From a2e47f8d1895e852d487be0ed3a88fa5a928f4f4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Tue, 19 Mar 2024 14:01:07 +0100 Subject: [PATCH 01/22] feat(boolean columns): add optional_bool --- include/silo/common/optional_bool.h | 34 +++++++++++++++++ src/silo/common/optional_bool.cpp | 57 +++++++++++++++++++++++++++++ 2 files changed, 91 insertions(+) create mode 100644 include/silo/common/optional_bool.h create mode 100644 src/silo/common/optional_bool.cpp diff --git a/include/silo/common/optional_bool.h b/include/silo/common/optional_bool.h new file mode 100644 index 000000000..28d4254be --- /dev/null +++ b/include/silo/common/optional_bool.h @@ -0,0 +1,34 @@ +#pragma once + +#include +#include +#include + +namespace silo::common { + +namespace optional_bool { +enum class Representation : uint8_t { NONE = 0x00, FALSE = 0x80, TRUE = 0x81 }; +} + +class OptionalBool { + optional_bool::Representation representation; + + public: + explicit OptionalBool(); + explicit OptionalBool(bool value); + explicit OptionalBool(std::optional value); + + std::strong_ordering operator<=>(const OptionalBool& other) const; + + [[nodiscard]] bool isNull() const noexcept; + [[nodiscard]] std::optional value() const noexcept; + + [[nodiscard]] std::string_view asStr() const noexcept; + + template + [[maybe_unused]] void serialize(Archive& archive, const uint32_t /* version */) { + archive & representation; + } +}; + +} // namespace silo::common diff --git a/src/silo/common/optional_bool.cpp b/src/silo/common/optional_bool.cpp new file mode 100644 index 000000000..bb530f6b6 --- /dev/null +++ b/src/silo/common/optional_bool.cpp @@ -0,0 +1,57 @@ +#include "silo/common/optional_bool.h" + +#include + +namespace silo::common { + +using optional_bool::Representation; + +OptionalBool::OptionalBool() { + representation = Representation::NONE; +} + +OptionalBool::OptionalBool(bool value) { + representation = value ? Representation::TRUE : Representation::FALSE; +} + +OptionalBool::OptionalBool(std::optional value) { + if (value.has_value()) { + representation = value ? Representation::TRUE : Representation::FALSE; + } else { + representation = Representation::NONE; + } +} + +std::strong_ordering OptionalBool::operator<=>(const OptionalBool& other) const { + return representation <=> other.representation; +} + +bool OptionalBool::isNull() const noexcept { + return representation == Representation::NONE; +} + +std::optional OptionalBool::value() const noexcept { + switch (representation) { + case Representation::NONE: + return std::nullopt; + case Representation::FALSE: + return false; + case Representation::TRUE: + return true; + } + abort(); +} + +std::string_view OptionalBool::asStr() const noexcept { + switch (representation) { + case Representation::NONE: + return "null"; + case Representation::FALSE: + return "false"; + case Representation::TRUE: + return "true"; + } + abort(); +} + +} // namespace silo::common From 5eb3430e3eafe5ab28dbf90632f1bb85663d66e8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Thu, 14 Mar 2024 15:47:40 +0100 Subject: [PATCH 02/22] feat(boolean columns): add storage/column/bool_column --- include/silo/storage/column/bool_column.h | 58 +++++++++++++++++++++++ src/silo/storage/column/bool_column.cpp | 33 +++++++++++++ 2 files changed, 91 insertions(+) create mode 100644 include/silo/storage/column/bool_column.h create mode 100644 src/silo/storage/column/bool_column.cpp diff --git a/include/silo/storage/column/bool_column.h b/include/silo/storage/column/bool_column.h new file mode 100644 index 000000000..7d39b364f --- /dev/null +++ b/include/silo/storage/column/bool_column.h @@ -0,0 +1,58 @@ +#pragma once + +#include +#include +#include +#include + +#include "silo/common/optional_bool.h" + +namespace boost::serialization { +struct access; +} + +namespace silo::storage::column { + +class BoolColumnPartition { + friend class boost::serialization::access; + + private: + template + [[maybe_unused]] void serialize(Archive& archive, const uint32_t /* version */) { + // clang-format off + archive & values; + // clang-format on + } + + std::vector values; + + public: + BoolColumnPartition(); + + [[nodiscard]] const std::vector& getValues() const; + + void insert(bool value); + + void insertNull(); + + void reserve(size_t row_count); +}; + +class BoolColumn { + friend class boost::serialization::access; + + template + [[maybe_unused]] void serialize(Archive& archive, const uint32_t /* version */) { + // clang-format off + // clang-format on + } + + std::deque partitions; + + public: + BoolColumn(); + + BoolColumnPartition& createPartition(); +}; + +} // namespace silo::storage::column diff --git a/src/silo/storage/column/bool_column.cpp b/src/silo/storage/column/bool_column.cpp new file mode 100644 index 000000000..139f24cc3 --- /dev/null +++ b/src/silo/storage/column/bool_column.cpp @@ -0,0 +1,33 @@ +#include "silo/storage/column/bool_column.h" + +#include + +#include + +namespace silo::storage::column { + +BoolColumnPartition::BoolColumnPartition() = default; + +const std::vector& BoolColumnPartition::getValues() const { + return values; +} + +void BoolColumnPartition::insert(bool value) { + values.emplace_back(value); +} + +void BoolColumnPartition::insertNull() { + values.emplace_back(); +} + +void BoolColumnPartition::reserve(size_t row_count) { + values.reserve(values.size() + row_count); +} + +BoolColumn::BoolColumn() = default; + +BoolColumnPartition& BoolColumn::createPartition() { + return partitions.emplace_back(); +} + +} // namespace silo::storage::column From af44f1a8cf552d8ab6625d9fd440d83b2e10c36f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Thu, 14 Mar 2024 14:06:25 +0100 Subject: [PATCH 03/22] feat(boolean columns): column_group.h: add {ColumnPartitionGroup,ColumnGroup}::bool_columns fields --- include/silo/storage/column_group.h | 9 +++++++++ 1 file changed, 9 insertions(+) diff --git a/include/silo/storage/column_group.h b/include/silo/storage/column_group.h index 9fe852d68..c9110ccb5 100644 --- a/include/silo/storage/column_group.h +++ b/include/silo/storage/column_group.h @@ -10,6 +10,7 @@ #include "silo/common/aa_symbols.h" #include "silo/common/nucleotide_symbols.h" +#include "silo/storage/column/bool_column.h" #include "silo/storage/column/date_column.h" #include "silo/storage/column/float_column.h" #include "silo/storage/column/indexed_string_column.h" @@ -51,6 +52,9 @@ class ColumnPartitionGroup { for(auto& [name, store] : indexed_string_columns){ archive & store; } + for(auto& [name, store] : bool_columns){ + archive & store; + } for(auto& [name, store] : int_columns){ archive & store; } @@ -77,6 +81,7 @@ class ColumnPartitionGroup { std::map string_columns; std::map indexed_string_columns; + std::map bool_columns; std::map int_columns; std::map float_columns; std::map date_columns; @@ -131,6 +136,9 @@ class ColumnGroup { for(auto& [_, store] : indexed_string_columns){ archive & store; } + for(auto& [_, store] : bool_columns){ + archive & store; + } for(auto& [_, store] : int_columns){ archive & store; } @@ -157,6 +165,7 @@ class ColumnGroup { std::map string_columns; std::map indexed_string_columns; + std::map bool_columns; std::map int_columns; std::map float_columns; std::map date_columns; From 0b47b828915b293a1ed6c1210b3574045a6fcf67 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Thu, 14 Mar 2024 12:03:02 +0100 Subject: [PATCH 04/22] feat(boolean columns): database_config: add BOOL to ValueType --- include/silo/config/database_config.h | 3 ++- 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/include/silo/config/database_config.h b/include/silo/config/database_config.h index 0c430193d..fc837add0 100644 --- a/include/silo/config/database_config.h +++ b/include/silo/config/database_config.h @@ -10,12 +10,13 @@ namespace silo::config { -enum class ValueType { STRING, PANGOLINEAGE, DATE, INT, FLOAT, NUC_INSERTION, AA_INSERTION }; +enum class ValueType { STRING, PANGOLINEAGE, DATE, BOOL, INT, FLOAT, NUC_INSERTION, AA_INSERTION }; enum class ColumnType { STRING, INDEXED_STRING, INDEXED_PANGOLINEAGE, DATE, + BOOL, INT, FLOAT, NUC_INSERTION, From d7adecf4e9c51bb9e3e6b1aad8e3f7b43e0692b0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Wed, 27 Mar 2024 13:44:08 +0000 Subject: [PATCH 05/22] feat(boolean columns): column_group: update ColumnPartitionGroup - {addValueToColumn,reserveSpaceInColumn,getSubgroup,getValue}() - Had to bring 'complexity' down to satisfy clangd, hence separate addNullToColumn() method and early value.IsNull() handling. --- include/silo/storage/column_group.h | 2 + src/silo/storage/column_group.cpp | 111 ++++++++++++++++++---------- 2 files changed, 73 insertions(+), 40 deletions(-) diff --git a/include/silo/storage/column_group.h b/include/silo/storage/column_group.h index c9110ccb5..499eca153 100644 --- a/include/silo/storage/column_group.h +++ b/include/silo/storage/column_group.h @@ -104,6 +104,8 @@ class ColumnPartitionGroup { const duckdb::Value& value ); + void addNullToColumn(const std::string& column_name, config::ColumnType column_type); + void reserveSpaceInColumn( const std::string& column_name, config::ColumnType column_type, diff --git a/src/silo/storage/column_group.cpp b/src/silo/storage/column_group.cpp index e2e03b371..de98e23c1 100644 --- a/src/silo/storage/column_group.cpp +++ b/src/silo/storage/column_group.cpp @@ -6,10 +6,12 @@ #include #include +#include #include #include #include "silo/common/date.h" +#include "silo/common/optional_bool.h" #include "silo/config/database_config.h" #include "silo/preprocessing/preprocessing_exception.h" #include "silo/storage/column/insertion_column.h" @@ -22,6 +24,8 @@ class Nucleotide; namespace silo::storage { using silo::config::ColumnType; +using silo::common::OptionalBool; + uint32_t ColumnPartitionGroup::fill( duckdb::Connection& connection, uint32_t partition_id, @@ -75,65 +79,79 @@ uint32_t ColumnPartitionGroup::fill( void ColumnPartitionGroup::addValueToColumn( const std::string& column_name, - config::ColumnType column_type, + ColumnType column_type, const duckdb::Value& value ) { + if (value.IsNull()) { + addNullToColumn(column_name, column_type); + return; + } switch (column_type) { case ColumnType::INDEXED_STRING: - if (value.IsNull()) { - indexed_string_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - indexed_string_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); - } + indexed_string_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); return; case ColumnType::STRING: - if (value.IsNull()) { - string_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - string_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); - } + string_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); return; case ColumnType::INDEXED_PANGOLINEAGE: - if (value.IsNull()) { - pango_lineage_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - pango_lineage_columns.at(column_name).insert({value.ToString()}); - } + pango_lineage_columns.at(column_name).insert({value.ToString()}); return; case ColumnType::DATE: - if (value.IsNull()) { - date_columns.at(column_name).insertNull(); + date_columns.at(column_name).insert(common::stringToDate(value.ToString())); + return; + case ColumnType::BOOL: + if (value.type() != duckdb::LogicalType::BOOLEAN) { + auto str = value.ToString(); + throw silo::preprocessing::PreprocessingException( + fmt::format("trying to insert the value '{}' into column '{}'", str, column_name) + ); } else { - date_columns.at(column_name).insert(common::stringToDate(value.ToString())); + bool_columns.at(column_name).insert(duckdb::BooleanValue::Get(value)); } return; case ColumnType::INT: - if (value.IsNull()) { - int_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - int_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); - } + int_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); return; case ColumnType::FLOAT: - if (value.IsNull()) { - float_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - float_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); - } + float_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); return; case ColumnType::NUC_INSERTION: - if (value.IsNull()) { - nuc_insertion_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - nuc_insertion_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); - } + nuc_insertion_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); return; case ColumnType::AA_INSERTION: - if (value.IsNull()) { - aa_insertion_columns.at(column_name).insertNull(); - } else { - aa_insertion_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); - } + aa_insertion_columns.at(column_name).insert(value.ToString()); + return; + } +} + +void ColumnPartitionGroup::addNullToColumn(const std::string& column_name, ColumnType column_type) { + switch (column_type) { + case ColumnType::INDEXED_STRING: + indexed_string_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::STRING: + string_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::INDEXED_PANGOLINEAGE: + pango_lineage_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::DATE: + date_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::BOOL: + bool_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::INT: + int_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::FLOAT: + float_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::NUC_INSERTION: + nuc_insertion_columns.at(column_name).insertNull(); + return; + case ColumnType::AA_INSERTION: + aa_insertion_columns.at(column_name).insertNull(); return; } abort(); @@ -141,7 +159,7 @@ void ColumnPartitionGroup::addValueToColumn( void ColumnPartitionGroup::reserveSpaceInColumn( const std::string& column_name, - config::ColumnType column_type, + ColumnType column_type, size_t row_count ) { switch (column_type) { @@ -157,6 +175,9 @@ void ColumnPartitionGroup::reserveSpaceInColumn( case ColumnType::DATE: date_columns.at(column_name).reserve(row_count); return; + case ColumnType::BOOL: + bool_columns.at(column_name).reserve(row_count); + return; case ColumnType::INT: int_columns.at(column_name).reserve(row_count); return; @@ -211,6 +232,9 @@ ColumnPartitionGroup ColumnPartitionGroup::getSubgroup( case ColumnType::DATE: result.date_columns.insert({item.name, date_columns.at(item.name)}); return; + case ColumnType::BOOL: + result.bool_columns.insert({item.name, bool_columns.at(item.name)}); + return; case ColumnType::INT: result.int_columns.insert({item.name, int_columns.at(item.name)}); return; @@ -253,6 +277,13 @@ std::optional> ColumnPartitionGroup:: if (date_columns.contains(column)) { return common::dateToString(date_columns.at(column).getValues().at(sequence_id)); } + if (bool_columns.contains(column)) { + OptionalBool value = bool_columns.at(column).getValues().at(sequence_id); + if (value.isNull()) { + return std::nullopt; + } + return value.value(); + } if (int_columns.contains(column)) { int32_t value = int_columns.at(column).getValues().at(sequence_id); if (value == INT32_MIN) { From e6d536330fb4ac162db34f5c5233ae495211da3e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Fri, 15 Mar 2024 15:11:35 +0100 Subject: [PATCH 06/22] feat(boolean columns): database_config: add "boolean" case to de/serialisation toDatabaseValueType / toString --- src/silo/config/database_config.cpp | 5 +++++ 1 file changed, 5 insertions(+) diff --git a/src/silo/config/database_config.cpp b/src/silo/config/database_config.cpp index f12a2488d..96d920133 100644 --- a/src/silo/config/database_config.cpp +++ b/src/silo/config/database_config.cpp @@ -23,6 +23,9 @@ ValueType silo::config::toDatabaseValueType(std::string_view type) { if (type == "pango_lineage") { return ValueType::PANGOLINEAGE; } + if (type == "boolean") { + return ValueType::BOOL; + } if (type == "int") { return ValueType::INT; } @@ -49,6 +52,8 @@ std::string toString(ValueType type) { return "date"; case ValueType::PANGOLINEAGE: return "pango_lineage"; + case ValueType::BOOL: + return "boolean"; case ValueType::INT: return "int"; case ValueType::FLOAT: From 12fc7b8c95decfd58692332a9496e7046ca12242 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Sun, 24 Mar 2024 12:28:49 +0000 Subject: [PATCH 07/22] feat(boolean columns): database_config: add "bool" case to DatabaseConfigReader::readConfig() --- src/silo/config/database_config.cpp | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/src/silo/config/database_config.cpp b/src/silo/config/database_config.cpp index 96d920133..797cd4154 100644 --- a/src/silo/config/database_config.cpp +++ b/src/silo/config/database_config.cpp @@ -288,6 +288,8 @@ DatabaseConfig DatabaseConfigReader::readConfig(const std::filesystem::path& con return fmt::format_to(ctx.out(), "date"); case silo::config::ValueType::PANGOLINEAGE: return fmt::format_to(ctx.out(), "pango_lineage"); + case silo::config::ValueType::BOOL: + return fmt::format_to(ctx.out(), "bool"); case silo::config::ValueType::INT: return fmt::format_to(ctx.out(), "int"); case silo::config::ValueType::FLOAT: From 30febddb8914d1e909b10d7f31a0803b4a485ba7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Fri, 15 Mar 2024 15:27:39 +0100 Subject: [PATCH 08/22] feat(boolean columns): database_config: update DatabaseMetadata::getColumnType() --- src/silo/config/database_config.cpp | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/src/silo/config/database_config.cpp b/src/silo/config/database_config.cpp index 797cd4154..65a4c67b9 100644 --- a/src/silo/config/database_config.cpp +++ b/src/silo/config/database_config.cpp @@ -176,6 +176,9 @@ ColumnType DatabaseMetadata::getColumnType() const { } throw std::runtime_error("Found pango lineage column without index: " + std::string(name)); } + if (type == ValueType::BOOL) { + return ColumnType::BOOL; + } if (type == ValueType::INT) { return ColumnType::INT; } From 0aef8f0c4e28fa8bdeec9f6638388e62d9b7b9cc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Mon, 18 Mar 2024 14:26:48 +0100 Subject: [PATCH 09/22] feat(boolean columns): database_partition - add DatabasePartition::insertColumn( storage::column::BoolColumnPartition ) - update DatabasePartition::validateMetadataColumns --- include/silo/storage/database_partition.h | 1 + src/silo/storage/database_partition.cpp | 14 ++++++++++++++ 2 files changed, 15 insertions(+) diff --git a/include/silo/storage/database_partition.h b/include/silo/storage/database_partition.h index 5385791a1..fad07534c 100644 --- a/include/silo/storage/database_partition.h +++ b/include/silo/storage/database_partition.h @@ -92,6 +92,7 @@ class DatabasePartition { const std::string& name, storage::column::IndexedStringColumnPartition& column ); + void insertColumn(const std::string& name, storage::column::BoolColumnPartition& column); void insertColumn(const std::string& name, storage::column::IntColumnPartition& column); void insertColumn(const std::string& name, storage::column::DateColumnPartition& column); void insertColumn(const std::string& name, storage::column::PangoLineageColumnPartition& column); diff --git a/src/silo/storage/database_partition.cpp b/src/silo/storage/database_partition.cpp index 74cfc5178..fb8bb9031 100644 --- a/src/silo/storage/database_partition.cpp +++ b/src/silo/storage/database_partition.cpp @@ -124,6 +124,13 @@ void DatabasePartition::validateMetadataColumns() const { ); } } + for (const auto& col : columns.bool_columns) { + if (col.second.getValues().size() != partition_size) { + throw preprocessing::PreprocessingException( + "bool_columns " + col.first + " has invalid size." + ); + } + } for (const auto& col : columns.int_columns) { if (col.second.getValues().size() != partition_size) { throw preprocessing::PreprocessingException( @@ -172,6 +179,13 @@ void DatabasePartition::insertColumn( columns.indexed_string_columns.insert({std::string(name), column}); } +void DatabasePartition::insertColumn( + const std::string& name, + storage::column::BoolColumnPartition& column +) { + columns.bool_columns.insert({std::string(name), column}); +} + void DatabasePartition::insertColumn( const std::string& name, storage::column::IntColumnPartition& column From c555a68801db08d089be8d337f40a8793ac54b48 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Sun, 24 Mar 2024 13:02:45 +0000 Subject: [PATCH 10/22] feat(boolean columns): database --- src/silo/database.cpp | 7 +++++++ 1 file changed, 7 insertions(+) diff --git a/src/silo/database.cpp b/src/silo/database.cpp index 18159d787..1701228e4 100644 --- a/src/silo/database.cpp +++ b/src/silo/database.cpp @@ -606,6 +606,13 @@ void Database::initializeColumn(config::ColumnType column_type, const std::strin } } return; + case config::ColumnType::BOOL: + columns.bool_columns.emplace(name, storage::column::BoolColumn()); + for (auto& partition : partitions) { + partition.columns.metadata.push_back({name, column_type}); + partition.insertColumn(name, columns.bool_columns.at(name).createPartition()); + } + return; case config::ColumnType::INT: columns.int_columns.emplace(name, storage::column::IntColumn()); for (auto& partition : partitions) { From b020109a7c25908b2ef647c94eb240d9a92ba8c1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Fri, 15 Mar 2024 15:27:39 +0100 Subject: [PATCH 11/22] feat(boolean columns): actions/tuple: update assignTupleField() --- src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp | 6 ++++++ 1 file changed, 6 insertions(+) diff --git a/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp b/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp index 66719cdb9..321ec0a17 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp @@ -11,6 +11,7 @@ #include #include "silo/common/date.h" +#include "silo/common/optional_bool.h" #include "silo/common/string.h" #include "silo/common/types.h" #include "silo/config/database_config.h" @@ -25,6 +26,7 @@ using silo::query_engine::actions::TupleFactory; namespace { using silo::common::Date; +using silo::common::OptionalBool; using silo::common::String; using silo::common::STRING_SIZE; using silo::config::ColumnType; @@ -39,6 +41,10 @@ void assignTupleField( const Date value = columns.date_columns.at(metadata.name).getValues()[sequence_id]; *reinterpret_cast(*data_pointer) = value; *data_pointer += sizeof(decltype(value)); + } else if (metadata.type == ColumnType::BOOL) { + const OptionalBool value = columns.bool_columns.at(metadata.name).getValues()[sequence_id]; + *reinterpret_cast(*data_pointer) = value; + *data_pointer += sizeof(decltype(value)); } else if (metadata.type == ColumnType::INT) { const int32_t value = columns.int_columns.at(metadata.name).getValues()[sequence_id]; *reinterpret_cast(*data_pointer) = value; From 2ad1268c36fd6c4dbd926db0adbeef0a5cf28127 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Mon, 18 Mar 2024 14:02:30 +0100 Subject: [PATCH 12/22] feat(boolean columns): add and use JsonValueType No need for a wrapper, a type alias is enough. --- include/silo/common/json_value_type.h | 12 ++++++ include/silo/query_engine/actions/tuple.h | 4 +- include/silo/query_engine/query_result.h | 4 +- include/silo/storage/column_group.h | 7 ++-- src/silo/query_engine/actions/aggregated.cpp | 5 +-- src/silo/query_engine/actions/insertions.cpp | 2 +- src/silo/query_engine/actions/mutations.cpp | 42 +++++++++---------- src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp | 8 ++-- src/silo/storage/column_group.cpp | 3 +- src/silo_api/request_handler_factory.test.cpp | 7 ++-- 10 files changed, 52 insertions(+), 42 deletions(-) create mode 100644 include/silo/common/json_value_type.h diff --git a/include/silo/common/json_value_type.h b/include/silo/common/json_value_type.h new file mode 100644 index 000000000..a721ce6c5 --- /dev/null +++ b/include/silo/common/json_value_type.h @@ -0,0 +1,12 @@ +#pragma once + +#include +#include +#include +#include + +namespace silo::common { + +using JsonValueType = std::optional>; + +} diff --git a/include/silo/query_engine/actions/tuple.h b/include/silo/query_engine/actions/tuple.h index a781e5d06..c176ae8fd 100644 --- a/include/silo/query_engine/actions/tuple.h +++ b/include/silo/query_engine/actions/tuple.h @@ -10,6 +10,7 @@ #include #include +#include "silo/common/json_value_type.h" #include "silo/storage/column_group.h" namespace silo::query_engine::actions { @@ -47,8 +48,7 @@ class Tuple { Tuple& operator=(const Tuple& other); Tuple& operator=(Tuple&& other) noexcept; - [[nodiscard]] std::map>> - getFields() const; + [[nodiscard]] std::map getFields() const; static Comparator getComparator( const std::vector& columns_metadata, diff --git a/include/silo/query_engine/query_result.h b/include/silo/query_engine/query_result.h index e862eb470..7089761a7 100644 --- a/include/silo/query_engine/query_result.h +++ b/include/silo/query_engine/query_result.h @@ -9,10 +9,12 @@ #include +#include "silo/common/json_value_type.h" + namespace silo::query_engine { struct QueryResultEntry { - std::map>> fields; + std::map fields; }; struct QueryResult { diff --git a/include/silo/storage/column_group.h b/include/silo/storage/column_group.h index 499eca153..5891ef810 100644 --- a/include/silo/storage/column_group.h +++ b/include/silo/storage/column_group.h @@ -9,6 +9,7 @@ #include #include "silo/common/aa_symbols.h" +#include "silo/common/json_value_type.h" #include "silo/common/nucleotide_symbols.h" #include "silo/storage/column/bool_column.h" #include "silo/storage/column/date_column.h" @@ -116,10 +117,8 @@ class ColumnPartitionGroup { const std::vector& fields ) const; - [[nodiscard]] std::optional> getValue( - const std::string& column, - uint32_t sequence_id - ) const; + [[nodiscard]] common::JsonValueType getValue(const std::string& column, uint32_t sequence_id) + const; template const std::map&>& diff --git a/src/silo/query_engine/actions/aggregated.cpp b/src/silo/query_engine/actions/aggregated.cpp index bf3cd1e13..09badc54a 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/aggregated.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/aggregated.cpp @@ -47,8 +47,7 @@ std::vector generateResult(std::unordered_map std::vector result; result.reserve(tuple_counts.size()); for (auto& [tuple, count] : tuple_counts) { - std::map>> fields = - tuple.getFields(); + std::map fields = tuple.getFields(); fields[COUNT_FIELD] = static_cast(count); result.push_back({fields}); } @@ -60,7 +59,7 @@ QueryResult aggregateWithoutGrouping(const std::vector& bitmap_f for (const auto& filter : bitmap_filters) { count += filter->cardinality(); } - std::map>> tuple_fields; + std::map tuple_fields; tuple_fields[COUNT_FIELD] = static_cast(count); return QueryResult{std::vector{{tuple_fields}}}; } diff --git a/src/silo/query_engine/actions/insertions.cpp b/src/silo/query_engine/actions/insertions.cpp index 2586ba909..40efa9626 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/insertions.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/insertions.cpp @@ -220,7 +220,7 @@ void InsertionAggregation::addAggregatedInsertionsToInsertionCounts( } const std::string sequence_in_response = show_sequence_in_response ? sequence_name + ":" : ""; for (const auto& [position_and_insertion, count] : all_insertions) { - const std::map>> fields{ + const std::map fields{ {std::string(POSITION_FIELD_NAME), static_cast(position_and_insertion.position_idx)}, {std::string(INSERTED_SYMBOLS_FIELD_NAME), diff --git a/src/silo/query_engine/actions/mutations.cpp b/src/silo/query_engine/actions/mutations.cpp index 0ee874d60..da0886a3a 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/mutations.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/mutations.cpp @@ -226,28 +226,26 @@ void Mutations::addMutationsToOutput( const uint32_t count = count_of_mutations_per_position.at(symbol)[pos]; if (count > threshold_count) { const double proportion = static_cast(count) / static_cast(total); - const std:: - map>> - fields{ - { - MUTATION_FIELD_NAME, - fmt::format( - "{}{}{}", - SymbolType::symbolToChar(symbol_in_reference_genome), - pos + 1, - SymbolType::symbolToChar(symbol) - ), - }, - { - MUTATION_FROM_FIELD_NAME, - std::string(1, SymbolType::symbolToChar(symbol_in_reference_genome)), - }, - {MUTATION_TO_FIELD_NAME, std::string(1, SymbolType::symbolToChar(symbol))}, - {POSITION_FIELD_NAME, static_cast(pos + 1)}, - {SEQUENCE_FIELD_NAME, sequence_name}, - {PROPORTION_FIELD_NAME, proportion}, - {COUNT_FIELD_NAME, static_cast(count)} - }; + const std::map fields{ + { + MUTATION_FIELD_NAME, + fmt::format( + "{}{}{}", + SymbolType::symbolToChar(symbol_in_reference_genome), + pos + 1, + SymbolType::symbolToChar(symbol) + ), + }, + { + MUTATION_FROM_FIELD_NAME, + std::string(1, SymbolType::symbolToChar(symbol_in_reference_genome)), + }, + {MUTATION_TO_FIELD_NAME, std::string(1, SymbolType::symbolToChar(symbol))}, + {POSITION_FIELD_NAME, static_cast(pos + 1)}, + {SEQUENCE_FIELD_NAME, sequence_name}, + {PROPORTION_FIELD_NAME, proportion}, + {COUNT_FIELD_NAME, static_cast(count)} + }; output.push_back({fields}); } } diff --git a/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp b/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp index 321ec0a17..b4436db48 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp @@ -19,8 +19,6 @@ #include "silo/storage/column/float_column.h" #include "silo/storage/column_group.h" -using json_value_type = std::optional>; - using silo::query_engine::actions::Tuple; using silo::query_engine::actions::TupleFactory; @@ -83,7 +81,7 @@ void assignTupleField( } } -json_value_type tupleFieldToValueType( +silo::common::JsonValueType tupleFieldToValueType( const std::byte** data_pointer, const silo::storage::ColumnMetadata& metadata, const silo::storage::ColumnPartitionGroup& columns @@ -338,8 +336,8 @@ Tuple& Tuple::operator=(Tuple&& other) noexcept { return *this; } -std::map Tuple::getFields() const { - std::map fields; +std::map Tuple::getFields() const { + std::map fields; const std::byte* data_pointer = data; for (const auto& metadata : columns->metadata) { fields[metadata.name] = tupleFieldToValueType(&data_pointer, metadata, *columns); diff --git a/src/silo/storage/column_group.cpp b/src/silo/storage/column_group.cpp index de98e23c1..6797ef140 100644 --- a/src/silo/storage/column_group.cpp +++ b/src/silo/storage/column_group.cpp @@ -11,6 +11,7 @@ #include #include "silo/common/date.h" +#include "silo/common/json_value_type.h" #include "silo/common/optional_bool.h" #include "silo/config/database_config.h" #include "silo/preprocessing/preprocessing_exception.h" @@ -255,7 +256,7 @@ ColumnPartitionGroup ColumnPartitionGroup::getSubgroup( return result; } -std::optional> ColumnPartitionGroup::getValue( +common::JsonValueType ColumnPartitionGroup::getValue( const std::string& column, uint32_t sequence_id ) const { diff --git a/src/silo_api/request_handler_factory.test.cpp b/src/silo_api/request_handler_factory.test.cpp index ac71763c2..182b119f8 100644 --- a/src/silo_api/request_handler_factory.test.cpp +++ b/src/silo_api/request_handler_factory.test.cpp @@ -10,6 +10,8 @@ #include "silo_api/manual_poco_mocks.test.h" #include "silo_api/request_handler_factory.h" +using silo::common::JsonValueType; + // NOLINTBEGIN(bugprone-unchecked-optional-access) class MockDatabase : public silo::Database { @@ -131,9 +133,8 @@ TEST_F(RequestHandlerTestFixture, returnsMethodNotAllowedOnPostInfoRequest) { } TEST_F(RequestHandlerTestFixture, handlesPostQueryRequest) { - std::map>> fields{ - // NOLINTNEXTLINE(readability-magic-numbers) - {"count", 5} + std::map fields{// NOLINTNEXTLINE(readability-magic-numbers) + {"count", 5} }; const std::vector tmp{{fields}}; const silo::query_engine::QueryResult query_result{tmp}; From 3c990e25f4e42c802d9552e19342edfc6fc2f378 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Mon, 18 Mar 2024 10:45:49 +0100 Subject: [PATCH 13/22] feat(boolean columns): add bool to JsonValueType, update tuple --- include/silo/common/json_value_type.h | 2 +- src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp | 18 ++++++++++++++++++ 2 files changed, 19 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/include/silo/common/json_value_type.h b/include/silo/common/json_value_type.h index a721ce6c5..5fdfe7083 100644 --- a/include/silo/common/json_value_type.h +++ b/include/silo/common/json_value_type.h @@ -7,6 +7,6 @@ namespace silo::common { -using JsonValueType = std::optional>; +using JsonValueType = std::optional>; } diff --git a/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp b/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp index b4436db48..20e9f2fda 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/tuple.cpp @@ -91,6 +91,14 @@ silo::common::JsonValueType tupleFieldToValueType( *data_pointer += sizeof(decltype(value)); return silo::common::dateToString(value); } + if (metadata.type == ColumnType::BOOL) { + const OptionalBool value = *reinterpret_cast(*data_pointer); + *data_pointer += sizeof(decltype(value)); + if (value.isNull()) { + return std::nullopt; + } + return value.value(); + } if (metadata.type == ColumnType::INT) { const int32_t value = *reinterpret_cast(*data_pointer); *data_pointer += sizeof(decltype(value)); @@ -202,6 +210,13 @@ std::strong_ordering compareTupleFields( *data_pointer2 += sizeof(decltype(value2)); return value1 <=> value2; } + if (metadata.type == ColumnType::BOOL) { + const OptionalBool value1 = *reinterpret_cast(*data_pointer1); + *data_pointer1 += sizeof(decltype(value1)); + const OptionalBool value2 = *reinterpret_cast(*data_pointer2); + *data_pointer2 += sizeof(decltype(value2)); + return value1 <=> value2; + } if (metadata.type == ColumnType::INT) { const int32_t value1 = *reinterpret_cast(*data_pointer1); *data_pointer1 += sizeof(decltype(value1)); @@ -288,6 +303,9 @@ size_t getColumnSize(const silo::storage::ColumnMetadata& metadata) { if (metadata.type == silo::config::ColumnType::FLOAT) { return sizeof(double); } + if (metadata.type == silo::config::ColumnType::BOOL) { + return sizeof(OptionalBool); + } if (metadata.type == silo::config::ColumnType::INT) { return sizeof(int32_t); } From ff2a138a82670ba3035c7432c0c558d520d79268 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Tue, 19 Mar 2024 14:10:19 +0100 Subject: [PATCH 14/22] feat(boolean columns): add filter_expressions/bool_equals std::string has no `+` overload for string_view, hence use fmt::format --- .../filter_expressions/bool_equals.h | 46 ++++++++++++ .../filter_expressions/bool_equals.cpp | 75 +++++++++++++++++++ 2 files changed, 121 insertions(+) create mode 100644 include/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.h create mode 100644 src/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.cpp diff --git a/include/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.h b/include/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.h new file mode 100644 index 000000000..be1e0788e --- /dev/null +++ b/include/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.h @@ -0,0 +1,46 @@ +#pragma once + +#include +#include +#include + +#include + +#include "silo/common/optional_bool.h" +#include "silo/query_engine/filter_expressions/expression.h" + +namespace silo { +class Database; +class DatabasePartition; +namespace query_engine { +namespace operators { +class Operator; +} // namespace operators +} // namespace query_engine +} // namespace silo + +namespace silo::query_engine::filter_expressions { + +using silo::common::OptionalBool; + +struct BoolEquals : public Expression { + private: + std::string column; + OptionalBool value; + + public: + explicit BoolEquals(std::string column, OptionalBool value); + + [[nodiscard]] std::string toString() const override; + + [[nodiscard]] std::unique_ptr compile( + const Database& database, + const DatabasePartition& database_partition, + AmbiguityMode mode + ) const override; +}; + +// NOLINTNEXTLINE(readability-identifier-naming) +void from_json(const nlohmann::json& json, std::unique_ptr& filter); + +} // namespace silo::query_engine::filter_expressions diff --git a/src/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.cpp b/src/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.cpp new file mode 100644 index 000000000..033bf4023 --- /dev/null +++ b/src/silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.cpp @@ -0,0 +1,75 @@ +#include "silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.h" +#include + +#include + +#include +#include + +#include "silo/query_engine/filter_expressions/expression.h" +#include "silo/query_engine/operators/empty.h" +#include "silo/query_engine/operators/selection.h" +#include "silo/query_engine/query_parse_exception.h" +#include "silo/storage/database_partition.h" + +namespace silo { +class Database; +namespace query_engine::operators { +class Operator; +} // namespace query_engine::operators +} // namespace silo + +namespace silo::query_engine::filter_expressions { + +using silo::common::OptionalBool; + +BoolEquals::BoolEquals(std::string column, OptionalBool value) + : column(std::move(column)), + value(value) {} + +std::string BoolEquals::toString() const { + return fmt::format("{} = '{}'", column, value.asStr()); +} + +std::unique_ptr BoolEquals::compile( + const silo::Database& /*database*/, + const silo::DatabasePartition& database_partition, + Expression::AmbiguityMode /*mode*/ +) const { + CHECK_SILO_QUERY( + database_partition.columns.bool_columns.contains(column), + fmt::format("the database does not contain the column {}", column) + ); + + const auto& bool_column = database_partition.columns.bool_columns.at(column); + + return std::make_unique( + std::make_unique>( + bool_column.getValues(), operators::Comparator::EQUALS, value + ), + database_partition.sequence_count + ); +} + +// NOLINTNEXTLINE(readability-identifier-naming) +void from_json(const nlohmann::json& json, std::unique_ptr& filter) { + CHECK_SILO_QUERY( + json.contains("column"), "The field 'column' is required in an BoolEquals expression" + ) + CHECK_SILO_QUERY( + json["column"].is_string(), "The field 'column' in an BoolEquals expression must be a string" + ) + CHECK_SILO_QUERY( + json.contains("value"), "The field 'value' is required in an BoolEquals expression" + ) + CHECK_SILO_QUERY( + json["value"].is_boolean() || json["value"].is_null(), + "The field 'value' in an BoolEquals expression must be a boolean or null" + ) + const std::string& column = json["column"]; + const OptionalBool value = + json["value"].is_null() ? OptionalBool() : OptionalBool(json["value"].get()); + filter = std::make_unique(column, value); +} + +} // namespace silo::query_engine::filter_expressions From f0aa3e8c1ac5b43d9414a84587bfb13ed818323e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Wed, 27 Mar 2024 16:57:23 +0000 Subject: [PATCH 15/22] feat(boolean columns): optional_bool: add `==` --- include/silo/common/optional_bool.h | 1 + src/silo/common/optional_bool.cpp | 4 ++++ 2 files changed, 5 insertions(+) diff --git a/include/silo/common/optional_bool.h b/include/silo/common/optional_bool.h index 28d4254be..6814a1fd1 100644 --- a/include/silo/common/optional_bool.h +++ b/include/silo/common/optional_bool.h @@ -19,6 +19,7 @@ class OptionalBool { explicit OptionalBool(std::optional value); std::strong_ordering operator<=>(const OptionalBool& other) const; + bool operator==(const OptionalBool& other) const; [[nodiscard]] bool isNull() const noexcept; [[nodiscard]] std::optional value() const noexcept; diff --git a/src/silo/common/optional_bool.cpp b/src/silo/common/optional_bool.cpp index bb530f6b6..887fa2adb 100644 --- a/src/silo/common/optional_bool.cpp +++ b/src/silo/common/optional_bool.cpp @@ -26,6 +26,10 @@ std::strong_ordering OptionalBool::operator<=>(const OptionalBool& other) const return representation <=> other.representation; } +bool OptionalBool::operator==(const OptionalBool& other) const { + return representation == other.representation; +} + bool OptionalBool::isNull() const noexcept { return representation == Representation::NONE; } From e52f2dc5623929395d40aff3264c48099f6a246a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Wed, 27 Mar 2024 17:03:38 +0000 Subject: [PATCH 16/22] feat(boolean columns): selection --- src/silo/query_engine/operators/selection.cpp | 10 ++++++++++ 1 file changed, 10 insertions(+) diff --git a/src/silo/query_engine/operators/selection.cpp b/src/silo/query_engine/operators/selection.cpp index d5fff5be0..3d29a5851 100644 --- a/src/silo/query_engine/operators/selection.cpp +++ b/src/silo/query_engine/operators/selection.cpp @@ -9,10 +9,12 @@ #include #include +#include #include #include #include "silo/common/date.h" +#include "silo/common/optional_bool.h" #include "silo/common/string.h" #include "silo/query_engine/operator_result.h" #include "silo/query_engine/operators/complement.h" @@ -20,6 +22,8 @@ namespace silo::query_engine::operators { +using silo::common::OptionalBool; + Selection::Selection( std::unique_ptr&& child_operator, std::vector>&& predicates, @@ -208,6 +212,11 @@ template return std::make_unique>(column, negated_comparator, value); } +template <> +[[nodiscard]] std::string CompareToValueSelection::toString() const { + return fmt::format("$bool {} {}", displayComparator(comparator), value.asStr()); +} + template <> [[nodiscard]] std::string CompareToValueSelection::toString() const { return "$int " + displayComparator(comparator) + " " + std::to_string(value); @@ -235,6 +244,7 @@ template <> return "$double " + displayComparator(comparator) + " " + std::to_string(value); } +template class CompareToValueSelection; template class CompareToValueSelection; template class CompareToValueSelection; template class CompareToValueSelection; From b82ec69e5d7aef6b75dc68de6290e1d962b0edf5 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Wed, 27 Mar 2024 16:51:05 +0000 Subject: [PATCH 17/22] feat(boolean columns): add expression_type "BooleanEquals" --- src/silo/query_engine/filter_expressions/expression.cpp | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/src/silo/query_engine/filter_expressions/expression.cpp b/src/silo/query_engine/filter_expressions/expression.cpp index 132193449..a5e2e7583 100644 --- a/src/silo/query_engine/filter_expressions/expression.cpp +++ b/src/silo/query_engine/filter_expressions/expression.cpp @@ -5,6 +5,7 @@ #include #include "silo/query_engine/filter_expressions/and.h" +#include "silo/query_engine/filter_expressions/bool_equals.h" #include "silo/query_engine/filter_expressions/date_between.h" #include "silo/query_engine/filter_expressions/exact.h" #include "silo/query_engine/filter_expressions/false.h" @@ -78,6 +79,8 @@ void from_json(const nlohmann::json& json, std::unique_ptr& filter) filter = json.get>(); } else if (expression_type == "StringEquals") { filter = json.get>(); + } else if (expression_type == "BooleanEquals") { + filter = json.get>(); } else if (expression_type == "IntEquals") { filter = json.get>(); } else if (expression_type == "IntBetween") { From 54ea8168a31a3d2ec0673ad4c490ea49d29ecc12 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Tue, 9 Apr 2024 11:51:33 +0200 Subject: [PATCH 18/22] feat(boolean columns (tests)): update config, add inputs and update results - Update {exampleDataset,exampleDatasetAsNdjson}/database_config.yaml. - `small_metadata_set.tsv`: add test_boolean_column column with manually-randomized choices. - Add metadata.test_boolean_column to `input_file.ndjson`. Copied over from `small_metadata_set.tsv` using https://github.com/pflanze/ndjson-updater/. - Add new column to test results; sorting changed because it is currently dependent on the hash of the object contents. --- .../test/queries/DetailsOrderBy.json | 51 +++++ .../test/queries/DetailsOrderByLimit.json | 2 + .../test/queries/LimitLargerThanTable.json | 51 +++++ endToEndTests/test/queries/Offset0.json | 51 +++++ .../test/queries/OffsetLimitOverlap.json | 10 + .../test/queries/nOf_2of3_details.json | 26 ++- .../exampleDataset/database_config.yaml | 2 + .../exampleDataset/small_metadata_set.tsv | 202 +++++++++--------- .../database_config.yaml | 2 + .../exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson | 200 ++++++++--------- 10 files changed, 385 insertions(+), 212 deletions(-) diff --git a/endToEndTests/test/queries/DetailsOrderBy.json b/endToEndTests/test/queries/DetailsOrderBy.json index 930baa48a..354c4fbad 100644 --- a/endToEndTests/test/queries/DetailsOrderBy.json +++ b/endToEndTests/test/queries/DetailsOrderBy.json @@ -32,6 +32,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.97, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-08-04" }, { @@ -43,6 +44,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.95, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-03-18" }, { @@ -54,6 +56,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.91, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-05-07" }, { @@ -65,6 +68,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.95, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-07-04" }, { @@ -76,6 +80,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.94, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-05-18" }, { @@ -87,6 +92,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.91, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-01-03" }, { @@ -98,6 +104,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.98, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-01-20" }, { @@ -109,6 +116,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.93, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-01-16" }, { @@ -120,6 +128,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.97, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2020-11-24" }, { @@ -131,6 +140,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.98, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": null }, { @@ -142,6 +152,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.96, "region": null, + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-01-25" }, { @@ -153,6 +164,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.94, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-02-10" }, { @@ -164,6 +176,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.93, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-03-21" }, { @@ -175,6 +188,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.94, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-03-03" }, { @@ -186,6 +200,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.9, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2020-12-15" }, { @@ -197,6 +212,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.91, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2020-11-24" }, { @@ -208,6 +224,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.89, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-04-27" }, { @@ -219,6 +236,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.95, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2020-12-24" }, { @@ -230,6 +248,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.97, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2020-03-08" }, { @@ -241,6 +260,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.89, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-02-03" }, { @@ -252,6 +272,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.98, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-04-23" }, { @@ -263,6 +284,7 @@ "pango_lineage": "Q.7", "qc_value": 0.96, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-05-10" }, { @@ -274,6 +296,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.96, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-01-29" }, { @@ -285,6 +308,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.91, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-03-09" }, { @@ -296,6 +320,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.9, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-01-22" }, { @@ -307,6 +332,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.92, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2020-12-21" }, { @@ -318,6 +344,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.93, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2020-08-17" }, { @@ -329,6 +356,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.95, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-05-25" }, { @@ -340,6 +368,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.94, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2020-10-08" }, { @@ -351,6 +380,7 @@ "pango_lineage": "Q.7", "qc_value": null, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-04-12" }, { @@ -362,6 +392,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.93, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-04-23" }, { @@ -373,6 +404,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.92, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-05-09" }, { @@ -384,6 +416,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.89, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2020-11-13" }, { @@ -395,6 +428,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.92, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-05-08" }, { @@ -406,6 +440,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.89, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2021-05-08" }, { @@ -417,6 +452,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.96, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-05-23" }, { @@ -428,6 +464,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.94, "region": "Europe", + "test_boolean_column": null, "unsorted_date": "2020-12-09" }, { @@ -439,6 +476,7 @@ "pango_lineage": "Q.7", "qc_value": 0.89, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-03-10" }, { @@ -450,6 +488,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.97, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-06-05" }, { @@ -461,6 +500,7 @@ 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a/endToEndTests/test/queries/DetailsOrderByLimit.json +++ b/endToEndTests/test/queries/DetailsOrderByLimit.json @@ -34,6 +34,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.98, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": null }, { @@ -45,6 +46,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.96, "region": null, + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-01-25" } ] diff --git a/endToEndTests/test/queries/LimitLargerThanTable.json b/endToEndTests/test/queries/LimitLargerThanTable.json index 742d8d9bd..b132bb478 100644 --- a/endToEndTests/test/queries/LimitLargerThanTable.json +++ b/endToEndTests/test/queries/LimitLargerThanTable.json @@ -33,6 +33,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.97, "region": "Europe", + "test_boolean_column": false, "unsorted_date": "2021-08-04" }, { @@ -44,6 +45,7 @@ "pango_lineage": "B.1.1.7", "qc_value": 0.95, "region": "Europe", + "test_boolean_column": true, "unsorted_date": "2021-03-18" }, { @@ -55,6 +57,7 @@ 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From 44ffd14fcfb280081f9cd9202d767ea2d42581e2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Sat, 6 Apr 2024 16:03:40 +0200 Subject: [PATCH 19/22] feat(boolean columns (tests)): add booleanEquals tests Test results were verified using https://github.com/pflanze/ndjson-updater/. In `booleanEquals_Or.json`, `"value": "B.1"` would return `"count": 97`, but the second subquery would include all of those from the first hence not so interesting, thus `"B.1.1"` was chosen. --- endToEndTests/test/queries/booleanEquals.json | 18 ++++++ .../test/queries/booleanEquals_And.json | 29 ++++++++++ .../test/queries/booleanEquals_Or.json | 29 ++++++++++ .../test/queries/boolean_Details.json | 56 +++++++++++++++++++ 4 files changed, 132 insertions(+) create mode 100644 endToEndTests/test/queries/booleanEquals.json create mode 100644 endToEndTests/test/queries/booleanEquals_And.json create mode 100644 endToEndTests/test/queries/booleanEquals_Or.json create mode 100644 endToEndTests/test/queries/boolean_Details.json diff --git a/endToEndTests/test/queries/booleanEquals.json b/endToEndTests/test/queries/booleanEquals.json new file mode 100644 index 000000000..d23bd241b --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/booleanEquals.json @@ -0,0 +1,18 @@ +{ + "testCaseName": "BooleanEquals for test_boolean_column", + "query": { + "action": { + "type": "Aggregated" + }, + "filterExpression": { + "type": "BooleanEquals", + "column": "test_boolean_column", + "value": true + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "count": 41 + } + ] +} diff --git a/endToEndTests/test/queries/booleanEquals_And.json b/endToEndTests/test/queries/booleanEquals_And.json new file mode 100644 index 000000000..86cf10d8c --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/booleanEquals_And.json @@ -0,0 +1,29 @@ +{ + "testCaseName": "BooleanEquals with And", + "query": { + "action": { + "type": "Aggregated" + }, + "filterExpression": { + "type": "And", + "children": [ + { + "type": "BooleanEquals", + "column": "test_boolean_column", + "value": false + }, + { + "type": "PangoLineage", + "column": "pango_lineage", + "value": "B.1", + "includeSublineages": true + } + ] + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "count": 37 + } + ] +} diff --git a/endToEndTests/test/queries/booleanEquals_Or.json b/endToEndTests/test/queries/booleanEquals_Or.json new file mode 100644 index 000000000..ebe6c6eea --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/booleanEquals_Or.json @@ -0,0 +1,29 @@ +{ + "testCaseName": "BooleanEquals with Or", + "query": { + "action": { + "type": "Aggregated" + }, + "filterExpression": { + "type": "Or", + "children": [ + { + "type": "BooleanEquals", + "column": "test_boolean_column", + "value": null + }, + { + "type": "PangoLineage", + "column": "pango_lineage", + "value": "B.1.1", + "includeSublineages": true + } + ] + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "count": 68 + } + ] +} diff --git a/endToEndTests/test/queries/boolean_Details.json b/endToEndTests/test/queries/boolean_Details.json new file mode 100644 index 000000000..15eb3ed38 --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/boolean_Details.json @@ -0,0 +1,56 @@ +{ + "testCaseName": "boolean Details", + "query": { + "action": { + "type": "Details", + "fields": ["test_boolean_column", "gisaid_epi_isl"], + "orderByFields": ["gisaid_epi_isl"], + "limit": 10 + }, + "filterExpression": { + "type": "True" + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1001493", + "test_boolean_column": true + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1001920", + "test_boolean_column": false + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1002052", + "test_boolean_column": true + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1002156", + "test_boolean_column": true + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1003010", + "test_boolean_column": true + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1003036", + "test_boolean_column": null + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1003373", + "test_boolean_column": false + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1003425", + "test_boolean_column": true + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1003519", + "test_boolean_column": false + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1003629", + "test_boolean_column": null + } + ] +} From 9be90420e01e46e5962c732c2420e92355e738c5 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Tue, 9 Apr 2024 12:59:42 +0200 Subject: [PATCH 20/22] refactor: replace exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml with a symlink The contents was and likely will remain identical to exampleDataset/database_config.yaml --- .../database_config.yaml | 34 +------------------ 1 file changed, 1 insertion(+), 33 deletions(-) mode change 100644 => 120000 testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml diff --git a/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml b/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml deleted file mode 100644 index 1bcb4f78a..000000000 --- a/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml +++ /dev/null @@ -1,33 +0,0 @@ -schema: - instanceName: sars_cov-2_minimal_test_config - metadata: - - name: gisaid_epi_isl - type: string - - name: date - type: date - - name: unsorted_date - type: date - - name: region - type: string - generateIndex: true - - name: country - type: string - generateIndex: true - - name: pango_lineage - type: pango_lineage - - name: division - type: string - generateIndex: true - - name: age - type: int - - name: qc_value - type: float - - name: test_boolean_column - type: boolean - - name: nucleotideInsertions - type: insertion - - name: aminoAcidInsertions - type: aaInsertion - primaryKey: gisaid_epi_isl - dateToSortBy: date - partitionBy: pango_lineage \ No newline at end of file diff --git a/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml b/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml new file mode 120000 index 000000000..0d7bef191 --- /dev/null +++ b/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/database_config.yaml @@ -0,0 +1 @@ +../exampleDataset/database_config.yaml \ No newline at end of file From 03b5912aa1d9a757e0f961a170cc2228ac28c140 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Fabian Engelniederhammer Date: Wed, 10 Apr 2024 12:05:27 +0200 Subject: [PATCH 21/22] refactor(boolean columns): extract method to reduce cognitive complexity --- include/silo/storage/database_partition.h | 6 ++ src/silo/storage/database_partition.cpp | 83 ++++++----------------- 2 files changed, 27 insertions(+), 62 deletions(-) diff --git a/include/silo/storage/database_partition.h b/include/silo/storage/database_partition.h index fad07534c..b04dcc1ef 100644 --- a/include/silo/storage/database_partition.h +++ b/include/silo/storage/database_partition.h @@ -80,6 +80,12 @@ class DatabasePartition { void validateMetadataColumns() const; + template + void validateColumnsHaveSize( + const std::map& columnsOfTheType, + const std::string& columnType + ) const; + public: explicit DatabasePartition(std::vector chunks); diff --git a/src/silo/storage/database_partition.cpp b/src/silo/storage/database_partition.cpp index fb8bb9031..e1ed20b07 100644 --- a/src/silo/storage/database_partition.cpp +++ b/src/silo/storage/database_partition.cpp @@ -93,74 +93,33 @@ void DatabasePartition::validateAminoAcidSequences() const { } } -void DatabasePartition::validateMetadataColumns() const { - const size_t partition_size = sequence_count; - - for (const auto& col : columns.aa_insertion_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "aa_insertion_column " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.pango_lineage_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "pango_lineage_column " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.nuc_insertion_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "nuc_insertion_column " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.date_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "date_column " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.bool_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { +template +void DatabasePartition::validateColumnsHaveSize( + const std::map& columnsOfTheType, + const std::string& columnType +) const { + for (const auto& column : columnsOfTheType) { + if (column.second.getValues().size() != sequence_count) { throw preprocessing::PreprocessingException( - "bool_columns " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.int_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "int_columns " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.indexed_string_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "indexed_string_columns " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.string_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "string_columns " + col.first + " has invalid size." - ); - } - } - for (const auto& col : columns.float_columns) { - if (col.second.getValues().size() != partition_size) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "float_columns " + col.first + " has invalid size." + columnType + " " + column.first + " has invalid size " + + std::to_string(column.second.getValues().size()) ); } } } +void DatabasePartition::validateMetadataColumns() const { + validateColumnsHaveSize(columns.aa_insertion_columns, "aa_insertion_column"); + validateColumnsHaveSize(columns.pango_lineage_columns, "pango_lineage_column"); + validateColumnsHaveSize(columns.nuc_insertion_columns, "nuc_insertion_column"); + validateColumnsHaveSize(columns.date_columns, "date_column"); + validateColumnsHaveSize(columns.bool_columns, "bool_columns"); + validateColumnsHaveSize(columns.int_columns, "int_columns"); + validateColumnsHaveSize(columns.indexed_string_columns, "indexed_string_columns"); + validateColumnsHaveSize(columns.string_columns, "string_columns"); + validateColumnsHaveSize(columns.float_columns, "float_columns"); +} + const std::vector& DatabasePartition::getChunks() const { return chunks; } From 685db9fea3562076e2dbcb9dbf426154fbd60eb7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian Jaeger Date: Wed, 10 Apr 2024 13:37:19 +0200 Subject: [PATCH 22/22] feat(boolean columns, resolves #384): const declaration To satisfy linter. --- src/silo/storage/column_group.cpp | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/src/silo/storage/column_group.cpp b/src/silo/storage/column_group.cpp index 6797ef140..97c89f139 100644 --- a/src/silo/storage/column_group.cpp +++ b/src/silo/storage/column_group.cpp @@ -279,7 +279,7 @@ common::JsonValueType ColumnPartitionGroup::getValue( return common::dateToString(date_columns.at(column).getValues().at(sequence_id)); } if (bool_columns.contains(column)) { - OptionalBool value = bool_columns.at(column).getValues().at(sequence_id); + const OptionalBool value = bool_columns.at(column).getValues().at(sequence_id); if (value.isNull()) { return std::nullopt; }