980 2.0500 15.8160 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.9920 6.5940 21.0750 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -919,7 +919,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 3.9610 13.3730 19.2020 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 5.1330 12.2970 19.4830 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 5.1330 12.2970 19.4830 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.2730 14.3310 16.3560 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 3.4380 18.0260 11.0780 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.4600 13.6030 16.3510 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1033,7 +1033,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.0860 10.1970 21.8120 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.6940 10.3460 21.7600 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.6940 10.3460 21.7600 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.7460 8.0700 23.1760 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -2.6460 6.3720 26.3760 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 2.2190 9.7570 21.6970 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1147,7 +1147,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.3970 10.5030 22.6140 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 7.7530 9.8410 23.1890 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 7.7530 9.8410 23.1890 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 4.4180 10.0230 19.8350 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 2.7770 12.2110 13.9490 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 6.7130 9.8200 19.8100 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1261,7 +1261,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 6.4800 8.8530 23.0870 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.2390 8.5790 24.6600 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.2390 8.5790 24.6600 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.8900 11.0250 20.4450 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 4.6660 12.1860 14.4910 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.9040 9.9540 20.9120 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1375,7 +1375,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.1130 9.1000 22.7730 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.5950 9.7360 22.6780 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.5950 9.7360 22.6780 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.9190 6.5050 22.2070 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.3170 5.7290 20.4300 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.0920 8.3450 20.8310 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -1489,7 +1489,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 0.2290 10.8500 18.1530 N.am 1 Q101 -0.8960 - 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2 S1 7.5520 9.5900 22.3450 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 7.5520 9.5900 22.3450 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.3040 7.1430 22.5530 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -2.6940 7.2020 25.1430 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.5020 9.3920 23.0130 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22123,7 +22123,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.7140 10.3730 16.8110 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 5.5290 11.0580 15.3600 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 5.5290 11.0580 15.3600 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.6330 10.7000 20.1140 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 9.3580 8.2840 25.4880 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 8.1480 10.5230 18.3870 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22237,7 +22237,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 4.0040 9.6000 20.2620 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 2.5480 10.2720 20.0690 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 2.5480 10.2720 20.0690 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 6.1440 8.2590 22.6050 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 11.5480 7.9440 26.2060 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 5.2600 10.3810 22.7600 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22351,7 +22351,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 -2.0390 9.9490 20.3410 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 -3.1230 10.4110 19.2360 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 -3.1230 10.4110 19.2360 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 0.5940 7.8100 20.9370 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 1.4440 2.0220 23.7620 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 -1.5060 7.0960 20.3130 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22465,7 +22465,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.8770 9.2730 20.0780 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.0750 10.3180 21.2930 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.0750 10.3180 21.2930 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 5.8090 5.8810 19.4830 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 8.7320 0.8990 16.5650 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 7.4380 6.9170 20.7400 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22579,7 +22579,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 5.6190 8.0260 23.8010 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 6.8090 9.1020 23.9960 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 6.8090 9.1020 23.9960 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 2.3720 7.6940 22.7000 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 -3.9860 6.5250 23.5820 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 3.0230 9.2320 24.2880 O.2 1 Q101 -0.6040 @@ -22693,7 +22693,7 @@ USER_CHARGES @ATOM 1 N1 1.7240 11.2730 14.1200 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 1.5290 11.0680 12.5300 S.O2 1 Q101 1.3220 + 2 S1 1.5290 11.0680 12.5300 S.o2 1 Q101 1.3220 3 N2 3.8860 12.1730 16.6470 N.am 1 Q101 -0.3970 4 N3 7.7420 9.3720 21.0430 N.am 1 Q101 -0.4840 5 O3 4.1710 10.2970 15.3390 O.2 1 Q101 -0.6040 From ee3a91cbc10c58fc0330c850ee311fe17ed0d681 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 21:54:27 +0200 Subject: [PATCH 29/38] add comment on dictionary --- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index aa473149e12..892beb0a983 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -395,6 +395,8 @@ def kv2dict(s, convertor=str): SYMB2Z = {v:k for k, v in Z2SYMB.items()} +# Conversion between SYBYL atom types and corresponding elements +# Tripos MOL2 file format: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/DockRMSD/mol2.pdf SYBYL2SYMB = { "H": "H", "H.spc": "H", "H.t3p": "H", "C.3": "C", "C.2": "C", "C.1": "C", "C.ar": "C", "C.cat": "C", From ad50c491c453d5ba84b42aee3d4801001a960185 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 22:03:52 +0200 Subject: [PATCH 30/38] add elements to list of attributes --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 3 ++- 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 1ddfaa5fdf6..313610124ab 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -74,9 +74,10 @@ class MOL2Parser(TopologyReaderBase): - Atomnames - Atomtypes - Charges - - Resids, + - Resids - Resnames - Bonds + - Elements Guesses the following: - masses From cde526943c27cacdef62003b05874547ea4a244e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 5 Aug 2021 22:12:36 +0200 Subject: [PATCH 31/38] add comment --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 4 ++++ 1 file changed, 4 insertions(+) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 313610124ab..08b66e4b3aa 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -82,6 +82,10 @@ class MOL2Parser(TopologyReaderBase): Guesses the following: - masses + Notes + ----- + Elements are obtained directly from the SYBYL atom types. + .. versionchanged:: 0.9 Now subclasses TopologyReaderBase .. versionchanged:: 0.20.0 From 7411a5bf21d4d14767f81c13348c878bc829e890 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 12 Aug 2021 21:09:59 +0200 Subject: [PATCH 32/38] Update package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py Co-authored-by: Irfan Alibay --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 4 +++- 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 08b66e4b3aa..6eabc57e4d3 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -84,7 +84,9 @@ class MOL2Parser(TopologyReaderBase): Notes ----- - Elements are obtained directly from the SYBYL atom types. + Elements are obtained directly from the SYBYL atom types. If some atoms have + unknown atom types, they will be assigned an empty element record. If all + atoms have unknown atom types, the elements attribute will not be set. .. versionchanged:: 0.9 Now subclasses TopologyReaderBase From bca37da6d5b470bba8e9afb0add6597a80b10e3a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 12 Aug 2021 21:13:35 +0200 Subject: [PATCH 33/38] link to internet archive --- package/MDAnalysis/topology/tables.py | 3 ++- 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/tables.py b/package/MDAnalysis/topology/tables.py index 892beb0a983..1c0b51b5817 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/tables.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/tables.py @@ -396,7 +396,8 @@ def kv2dict(s, convertor=str): SYMB2Z = {v:k for k, v in Z2SYMB.items()} # Conversion between SYBYL atom types and corresponding elements -# Tripos MOL2 file format: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/DockRMSD/mol2.pdf +# Tripos MOL2 file format: +# https://web.archive.org/web/*/http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/server/AIMMS/mol2.pdf SYBYL2SYMB = { "H": "H", "H.spc": "H", "H.t3p": "H", "C.3": "C", "C.2": "C", "C.1": "C", "C.ar": "C", "C.cat": "C", From 59dce63c5dc3bed3940327661be1ef032e55a6db Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 12 Aug 2021 21:17:15 +0200 Subject: [PATCH 34/38] pep8 import --- testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 8 ++++---- 1 file changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index ff76508db09..5a02dc580a7 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -20,19 +20,19 @@ # MDAnalysis: A Toolkit for the Analysis of Molecular Dynamics Simulations. # J. Comput. Chem. 32 (2011), 2319--2327, doi:10.1002/jcc.21787 # -import pytest +from io import StringIO + +import numpy as np from numpy.testing import assert_equal +import pytest import MDAnalysis as mda - from MDAnalysisTests.topology.base import ParserBase from MDAnalysisTests.datafiles import ( mol2_molecule, mol2_molecules, ) -import numpy as np -from io import StringIO class TestMOL2Base(ParserBase): parser = mda.topology.MOL2Parser.MOL2Parser From 1f39cdc9fa301e084403cd91e648bf3aac6b623a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 12 Aug 2021 21:19:55 +0200 Subject: [PATCH 35/38] move versionchanged --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 6 ++---- 1 file changed, 2 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 6eabc57e4d3..4697a322c5a 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -95,6 +95,8 @@ class MOL2Parser(TopologyReaderBase): Ignores status bit strings .. versionchanged:: 2.0.0 Bonds attribute is not added if no bonds are present in MOL2 file + .. versionchanged: 2.0.0 + Parse elements from atom types. """ format = 'MOL2' @@ -104,10 +106,6 @@ def parse(self, **kwargs): Returns ------- A MDAnalysis Topology object - - - .. versionchanged: 2.0.0 - Parse elements from atom types. """ blocks = [] From 0e95bf36f53ff6a29b3d51073ae106236ee01af0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 12 Aug 2021 21:51:48 +0200 Subject: [PATCH 36/38] fix problem where element attibute was added also with all invalid elements --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 10 +- .../MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py | 133 +++++++++++------- 2 files changed, 84 insertions(+), 59 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index 4697a322c5a..c1a42cf7b4a 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -161,14 +161,14 @@ def parse(self, **kwargs): n_atoms = len(ids) - validated_elements = [] + validated_elements = np.empty(n_atoms, dtype="U3") invalid_elements = set() - for at in types: + for i, at in enumerate(types): try: - validated_elements.append(SYBYL2SYMB[at]) + validated_elements[i] = SYBYL2SYMB[at] except KeyError: invalid_elements.add(at) - validated_elements.append('') + validated_elements[i] = '' # Print single warning for all unknown elements, if any if invalid_elements: @@ -186,7 +186,7 @@ def parse(self, **kwargs): attrs.append(Masses(masses, guessed=True)) if not np.all(validated_elements == ''): - attrs.append(Elements(np.array(validated_elements, dtype="U3"))) + attrs.append(Elements(validated_elements)) resids = np.array(resids, dtype=np.int32) resnames = np.array(resnames, dtype=object) diff --git a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py index 5a02dc580a7..0dd85451d1f 100644 --- a/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py +++ b/testsuite/MDAnalysisTests/topology/test_mol2.py @@ -34,6 +34,75 @@ ) +mol2_wrong_element = """\ +@MOLECULE +mol2_wrong_element +3 0 0 0 0 +SMALL +USER_CHARGES + + +@ATOM + 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 + 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 XX.am 1 Q101 -0.3970 +""" + +mol2_all_wrong_elements = """\ +@MOLECULE +mol2_all_wrong_elements +3 0 0 0 0 +SMALL +USER_CHARGES + + +@ATOM + 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 X.am 1 Q101 -0.8960 + 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 + 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 XX.am 1 Q101 -0.3970 +""" + + +mol2_fake = """\ +@MOLECULE +mol2_fake +26 0 0 0 0 +SMALL +USER_CHARGES + + +@ATOM + 1 H1 0.0000 1.0000 10.0000 H.spc 1 XXXX 5.0000 + 2 H2 0.0000 1.0000 10.0000 H.t3p 1 XXXX 5.0000 + 3 H3 0.0000 1.0000 10.0000 H.xyz 1 XXXX 5.0000 + 4 C1 0.0000 1.0000 10.0000 C.1 1 XXXX 5.0000 + 5 C2 0.0000 1.0000 10.0000 C.2 1 XXXX 5.0000 + 5 C3 0.0000 1.0000 10.0000 C.3 1 XXXX 5.0000 + 6 C4 0.0000 1.0000 10.0000 C.ar 1 XXXX 5.0000 + 7 C5 0.0000 1.0000 10.0000 C.cat 1 XXXX 5.0000 + 8 C6 0.0000 1.0000 10.0000 C.xyz 1 XXXX 5.0000 + 9 N1 0.0000 1.0000 10.0000 N.1 1 XXXX 5.0000 + 10 N2 0.0000 1.0000 10.0000 N.2 1 XXXX 5.0000 + 11 N3 0.0000 1.0000 10.0000 N.3 1 XXXX 5.0000 + 12 N4 0.0000 1.0000 10.0000 N.ar 1 XXXX 5.0000 + 13 O1 0.0000 1.0000 10.0000 O.2 1 XXXX 5.0000 + 14 O2 0.0000 1.0000 10.0000 O.3 1 XXXX 5.0000 + 15 O3 0.0000 1.0000 10.0000 O.co2 1 XXXX 5.0000 + 16 O4 0.0000 1.0000 10.0000 O.spc 1 XXXX 5.0000 + 16 O5 0.0000 1.0000 10.0000 O.t3p 1 XXXX 5.0000 + 17 S1 0.0000 1.0000 10.0000 S.3 1 XXXX 5.0000 + 18 S2 0.0000 1.0000 10.0000 S.2 1 XXXX 5.0000 + 19 S3 0.0000 1.0000 10.0000 S.O 1 XXXX 5.0000 + 20 S4 0.0000 1.0000 10.0000 S.O2 1 XXXX 5.0000 + 21 S5 0.0000 1.0000 10.0000 S.o 1 XXXX 5.0000 + 22 S6 0.0000 1.0000 10.0000 S.o2 1 XXXX 5.0000 + 23 P1 0.0000 1.0000 10.0000 P.3 1 XXXX 5.0000 + 24 Cr1 0.0000 1.0000 10.0000 Cr.th 1 XXXX 5.0000 + 25 Cr2 0.0000 1.0000 10.0000 Cr.oh 1 XXXX 5.0000 + 26 Co1 0.0000 1.0000 10.0000 Co.oh 1 XXXX 5.0000 +""" + + class TestMOL2Base(ParserBase): parser = mda.topology.MOL2Parser.MOL2Parser expected_attrs = [ @@ -93,77 +162,33 @@ def test_elements_selection(): ) -mol2_wrong_element = """\ -@MOLECULE -FXA101_1 -49 51 1 0 0 -SMALL -USER_CHARGES - - -@ATOM - 1 N1 6.8420 9.9900 22.7430 N.am 1 Q101 -0.8960 - 2 S1 8.1400 9.2310 23.3330 X.o2 1 Q101 1.3220 - 3 N2 4.4000 9.1300 20.4710 XX.am 1 Q101 -0.3970 -""" - - def test_wrong_elements_warnings(): with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown elements found') as record: u = mda.Universe(StringIO(mol2_wrong_element), format='MOL2') # One warning from invalid elements, one from invalid masses assert len(record) == 2 - print(record[0].message) expected = np.array(['N', '', ''], dtype=object) assert_equal(u.atoms.elements, expected) -mol2_fake = """\ -@MOLECULE -FXA101_1 -49 0 0 0 0 -SMALL -USER_CHARGES +def test_all_wrong_elements_warnings(): + with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown elements found'): + u = mda.Universe(StringIO(mol2_all_wrong_elements), format='MOL2') + with pytest.raises(mda.exceptions.NoDataError, + match='This Universe does not contain element ' + 'information'): + + u.atoms.elements -@ATOM - 1 H1 0.0000 1.0000 10.0000 H.spc 1 XXXX 5.0000 - 2 H2 0.0000 1.0000 10.0000 H.t3p 1 XXXX 5.0000 - 3 H3 0.0000 1.0000 10.0000 H.xyz 1 XXXX 5.0000 - 4 C1 0.0000 1.0000 10.0000 C.1 1 XXXX 5.0000 - 5 C2 0.0000 1.0000 10.0000 C.2 1 XXXX 5.0000 - 5 C3 0.0000 1.0000 10.0000 C.3 1 XXXX 5.0000 - 6 C4 0.0000 1.0000 10.0000 C.ar 1 XXXX 5.0000 - 7 C5 0.0000 1.0000 10.0000 C.cat 1 XXXX 5.0000 - 8 C6 0.0000 1.0000 10.0000 C.xyz 1 XXXX 5.0000 - 9 N1 0.0000 1.0000 10.0000 N.1 1 XXXX 5.0000 - 10 N2 0.0000 1.0000 10.0000 N.2 1 XXXX 5.0000 - 11 N3 0.0000 1.0000 10.0000 N.3 1 XXXX 5.0000 - 12 N4 0.0000 1.0000 10.0000 N.ar 1 XXXX 5.0000 - 13 O1 0.0000 1.0000 10.0000 O.2 1 XXXX 5.0000 - 14 O2 0.0000 1.0000 10.0000 O.3 1 XXXX 5.0000 - 15 O3 0.0000 1.0000 10.0000 O.co2 1 XXXX 5.0000 - 16 O4 0.0000 1.0000 10.0000 O.spc 1 XXXX 5.0000 - 16 O5 0.0000 1.0000 10.0000 O.t3p 1 XXXX 5.0000 - 17 S1 0.0000 1.0000 10.0000 S.3 1 XXXX 5.0000 - 18 S2 0.0000 1.0000 10.0000 S.2 1 XXXX 5.0000 - 19 S3 0.0000 1.0000 10.0000 S.O 1 XXXX 5.0000 - 20 S4 0.0000 1.0000 10.0000 S.O2 1 XXXX 5.0000 - 21 S5 0.0000 1.0000 10.0000 S.o 1 XXXX 5.0000 - 22 S6 0.0000 1.0000 10.0000 S.o2 1 XXXX 5.0000 - 23 P1 0.0000 1.0000 10.0000 P.3 1 XXXX 5.0000 - 24 Cr1 0.0000 1.0000 10.0000 Cr.th 1 XXXX 5.0000 - 25 Cr2 0.0000 1.0000 10.0000 Cr.oh 1 XXXX 5.0000 - 26 Co1 0.0000 1.0000 10.0000 Co.oh 1 XXXX 5.0000 -""" def test_all_elements(): - with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown elements found') as record: + with pytest.warns(UserWarning, match='Unknown elements found'): u = mda.Universe(StringIO(mol2_fake), format='MOL2') expected = ["H"] * 2 + [""] + ["C"] * 5 + [""] + ["N"] * 4 + ["O"] * 5 + \ ["S"] * 6 + ["P"] + ["Cr"] * 2 + ["Co"] expected = np.array(expected, dtype=object) - assert_equal(u.atoms.elements, expected) \ No newline at end of file + assert_equal(u.atoms.elements, expected) From a170c444dd753ffe29dc742505cc9cb741658b9b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Thu, 12 Aug 2021 23:02:49 +0200 Subject: [PATCH 37/38] switch try/except for if/else --- package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py index c1a42cf7b4a..efb9353e1b0 100644 --- a/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py +++ b/package/MDAnalysis/topology/MOL2Parser.py @@ -164,9 +164,9 @@ def parse(self, **kwargs): validated_elements = np.empty(n_atoms, dtype="U3") invalid_elements = set() for i, at in enumerate(types): - try: + if at in SYBYL2SYMB: validated_elements[i] = SYBYL2SYMB[at] - except KeyError: + else: invalid_elements.add(at) validated_elements[i] = '' From 500ccefbbad30931842dab3195b40a378046d617 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rocco Meli Date: Fri, 13 Aug 2021 15:25:32 +0200 Subject: [PATCH 38/38] Update package/CHANGELOG Co-authored-by: Irfan Alibay --- package/CHANGELOG | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/package/CHANGELOG b/package/CHANGELOG index 076cccdf659..95bf5c23039 100644 --- a/package/CHANGELOG +++ b/package/CHANGELOG @@ -117,7 +117,7 @@ Fixes * new `Results` class now can be pickled/unpickled. (PR #3309) Enhancements - * MOL2 parser populates elements attribute from SYMBL atom types (Issue #3062) + * MOL2 parser populates elements attribute from SYBYL atom types (Issue #3062) * Added guessers for aromaticity and Gasteiger partial charges (Issue #2468, PR #2926) * Added `Results` class for storing analysis results (#3115, PR #3233)