README.md

11ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM (EBAII 2022)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 13-11-2022 au 18-11-2022 à la Station biologique de Roscoff

Web site

• Web pages: https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/2022/ebaiin1

From there, you can also find a link to download the whole repository with git.

---

Supports de cours

Linux

Cours	Intervenants	Supports
Introduction à Linux + arborescence	Thomas Denecker, Claire Toffano-Nioche	gslides book
Qualités et alignement	Thomas Denecker, Claire Toffano-Nioche	gslides book

Exposés d'ouverture

Cours	Intervenants	Supports
Long reads	Claude Thermes	pdf

Visualisation

Cours	Intervenants	Supports
Visualization of NGS Data using IGV (v2.4+) -- Documentation	Rachel Legendre, Pierre Pericard	Intro Practical data

(Re)découverte de R

Cours	Intervenants	Supports
Introduction à R	Thomas Denecker, Stevenn Volant	[gslides] book
Données		[expression.txt] [annotation.csv]
Serveur RStudio IFB		https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/
Serveur Jupyter IFB		https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/

RNA-seq

Cours	Intervenants	Supports
Programme de l'atelier RNA-seq		Program
Bioinformatics	Emilie Drouineau	pdf TP TP corrigé
General statistics	Stevenn Volant	pdf
Practice SARTools	Stevenn Volant	ZIP archive
Gene set analysis	Emilie Drouineau	pdf R script
De novo assembly	Erwan Corre	pdf
Workflow	Pierre Pericard	gslides

Variants

Cours	Intervenants	Supports
Introduction & Processing Post-Alignement	Nadia Bessoltane & Vivien Deshaies	pdf gslides
Variant calling & Annotation	Vivien Deshaies	pdf gslides
Variants structuraux	Vivien Deshaies & Nadia Bessoltane	pdf gslides
manipulation et visualisation de données avec R	Nadia Bessoltane	pdf gslides
Analyse de variants avec R	Nadia Bessoltane	pdf gslides html data
Workflow et conclusion	Nadia Bessoltane & Vivien Deshaies	pdf gslides

ChIP-seq

Support	Lien
Partie théorique	gslides
Partie pratique	html
Workflow et conclusion	gslides

Cours	Intervenants
Programme de l'atelier ChIP-seq	Program
Design expérimental, Contrôle qualité	Stéphanie Le Gras
Alignement	Stéphanie Le Gras
Contrôle qualité des alignements, visualisation	Tao Ye
Peak-calling	Tao Ye
Analyse des motifs	Stéphanie Le Gras
Annotation des pics	Tao Ye
Workflow et conclusion	Rachel Legendre

Single Cell RNA-Seq

Cours	Intervenants	Supports
Technologie 10X et analyses primaires (1)	Morgane Thomas-Chollier	[gslides] [workflow]
Visualisation IGV	Sophie Lemoine	[gslides] [ pratique sur IGV]
Intro R	Thibault Dayris	[html]
Analyses primaires (2)	Rémi Montagne et Bastien Job	[gslides] [TD] [SCE object] [workflow TP]
Analyses secondaires(1) : QC, filtrages	Rémi Montagne, Nathalie Lehmann, Bastien Job	[gslides] [Regression illustrated] [workflow TP]
Analyses secondaires(2) : Normalisation with Seurat	Rémi Montagne, Bastien Job	[html] [workflow TP]
Analyses secondaires(3) : Visualization (PCA, UMAP, Clustering)	Audrey Onfroy, Bastien Job	[gslides] [html]
Tutoriel R markdown	Morgane Thomas-Chollier	[html] [markdown à compléter]
Differential Gene Expression	Thibault Dayris	[html]
Gene Set analysis	Thibault Dayris	[html]
Annotation automatique	Audrey Onfroy	[gslides] [TD] [workflow TP]
scRNAseq ... beyond!	Bastien Job	[gslides]

Croisement et intégration des données

Cours	Intervenants	Supports
Croisement de données	Claire Toffano-Nioche, Pauline François	gslides

Initiation Slurm

Cours	Intervenants	Supports
IFB Core Cluster - Introduction slides	Gildas Le Corguillé, Julien Seiler	gslides