From 44df849d6f84eba3321285bdaf6f22509c0c5f17 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Alexander Taepper Date: Wed, 24 Jan 2024 09:12:03 +0100 Subject: [PATCH] feat: introduce storage of unaligned sequences from either ndjson file or fasta file and make them queryable via the Fasta action --- README.md | 4 +- .../test/queries/fasta_manySequences.json | 44 +++ .../fasta_oneRowTwoUnalignedSequences.json | 21 ++ .../queries/fasta_oneSequenceUnaligned.json | 20 ++ include/silo/database.h | 4 + .../silo/preprocessing/preprocessing_config.h | 13 + .../preprocessing_config_reader.h | 8 +- .../preprocessing/preprocessing_database.h | 11 +- include/silo/preprocessing/preprocessor.h | 3 +- include/silo/query_engine/actions/fasta.h | 15 +- include/silo/storage/database_partition.h | 9 +- include/silo/storage/reference_genomes.h | 6 + .../silo/storage/unaligned_sequence_store.h | 52 ++++ include/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h | 4 +- include/silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h | 3 +- include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h | 20 +- .../silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h | 10 + src/silo/database.cpp | 49 +++- .../preprocessing/preprocessing_config.cpp | 21 +- .../preprocessing_config_reader.cpp | 5 + .../preprocessing/preprocessing_database.cpp | 15 +- src/silo/preprocessing/preprocessor.cpp | 53 +++- src/silo/preprocessing/sequence_info.cpp | 6 + src/silo/query_engine/actions/fasta.cpp | 257 +++++++++++++++++- .../query_engine/actions/fasta_aligned.cpp | 4 +- src/silo/storage/reference_genomes.cpp | 61 ++++- src/silo/storage/unaligned_sequence_store.cpp | 51 ++++ src/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.cpp | 29 +- src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.cpp | 36 ++- src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.cpp | 41 ++- .../zstdfasta/zstdfasta_table_reader.test.cpp | 16 +- .../exampleDataset/reference_genomes.json | 5 +- .../exampleDataset/unaligned_main.fasta.zst | Bin 0 -> 23682 bytes .../unaligned_testSecondSequence.fasta | 200 ++++++++++++++ .../exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson | 200 +++++++------- .../reference_genomes.json | 5 +- .../unaligned_main.fasta | 8 + .../unaligned_secondSegment.fasta | 0 38 files changed, 1115 insertions(+), 194 deletions(-) create mode 100644 endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json create mode 100644 endToEndTests/test/queries/fasta_oneRowTwoUnalignedSequences.json create mode 100644 endToEndTests/test/queries/fasta_oneSequenceUnaligned.json create mode 100644 include/silo/storage/unaligned_sequence_store.h create mode 100644 src/silo/storage/unaligned_sequence_store.cpp create mode 100644 testBaseData/exampleDataset/unaligned_main.fasta.zst create mode 100644 testBaseData/exampleDataset/unaligned_testSecondSequence.fasta create mode 100644 testBaseData/fastaFilesWithMissingSequences/unaligned_main.fasta create mode 100644 testBaseData/fastaFilesWithMissingSequences/unaligned_secondSegment.fasta diff --git a/README.md b/README.md index 63224de93..41c543abb 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -90,9 +90,7 @@ Apart from that, there are default values if neither user-provided nor default c The user-provided preprocessing config can be used to overwrite the default values. For a full reference, see * [testBaseData/test_preprocessing_config_with_overridden_defaults.yaml](https://github.com/GenSpectrum/LAPIS-SILO/blob/main/testBaseData/test_preprocessing_config_with_overridden_defaults.yaml) -* - -or [include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h](https://github.com/GenSpectrum/LAPIS-SILO/blob/main/include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h) +* or [include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h](https://github.com/GenSpectrum/LAPIS-SILO/blob/main/include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h) ### Run docker container (api) diff --git a/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json b/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json new file mode 100644 index 000000000..cd3da4748 --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json @@ -0,0 +1,44 @@ +{ + "testCaseName": "Get the unaligned fasta for many sequences", + "query": { + "action": { + "type": "Fasta", + "sequenceName": "testSecondSequence" + }, + "filterExpression": { + "type": "StringEquals", + "column": "division", + "value": "Vaud" + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_3259931", + "testSecondSequence": "ACGT" + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_3465732", + "testSecondSequence": "ACGT" + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_2367431", + "testSecondSequence": "NCGT" + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_2359636", + "testSecondSequence": "ACGT" + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1597890", + "testSecondSequence": "ACGT" + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_2405276", + "testSecondSequence": "ACGT" + }, + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1001493", + "testSecondSequence": "ACGT" + } + ] +} diff --git a/endToEndTests/test/queries/fasta_oneRowTwoUnalignedSequences.json b/endToEndTests/test/queries/fasta_oneRowTwoUnalignedSequences.json new file mode 100644 index 000000000..6dd6089a6 --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/fasta_oneRowTwoUnalignedSequences.json @@ -0,0 +1,21 @@ +{ + "testCaseName": "Get two unaligned fastas for one row", + "query": { + "action": { + "type": "Fasta", + "sequenceName": ["main", "testSecondSequence"] + }, + "filterExpression": { + "type": "StringEquals", + "column": "gisaid_epi_isl", + "value": "EPI_ISL_1749899" + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1749899", + "main": "some_very_short_string", + "testSecondSequence": "AAGN" + } + ] +} diff --git a/endToEndTests/test/queries/fasta_oneSequenceUnaligned.json b/endToEndTests/test/queries/fasta_oneSequenceUnaligned.json new file mode 100644 index 000000000..7d951da95 --- /dev/null +++ b/endToEndTests/test/queries/fasta_oneSequenceUnaligned.json @@ -0,0 +1,20 @@ +{ + "testCaseName": "Get the unaligned fasta for one sequence", + "query": { + "action": { + "type": "Fasta", + "sequenceName": "main" + }, + "filterExpression": { + "type": "StringEquals", + "column": "gisaid_epi_isl", + "value": "EPI_ISL_1749899" + } + }, + "expectedQueryResult": [ + { + "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_1749899", + "main": "some_very_short_string" + } + ] +} diff --git a/include/silo/database.h b/include/silo/database.h index 09a47bf02..64f7122a0 100644 --- a/include/silo/database.h +++ b/include/silo/database.h @@ -16,6 +16,7 @@ #include "silo/storage/database_partition.h" #include "silo/storage/pango_lineage_alias.h" #include "silo/storage/sequence_store.h" +#include "silo/storage/unaligned_sequence_store.h" namespace silo { class BitmapContainerSize; @@ -38,10 +39,13 @@ class Database { public: silo::config::DatabaseConfig database_config; std::vector partitions; + std::filesystem::path intermediate_results_directory; silo::storage::ColumnGroup columns; + std::map> nuc_sequences; std::map> aa_sequences; + std::map unaligned_nuc_sequences; void validate() const; diff --git a/include/silo/preprocessing/preprocessing_config.h b/include/silo/preprocessing/preprocessing_config.h index a7231ce95..c1e44680d 100644 --- a/include/silo/preprocessing/preprocessing_config.h +++ b/include/silo/preprocessing/preprocessing_config.h @@ -57,6 +57,11 @@ struct NucleotideSequencePrefix { }; const NucleotideSequencePrefix DEFAULT_NUCLEOTIDE_SEQUENCE_PREFIX = {"nuc_"}; +struct UnalignedNucleotideSequencePrefix { + std::string prefix; +}; +const UnalignedNucleotideSequencePrefix DEFAULT_UNALIGNED_NUC_SEQUENCE_PREFIX = {"unaligned_"}; + struct GenePrefix { std::string prefix; }; @@ -71,6 +76,7 @@ class PreprocessingConfig { friend class fmt::formatter; std::filesystem::path input_directory; + std::filesystem::path intermediate_results_directory; std::filesystem::path output_directory; std::optional preprocessing_database_location; std::optional pango_lineage_definition_file; @@ -79,6 +85,7 @@ class PreprocessingConfig { std::filesystem::path sequences_folder; std::filesystem::path reference_genome_file; std::string nucleotide_sequence_prefix; + std::string unaligned_nucleotide_sequence_prefix; std::string gene_prefix; public: @@ -94,11 +101,14 @@ class PreprocessingConfig { const PangoLineageDefinitionFilename& pango_lineage_definition_filename_, const ReferenceGenomeFilename& reference_genome_filename_, const NucleotideSequencePrefix& nucleotide_sequence_prefix_, + const UnalignedNucleotideSequencePrefix& unaligned_nucleotide_sequence_prefix_, const GenePrefix& gene_prefix_ ); [[nodiscard]] std::filesystem::path getOutputDirectory() const; + [[nodiscard]] std::filesystem::path getIntermediateResultsDirectory() const; + [[nodiscard]] std::optional getPangoLineageDefinitionFilename() const; [[nodiscard]] std::filesystem::path getReferenceGenomeFilename() const; @@ -111,6 +121,9 @@ class PreprocessingConfig { [[nodiscard]] std::filesystem::path getNucFilenameNoExtension(std::string_view nuc_name) const; + [[nodiscard]] std::filesystem::path getUnalignedNucFilenameNoExtension(std::string_view nuc_name + ) const; + [[nodiscard]] std::filesystem::path getGeneFilenameNoExtension(std::string_view gene_name) const; }; diff --git a/include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h b/include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h index f243c4e8e..da2a88123 100644 --- a/include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h +++ b/include/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.h @@ -22,8 +22,8 @@ struct OptionalPreprocessingConfig { */ std::optional intermediate_results_directory; /** - * The filename where the intermediate results will be stored - * that are not relevant for an end user. + * The location where the duckdb file for persistence of intermediate results will be stored + * might be ':memory:' for no backing storage but instead in-memory mode */ std::optional preprocessing_database_location; /** @@ -47,6 +47,10 @@ struct OptionalPreprocessingConfig { * Prefix that SILO expects for nucleotide sequence files */ std::optional nucleotide_sequence_prefix; + /** + * Prefix that SILO expects for nucleotide sequence files + */ + std::optional unaligned_nucleotide_sequence_prefix; /** * Prefix that SILO expects for gene sequence files */ diff --git a/include/silo/preprocessing/preprocessing_database.h b/include/silo/preprocessing/preprocessing_database.h index c273e5378..2968b7d22 100644 --- a/include/silo/preprocessing/preprocessing_database.h +++ b/include/silo/preprocessing/preprocessing_database.h @@ -3,10 +3,11 @@ #include #include -#include "duckdb.hpp" +#include namespace silo { +class ZstdFastaTable; class ReferenceGenomes; namespace preprocessing { @@ -33,7 +34,13 @@ class PreprocessingDatabase { std::unique_ptr query(std::string sql_query); - void generateSequenceTable( + ZstdFastaTable generateSequenceTableFromFasta( + const std::string& table_name, + const std::string& reference_sequence, + const std::string& filename + ); + + ZstdFastaTable generateSequenceTableFromZstdFasta( const std::string& table_name, const std::string& reference_sequence, const std::string& filename diff --git a/include/silo/preprocessing/preprocessor.h b/include/silo/preprocessing/preprocessor.h index e448ab1f3..685914224 100644 --- a/include/silo/preprocessing/preprocessor.h +++ b/include/silo/preprocessing/preprocessor.h @@ -47,7 +47,8 @@ class Preprocessor { const preprocessing::Partitions& partition_descriptor, const ReferenceGenomes& reference_genomes, const std::string& order_by_clause, - const silo::PangoLineageAliasLookup& alias_key + const silo::PangoLineageAliasLookup& alias_key, + const std::filesystem::path& intermediate_results_directory ); }; } // namespace preprocessing diff --git a/include/silo/query_engine/actions/fasta.h b/include/silo/query_engine/actions/fasta.h index f26e38c9a..00ccc3344 100644 --- a/include/silo/query_engine/actions/fasta.h +++ b/include/silo/query_engine/actions/fasta.h @@ -1,5 +1,6 @@ #pragma once +#include #include #include @@ -13,18 +14,30 @@ namespace query_engine { struct OperatorResult; } // namespace query_engine struct Database; +struct DatabasePartition; } // namespace silo namespace silo::query_engine::actions { class Fasta : public Action { + static constexpr size_t SEQUENCE_LIMIT = 10'000; + + std::vector sequence_names; + [[nodiscard]] void validateOrderByFields(const Database& database) const override; QueryResult execute(const Database& database, std::vector bitmap_filter) const override; + void addSequencesToResultsForPartition( + QueryResult& results, + const silo::DatabasePartition& database_partition, + const OperatorResult& bitmap, + const std::string& primary_key_column + ) const; + public: - explicit Fasta(); + explicit Fasta(std::vector&& sequence_names); }; // NOLINTNEXTLINE(readability-identifier-naming) diff --git a/include/silo/storage/database_partition.h b/include/silo/storage/database_partition.h index f8483916e..5605e7b44 100644 --- a/include/silo/storage/database_partition.h +++ b/include/silo/storage/database_partition.h @@ -31,14 +31,13 @@ class InsertionColumnPartition; } // namespace storage template class SequenceStorePartition; +class UnalignedSequenceStorePartition; } // namespace silo namespace silo { class DatabasePartition { - friend class boost::serialization:: - access; // here because serialize is private member - // (https://www.boost.org/doc/libs/1_34_0/libs/serialization/doc/serialization.html) + friend class boost::serialization::access; template void serialize(Archive& archive, [[maybe_unused]] const uint32_t version) { @@ -60,6 +59,9 @@ class DatabasePartition { for(auto& [name, store] : aa_sequences){ archive & store; } + for(auto& [name, store] : unaligned_nuc_sequences){ + archive & store; + } archive & sequence_count; // clang-format on } @@ -78,6 +80,7 @@ class DatabasePartition { public: storage::ColumnPartitionGroup columns; std::map&> nuc_sequences; + std::map unaligned_nuc_sequences; std::map&> aa_sequences; uint32_t sequence_count = 0; diff --git a/include/silo/storage/reference_genomes.h b/include/silo/storage/reference_genomes.h index c8ff8375b..60b92ddfe 100644 --- a/include/silo/storage/reference_genomes.h +++ b/include/silo/storage/reference_genomes.h @@ -26,6 +26,12 @@ struct ReferenceGenomes { void writeToFile(const std::filesystem::path& reference_genomes_path) const; static ReferenceGenomes readFromFile(const std::filesystem::path& reference_genomes_path); + + template + static std::vector stringToVector(const std::string& string); + + template + static std::string vectorToString(const std::vector& vector); }; } // namespace silo diff --git a/include/silo/storage/unaligned_sequence_store.h b/include/silo/storage/unaligned_sequence_store.h new file mode 100644 index 000000000..915174e84 --- /dev/null +++ b/include/silo/storage/unaligned_sequence_store.h @@ -0,0 +1,52 @@ +#pragma once + +#include +#include +#include +#include + +namespace boost::serialization { +class access; +} // namespace boost::serialization + +namespace silo { +class ZstdFastaTableReader; + +class UnalignedSequenceStorePartition { + friend class boost::serialization::access; + + template + void serialize(Archive& archive, [[maybe_unused]] const uint32_t version) { + archive & sequence_count; + } + + public: + explicit UnalignedSequenceStorePartition( + std::filesystem::path file_name, + std::string& compression_dictionary + ); + + std::filesystem::path file_name; + std::string& compression_dictionary; + uint32_t sequence_count = 0; + + size_t fill(silo::ZstdFastaTableReader& input); +}; + +class UnalignedSequenceStore { + public: + std::deque partitions; + std::filesystem::path folder_path; + std::string compression_dictionary; + + void saveFolder(const std::filesystem::path& save_location) const; + + explicit UnalignedSequenceStore( + std::filesystem::path folder_path, + std::string&& compression_dictionary + ); + + UnalignedSequenceStorePartition& createPartition(); +}; + +} // namespace silo diff --git a/include/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h b/include/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h index b22c911c3..1a799f515 100644 --- a/include/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h +++ b/include/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h @@ -21,9 +21,9 @@ class ZstdDecompressor { explicit ZstdDecompressor(std::string_view dictionary_string); - void decompress(const std::string& input, std::string& output); + size_t decompress(const std::string& input, std::string& output); - void decompress( + size_t decompress( const char* input_data, size_t input_length, char* output_data, diff --git a/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h b/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h index a8af88540..ad8f84cfd 100644 --- a/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h +++ b/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h @@ -7,8 +7,9 @@ #include #include +#include "silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h" + namespace silo { -struct ZstdDecompressor; class ZstdFastaReader { private: diff --git a/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h b/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h index c4d862378..4df546cfb 100644 --- a/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h +++ b/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h @@ -8,17 +8,31 @@ struct Connection; namespace silo { class ZstdFastaReader; +class ZstdFastaTableReader; class FastaReader; class ZstdFastaTable { + duckdb::Connection& connection; + std::string table_name; + std::string_view compression_dict; + + ZstdFastaTable( + duckdb::Connection& connection, + std::string table_name, + std::string_view compression_dict + ); + public: - static void generate( + ZstdFastaTableReader getReader(std::string_view where_clause, std::string_view order_by_clause); + + static ZstdFastaTable generate( duckdb::Connection& connection, const std::string& table_name, - ZstdFastaReader& file_reader + ZstdFastaReader& file_reader, + std::string_view reference_sequence ); - static void generate( + static ZstdFastaTable generate( duckdb::Connection& connection, const std::string& table_name, FastaReader& file_reader, diff --git a/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h b/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h index 542f54c86..621c602b8 100644 --- a/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h +++ b/include/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h @@ -7,6 +7,8 @@ #include #include +#include "silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h" + namespace duckdb { struct Connection; struct MaterializedQueryResult; @@ -20,6 +22,7 @@ class ZstdFastaTableReader { private: duckdb::Connection& connection; std::string table_name; + std::string sequence_column; std::string where_clause; std::string order_by_clause; std::unique_ptr query_result; @@ -31,6 +34,8 @@ class ZstdFastaTableReader { std::optional nextKey(); + std::string getTableQuery(); + void advanceRow(); public: @@ -38,6 +43,7 @@ class ZstdFastaTableReader { duckdb::Connection& connection, std::string_view table_name, std::string_view compression_dict, + std::string_view sequence_column, std::string_view where_clause, std::string_view order_by_clause ); @@ -49,5 +55,9 @@ class ZstdFastaTableReader { std::optional nextCompressed(std::optional& compressed_genome); void reset(); + + void copyTableTo(std::string_view file_name); + + size_t lineCount(); }; } // namespace silo diff --git a/src/silo/database.cpp b/src/silo/database.cpp index 39c207eb3..218c7e071 100644 --- a/src/silo/database.cpp +++ b/src/silo/database.cpp @@ -62,6 +62,7 @@ #include "silo/storage/reference_genomes.h" #include "silo/storage/sequence_store.h" #include "silo/storage/serialize_optional.h" +#include "silo/storage/unaligned_sequence_store.h" #include "silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h" #include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h" #include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h" @@ -367,7 +368,7 @@ void saveDataVersion(const Database& database, const std::filesystem::path& save void Database::saveDatabaseState(const std::filesystem::path& save_directory) { if (getDataVersion().toString().empty()) { - throw std::runtime_error( + throw persistence::SaveDatabaseException( "Data version is empty. Please set a data version before saving the database." ); } @@ -382,7 +383,7 @@ void Database::saveDatabaseState(const std::filesystem::path& save_directory) { save_directory.string(), getDataVersion().toString() ); - throw persistence::LoadDatabaseException(error); + throw persistence::SaveDatabaseException(error); } std::filesystem::create_directory(versioned_save_directory); @@ -417,14 +418,19 @@ void Database::saveDatabaseState(const std::filesystem::path& save_directory) { ::boost::archive::binary_oarchive aa_sequences_archive(aa_sequences_file); aa_sequences_archive << aa_sequences_map; - std::vector file_vec; + for (auto& [name, store] : unaligned_nuc_sequences) { + store.saveFolder(versioned_save_directory / name); + } + + std::vector partition_archives; for (uint32_t i = 0; i < partitions.size(); ++i) { - const auto& partition_file = versioned_save_directory / ("P" + std::to_string(i) + ".silo"); - file_vec.emplace_back(openOutputFileOrThrow(partition_file)); + const auto& partition_archive = + versioned_save_directory / ("P" + std::to_string(i) + ".silo"); + partition_archives.emplace_back(openOutputFileOrThrow(partition_archive)); - if (!file_vec.back()) { + if (!partition_archives.back()) { throw persistence::SaveDatabaseException( - "Cannot open partition output file " + partition_file.string() + " for saving" + "Cannot open partition output file " + partition_archive.string() + " for saving" ); } } @@ -433,7 +439,7 @@ void Database::saveDatabaseState(const std::filesystem::path& save_directory) { tbb::parallel_for(tbb::blocked_range(0, partitions.size()), [&](const auto& local) { for (size_t partition_index = local.begin(); partition_index != local.end(); partition_index++) { - ::boost::archive::binary_oarchive output_archive(file_vec[partition_index]); + ::boost::archive::binary_oarchive output_archive(partition_archives[partition_index]); partitions[partition_index].serializeData(output_archive, 0); } }); @@ -464,15 +470,16 @@ Database Database::loadDatabaseState(const std::filesystem::path& save_directory const auto database_config_filename = save_directory / "database_config.yaml"; database.database_config = silo::config::DatabaseConfigReader().readConfig(database_config_filename); + database.intermediate_results_directory = save_directory; SPDLOG_TRACE("Loading alias key from {}", (save_directory / "alias_key.silo").string()); std::ifstream alias_key_file = openInputFileOrThrow(save_directory / "alias_key.silo"); - ::boost::archive::binary_iarchive alias_key_archive(alias_key_file); + boost::archive::binary_iarchive alias_key_archive(alias_key_file); alias_key_archive >> database.alias_key; SPDLOG_TRACE("Loading partitions from {}", (save_directory / "partitions.silo").string()); std::ifstream partitions_file = openInputFileOrThrow(save_directory / "partitions.silo"); - ::boost::archive::binary_iarchive partitions_archive(partitions_file); + boost::archive::binary_iarchive partitions_archive(partitions_file); partitions_archive >> database.partitions; SPDLOG_TRACE("Initializing columns"); @@ -622,6 +629,7 @@ void Database::initializeNucSequences( const std::map>& reference_sequences ) { SPDLOG_DEBUG("build - initializing nucleotide sequences"); + SPDLOG_TRACE("initializing aligned nucleotide sequences"); for (const auto& [nuc_name, reference_sequence] : reference_sequences) { auto seq_store = SequenceStore(reference_sequence); nuc_sequences.emplace(nuc_name, std::move(seq_store)); @@ -629,12 +637,33 @@ void Database::initializeNucSequences( partition.nuc_sequences.insert({nuc_name, nuc_sequences.at(nuc_name).createPartition()}); } } + SPDLOG_TRACE("initializing unaligned nucleotide sequences"); + for (const auto& [nuc_name, reference_sequence] : reference_sequences) { + const std::filesystem::path sequence_directory = intermediate_results_directory / nuc_name; + create_directory(sequence_directory); + if (!std::filesystem::is_directory(sequence_directory)) { + SPDLOG_TRACE( + "Sequence directory for unaligned sequences {} could not be created.", + sequence_directory.string() + ); + } + auto seq_store = silo::UnalignedSequenceStore( + sequence_directory, ReferenceGenomes::vectorToString(reference_sequence) + ); + unaligned_nuc_sequences.emplace(nuc_name, std::move(seq_store)); + for (auto& partition : partitions) { + partition.unaligned_nuc_sequences.insert( + {nuc_name, unaligned_nuc_sequences.at(nuc_name).createPartition()} + ); + } + } } void Database::initializeAASequences( const std::map>& reference_sequences ) { SPDLOG_DEBUG("build - initializing amino acid sequences"); + SPDLOG_TRACE("initializing aligned amino acid sequences"); for (const auto& [aa_name, reference_sequence] : reference_sequences) { auto aa_store = SequenceStore(reference_sequence); aa_sequences.emplace(aa_name, std::move(aa_store)); diff --git a/src/silo/preprocessing/preprocessing_config.cpp b/src/silo/preprocessing/preprocessing_config.cpp index 2ee6ce927..d6244394e 100644 --- a/src/silo/preprocessing/preprocessing_config.cpp +++ b/src/silo/preprocessing/preprocessing_config.cpp @@ -17,6 +17,7 @@ PreprocessingConfig::PreprocessingConfig( const PangoLineageDefinitionFilename& pango_lineage_definition_filename_, const ReferenceGenomeFilename& reference_genome_filename_, const NucleotideSequencePrefix& nucleotide_sequence_prefix_, + const UnalignedNucleotideSequencePrefix& unaligned_nucleotide_sequence_prefix_, const GenePrefix& gene_prefix_ ) { preprocessing_database_location = preprocessing_database_location_.filename; @@ -27,9 +28,8 @@ PreprocessingConfig::PreprocessingConfig( ); } - const std::filesystem::path intermediate_results_directory( - intermediate_results_directory_.directory - ); + intermediate_results_directory = + std::filesystem::path(intermediate_results_directory_.directory); if (!std::filesystem::exists(intermediate_results_directory_.directory)) { std::filesystem::create_directory(intermediate_results_directory_.directory); } @@ -55,6 +55,7 @@ PreprocessingConfig::PreprocessingConfig( this->output_directory = output_directory_.directory; nucleotide_sequence_prefix = nucleotide_sequence_prefix_.prefix; + unaligned_nucleotide_sequence_prefix = unaligned_nucleotide_sequence_prefix_.prefix; gene_prefix = gene_prefix_.prefix; } @@ -62,6 +63,10 @@ std::filesystem::path PreprocessingConfig::getOutputDirectory() const { return output_directory; } +std::filesystem::path PreprocessingConfig::getIntermediateResultsDirectory() const { + return intermediate_results_directory; +} + std::optional PreprocessingConfig::getPreprocessingDatabaseLocation() const { return preprocessing_database_location; } @@ -91,6 +96,15 @@ std::filesystem::path PreprocessingConfig::getNucFilenameNoExtension(std::string return filename; } +std::filesystem::path PreprocessingConfig::getUnalignedNucFilenameNoExtension( + std::string_view nuc_name +) const { + std::filesystem::path filename = sequences_folder; + filename /= unaligned_nucleotide_sequence_prefix; + filename += nuc_name; + return filename; +} + std::filesystem::path PreprocessingConfig::getGeneFilenameNoExtension(std::string_view gene_name ) const { std::filesystem::path filename = sequences_folder; @@ -119,6 +133,7 @@ std::filesystem::path PreprocessingConfig::getGeneFilenameNoExtension(std::strin preprocessing_config.metadata_file.string(), preprocessing_config.reference_genome_file.string(), preprocessing_config.nucleotide_sequence_prefix, + preprocessing_config.unaligned_nucleotide_sequence_prefix, preprocessing_config.gene_prefix, preprocessing_config.ndjson_input_filename.has_value() ? "'" + preprocessing_config.ndjson_input_filename->string() + "'" diff --git a/src/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.cpp b/src/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.cpp index c9618bb70..6228a37cf 100644 --- a/src/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.cpp +++ b/src/silo/preprocessing/preprocessing_config_reader.cpp @@ -103,6 +103,11 @@ PreprocessingConfig OptionalPreprocessingConfig::mergeValuesFromOrDefault( silo::preprocessing::DEFAULT_NUCLEOTIDE_SEQUENCE_PREFIX.prefix )) }, + UnalignedNucleotideSequencePrefix{unaligned_nucleotide_sequence_prefix.value_or( + other.unaligned_nucleotide_sequence_prefix.value_or( + silo::preprocessing::DEFAULT_UNALIGNED_NUC_SEQUENCE_PREFIX.prefix + ) + )}, GenePrefix{gene_prefix.value_or( other.gene_prefix.value_or(silo::preprocessing::DEFAULT_GENE_PREFIX.prefix) )} diff --git a/src/silo/preprocessing/preprocessing_database.cpp b/src/silo/preprocessing/preprocessing_database.cpp index aedf1d3bf..9ceb4f223 100644 --- a/src/silo/preprocessing/preprocessing_database.cpp +++ b/src/silo/preprocessing/preprocessing_database.cpp @@ -14,7 +14,9 @@ #include "silo/preprocessing/preprocessing_exception.h" #include "silo/storage/reference_genomes.h" #include "silo/zstdfasta/zstd_compressor.h" +#include "silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h" #include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h" +#include "silo/zstdfasta/zstdfasta_writer.h" using duckdb::BigIntValue; using duckdb::BinaryExecutor; @@ -196,13 +198,22 @@ preprocessing::Partitions PreprocessingDatabase::getPartitionDescriptor() { return preprocessing::Partitions(partitions); } -void PreprocessingDatabase::generateSequenceTable( +ZstdFastaTable PreprocessingDatabase::generateSequenceTableFromFasta( const std::string& table_name, const std::string& reference_sequence, const std::string& filename ) { silo::FastaReader fasta_reader(filename); - ZstdFastaTable::generate(connection, table_name, fasta_reader, reference_sequence); + return ZstdFastaTable::generate(connection, table_name, fasta_reader, reference_sequence); +} + +ZstdFastaTable PreprocessingDatabase::generateSequenceTableFromZstdFasta( + const std::string& table_name, + const std::string& reference_sequence, + const std::string& filename +) { + silo::ZstdFastaReader zstd_fasta_reader(filename, reference_sequence); + return ZstdFastaTable::generate(connection, table_name, zstd_fasta_reader, reference_sequence); } std::vector extractStringListValue( diff --git a/src/silo/preprocessing/preprocessor.cpp b/src/silo/preprocessing/preprocessor.cpp index 16dca01dd..9ddc244fe 100644 --- a/src/silo/preprocessing/preprocessor.cpp +++ b/src/silo/preprocessing/preprocessor.cpp @@ -16,6 +16,7 @@ #include "silo/preprocessing/preprocessing_exception.h" #include "silo/preprocessing/sequence_info.h" #include "silo/storage/reference_genomes.h" +#include "silo/storage/unaligned_sequence_store.h" #include "silo/zstdfasta/zstd_decompressor.h" #include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table.h" @@ -62,7 +63,13 @@ Database Preprocessor::preprocess() { SPDLOG_INFO("preprocessing - building database"); - return buildDatabase(partition_descriptor, reference_genomes, order_by_clause, alias_key); + return buildDatabase( + partition_descriptor, + reference_genomes, + order_by_clause, + alias_key, + preprocessing_config.getIntermediateResultsDirectory() + ); } void Preprocessor::buildTablesFromNdjsonInput( @@ -107,7 +114,7 @@ void Preprocessor::buildTablesFromNdjsonInput( void Preprocessor::buildMetadataTableFromFile(const std::filesystem::path& metadata_filename) { SPDLOG_DEBUG("preprocessing - classic metadata file pipeline chosen"); - const auto metadata_info = + const MetadataInfo metadata_info = MetadataInfo::validateFromMetadataFile(metadata_filename, database_config); (void)preprocessing_db.query(fmt::format( @@ -263,6 +270,19 @@ void Preprocessor::createSequenceViews(const ReferenceGenomes& reference_genomes order_by_select, partition_by_where )); + (void)preprocessing_db.query(fmt::format( + "create or replace view unaligned_nuc_{0} as\n" + "select {1} as key, unaligned_nuc_{0} as sequence," + "{2}" + "{3} \n" + "from preprocessing_table, partition_key_to_partition " + "{4};", + seq_name, + database_config.schema.primary_key, + partition_by_select, + order_by_select, + partition_by_where + )); } for (const auto& [seq_name, _] : reference_genomes.raw_aa_sequences) { @@ -292,6 +312,13 @@ void Preprocessor::createPartitionedSequenceTables(const ReferenceGenomes& refer .replace_extension(silo::preprocessing::FASTA_EXTENSION), "nuc_" ); + createPartitionedTableForSequence( + sequence_name, + reference_sequence, + preprocessing_config.getUnalignedNucFilenameNoExtension(sequence_name) + .replace_extension(silo::preprocessing::FASTA_EXTENSION), + "unaligned_nuc_" + ); } for (const auto& [sequence_name, reference_sequence] : reference_genomes.raw_aa_sequences) { @@ -321,7 +348,7 @@ void Preprocessor::createPartitionedTableForSequence( const std::string raw_table_name = "raw_" + table_prefix + sequence_name; const std::string table_name = table_prefix + sequence_name; - preprocessing_db.generateSequenceTable(raw_table_name, reference_sequence, filename); + preprocessing_db.generateSequenceTableFromFasta(raw_table_name, reference_sequence, filename); (void)preprocessing_db.query(fmt::format( R"-( @@ -343,11 +370,13 @@ Database Preprocessor::buildDatabase( const preprocessing::Partitions& partition_descriptor, const ReferenceGenomes& reference_genomes, const std::string& order_by_clause, - const silo::PangoLineageAliasLookup& alias_key + const silo::PangoLineageAliasLookup& alias_key, + const std::filesystem::path& intermediate_results_directory ) { Database database; database.database_config = database_config; database.alias_key = alias_key; + database.intermediate_results_directory = intermediate_results_directory; const DataVersion& data_version = DataVersion::mineDataVersion(); SPDLOG_INFO("preprocessing - mining data data_version: {}", data_version.toString()); database.setDataVersion(data_version); @@ -369,7 +398,7 @@ Database Preprocessor::buildDatabase( const auto& part = partition_descriptor.getPartitions()[partition_id]; for (size_t chunk_index = 0; chunk_index < part.getPartitionChunks().size(); ++chunk_index) { - const auto sequences_added = database.partitions[partition_id].columns.fill( + const uint32_t sequences_added = database.partitions[partition_id].columns.fill( preprocessing_db.getConnection(), partition_id, order_by_clause, database_config ); database.partitions[partition_id].sequence_count += sequences_added; @@ -400,12 +429,25 @@ Database Preprocessor::buildDatabase( preprocessing_db.getConnection(), "nuc_" + nuc_name, reference_sequence, + "sequence", fmt::format("partition_id = {}", partition_index), order_by_clause ); database.partitions[partition_index].nuc_sequences.at(nuc_name).fill( sequence_input ); + + silo::ZstdFastaTableReader unaligned_sequence_input( + preprocessing_db.getConnection(), + "unaligned_nuc_" + nuc_name, + reference_sequence, + "sequence", + fmt::format("partition_id = {}", partition_index), + order_by_clause + ); + database.partitions[partition_index].unaligned_nuc_sequences.at(nuc_name).fill( + unaligned_sequence_input + ); } for (const auto& [aa_name, reference_sequence] : reference_genomes.raw_aa_sequences) { @@ -420,6 +462,7 @@ Database Preprocessor::buildDatabase( preprocessing_db.getConnection(), "gene_" + aa_name, reference_sequence, + "sequence", fmt::format("partition_id = {}", partition_index), order_by_clause ); diff --git a/src/silo/preprocessing/sequence_info.cpp b/src/silo/preprocessing/sequence_info.cpp index 02431845e..3355a7ccb 100644 --- a/src/silo/preprocessing/sequence_info.cpp +++ b/src/silo/preprocessing/sequence_info.cpp @@ -27,6 +27,12 @@ std::vector SequenceInfo::getSequenceSelects() { preprocessing::PreprocessingDatabase::COMPRESS_NUC, name )); + sequence_selects.emplace_back(fmt::format( + "{0}(unalignedNucleotideSequences.{1}, " + "'{1}') as unaligned_nuc_{1}", + preprocessing::PreprocessingDatabase::COMPRESS_NUC, + name + )); } for (const std::string& name : aa_sequence_names) { sequence_selects.emplace_back(fmt::format( diff --git a/src/silo/query_engine/actions/fasta.cpp b/src/silo/query_engine/actions/fasta.cpp index af9e291a5..b718d1d16 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/fasta.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/fasta.cpp @@ -1,30 +1,269 @@ #include "silo/query_engine/actions/fasta.h" +#include +#include +#include +#include + +#include "silo/database.h" #include "silo/query_engine/operator_result.h" #include "silo/query_engine/query_parse_exception.h" #include "silo/query_engine/query_result.h" +#include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h" namespace silo { struct Database; } // namespace silo +namespace { + +std::unique_ptr query( + duckdb::Connection& connection, + std::string sql_query +) { + SPDLOG_DEBUG("Fasta Action - DuckDB Query:\n{}", sql_query); + auto result = connection.Query(sql_query); + SPDLOG_DEBUG("Fasta Action - DuckDB Result:\n{}", result->ToString()); + if (result->HasError()) { + throw std::runtime_error(result->ToString()); + } + return result; +} + +} // namespace + namespace silo::query_engine::actions { -Fasta::Fasta() = default; +std::atomic unique_identifier = 0; + +Fasta::Fasta(std::vector&& sequence_names) + : sequence_names(sequence_names) {} + +void Fasta::validateOrderByFields(const Database& database) const { + const std::string& primary_key_field = database.database_config.schema.primary_key; + for (const OrderByField& field : order_by_fields) { + CHECK_SILO_QUERY( + field.name == primary_key_field || + std::find(sequence_names.begin(), sequence_names.end(), field.name) != + std::end(sequence_names), + fmt::format( + "The only fields returned by the Fasta action are {} and {}", + fmt::join(sequence_names, ","), + primary_key_field + ) + ); + } +} + +namespace { + +std::string getTableQuery( + const std::vector& sequence_names, + const DatabasePartition& database_partition, + const std::string& key_table_name +) { + std::vector file_names; + file_names.reserve(sequence_names.size()); + for (const auto& sequence_name : sequence_names) { + file_names.emplace_back(database_partition.unaligned_nuc_sequences.at(sequence_name).file_name + ); + } + + std::string select_clause; + std::string table_clause; + std::string join_clause; + for (size_t idx = 0; idx < file_names.size(); idx++) { + const auto& file_name = file_names.at(idx); + select_clause += fmt::format(", t{0}.sequence as t{0}_sequence", idx); + table_clause += fmt::format(", '{}' t{}", file_name.string(), idx); + join_clause += fmt::format(" AND key_table.key = t{}.key", idx); + } + + const std::string duckdb_table_query = fmt::format( + "SELECT key_table.key {} FROM {} key_table {} WHERE TRUE {}", + select_clause, + key_table_name, + table_clause, + join_clause + ); + return duckdb_table_query; +} + +void addSequencesFromResultTableToJson( + QueryResult& results, + duckdb::Connection& connection, + const std::string& result_table_name, + const std::vector& sequence_names, + const DatabasePartition& database_partition, + size_t number_of_values +) { + for (size_t sequence_idx = 0; sequence_idx < sequence_names.size(); sequence_idx++) { + const std::string& sequence_name = sequence_names.at(sequence_idx); + const std::string_view compression_dict = + database_partition.unaligned_nuc_sequences.at(sequence_name).compression_dictionary; + silo::ZstdFastaTableReader table_reader( + connection, + result_table_name, + compression_dict, + fmt::format("t{}_sequence", sequence_idx), + "TRUE", + "ORDER BY key" + ); + std::optional genome_buffer; + + const size_t start_of_partition_in_result = results.query_result.size() - number_of_values; + const size_t end_of_partition_in_result = results.query_result.size(); + for (size_t idx = start_of_partition_in_result; idx < end_of_partition_in_result; idx++) { + auto current_key = table_reader.next(genome_buffer); + assert(current_key.has_value()); + if (genome_buffer.has_value()) { + results.query_result.at(idx).fields.emplace(sequence_name, genome_buffer.value()); + } else { + results.query_result.at(idx).fields.emplace(sequence_name, std::nullopt); + } + } + } +} + +} // namespace + +void Fasta::addSequencesToResultsForPartition( + QueryResult& results, + const DatabasePartition& database_partition, + const OperatorResult& bitmap, + const std::string& primary_key_column +) const { + duckdb::DuckDB duck_db; + duckdb::Connection connection(duck_db); -void Fasta::validateOrderByFields(const Database& /*database*/) const { - throw QueryParseException("Not implemented: The Ordering of Fasta actions is not yet supported"); + const size_t number_of_values = bitmap->cardinality(); + + if (bitmap->isEmpty()) { + SPDLOG_TRACE("Skipping empty partition!"); + return; + } + + uint64_t unique_identifier_for_function = unique_identifier++; + std::string key_table_name = fmt::format("tmp_fasta_key_{}", unique_identifier_for_function); + std::string result_table_name = fmt::format("tmp_result_{}", unique_identifier_for_function); + + (void)query( + connection, + fmt::format( + "CREATE TABLE {} (" + " key STRING" + ");", + key_table_name + ) + ); + SPDLOG_TRACE("Created temporary duckdb table for holding keys"); + + duckdb::Appender appender(connection, key_table_name); + + for (const uint32_t sequence_id : *bitmap) { + appender.BeginRow(); + auto primary_key = database_partition.columns.getValue(primary_key_column, sequence_id); + if (primary_key == std::nullopt) { + throw std::runtime_error( + fmt::format("Detected primary_key in column '{}' that is null.", primary_key_column) + ); + } + std::string primary_key_string; + if (holds_alternative(primary_key.value())) { + primary_key_string = std::to_string(get(primary_key.value())); + } else if (holds_alternative(primary_key.value())) { + primary_key_string = std::to_string(get(primary_key.value())); + } else { + assert(holds_alternative(primary_key.value())); + primary_key_string = get(primary_key.value()); + } + appender.Append(duckdb::Value::BLOB(primary_key_string)); + + // Also add the key to the entries for later + QueryResultEntry entry; + entry.fields.emplace(primary_key_column, primary_key.value()); + results.query_result.emplace_back(std::move(entry)); + + appender.EndRow(); + appender.Flush(); + } + appender.Close(); + + const std::string table_query = + getTableQuery(sequence_names, database_partition, key_table_name); + + SPDLOG_TRACE( + "Create table query for unaligned in-memory sequence tables: {}", + fmt::format("CREATE TABLE {} AS ({})", result_table_name, table_query) + ); + + (void)query(connection, fmt::format("CREATE TABLE {} AS ({})", result_table_name, table_query)); + + addSequencesFromResultTableToJson( + results, connection, result_table_name, sequence_names, database_partition, number_of_values + ); + + (void)query(connection, fmt::format("DROP TABLE {};", result_table_name)); + (void)query(connection, fmt::format("DROP TABLE {};", key_table_name)); } -QueryResult Fasta:: - execute(const Database& /*database*/, std::vector /*bitmap_filter*/) const { - return {}; +QueryResult Fasta::execute(const Database& database, std::vector bitmap_filter) + const { + for (const std::string& sequence_name : sequence_names) { + CHECK_SILO_QUERY( + database.unaligned_nuc_sequences.contains(sequence_name), + "Database does not contain an unaligned sequence with name: '" + sequence_name + "'" + ) + } + + const std::string& primary_key_column = database.database_config.schema.primary_key; + + size_t total_count = 0; + for (auto& filter : bitmap_filter) { + total_count += filter->cardinality(); + } + CHECK_SILO_QUERY( + total_count <= SEQUENCE_LIMIT, + fmt::format("Fasta action currently limited to {} sequences", SEQUENCE_LIMIT) + ); + + QueryResult results; + results.query_result.reserve(total_count); + + for (uint32_t partition_index = 0; partition_index < database.partitions.size(); + ++partition_index) { + const auto& database_partition = database.partitions[partition_index]; + const auto& bitmap = bitmap_filter[partition_index]; + + addSequencesToResultsForPartition(results, database_partition, bitmap, primary_key_column); + } + + return results; } // NOLINTNEXTLINE(readability-identifier-naming) -void from_json(const nlohmann::json& /*json*/, std::unique_ptr& action) { - action = std::make_unique(); - throw QueryParseException("Not implemented: The Fasta action has not been implemented"); +void from_json(const nlohmann::json& json, std::unique_ptr& action) { + CHECK_SILO_QUERY( + json.contains("sequenceName") && + (json["sequenceName"].is_string() || json["sequenceName"].is_array()), + "Fasta action must have the field sequenceName of type string or an array of " + "strings" + ) + std::vector sequence_names; + if (json["sequenceName"].is_array()) { + for (const auto& child : json["sequenceName"]) { + CHECK_SILO_QUERY( + child.is_string(), + "Fasta action must have the field sequenceName of type string or an array " + "of strings; while parsing array encountered the element " + + child.dump() + " which is not of type string" + ) + sequence_names.emplace_back(child.get()); + } + } else { + sequence_names.emplace_back(json["sequenceName"].get()); + } + action = std::make_unique(std::move(sequence_names)); } } // namespace silo::query_engine::actions diff --git a/src/silo/query_engine/actions/fasta_aligned.cpp b/src/silo/query_engine/actions/fasta_aligned.cpp index abaae7cb7..e3e9a5b03 100644 --- a/src/silo/query_engine/actions/fasta_aligned.cpp +++ b/src/silo/query_engine/actions/fasta_aligned.cpp @@ -114,9 +114,9 @@ QueryResult FastaAligned::execute( const auto& bitmap = bitmap_filter[partition_index]; for (const uint32_t sequence_id : *bitmap) { QueryResultEntry entry; - const std::string primary_key = database.database_config.schema.primary_key; + const std::string primary_key_column = database.database_config.schema.primary_key; entry.fields.emplace( - primary_key, database_partition.columns.getValue(primary_key, sequence_id) + primary_key_column, database_partition.columns.getValue(primary_key_column, sequence_id) ); for (const auto& nuc_sequence_name : nuc_sequence_names) { const auto& sequence_store = database_partition.nuc_sequences.at(nuc_sequence_name); diff --git a/src/silo/storage/reference_genomes.cpp b/src/silo/storage/reference_genomes.cpp index 16774c36c..e19d29916 100644 --- a/src/silo/storage/reference_genomes.cpp +++ b/src/silo/storage/reference_genomes.cpp @@ -57,21 +57,7 @@ ReferenceGenomes::ReferenceGenomes( } for (const auto& [sequence_name, raw_aa_sequence] : raw_aa_sequences) { - std::vector aa_sequence; - - for (const char character : raw_aa_sequence) { - auto symbol = AminoAcid::charToSymbol(character); - - if (!symbol.has_value()) { - throw preprocessing::PreprocessingException( - "Amino Acid sequence with name " + sequence_name + - " contains illegal amino acid code: " + std::to_string(character) - ); - } - - aa_sequence.push_back(*symbol); - } - aa_sequences[sequence_name] = aa_sequence; + aa_sequences[sequence_name] = stringToVector(raw_aa_sequence); } } @@ -177,4 +163,49 @@ void ReferenceGenomes::writeToFile(const std::filesystem::path& reference_genome std::ofstream(reference_genomes_path) << reference_genomes_json.dump(4); } +template +std::vector ReferenceGenomes::stringToVector(const std::string& string +) { + std::vector sequence_vector; + + for (const char character : string) { + auto symbol = SymbolType::charToSymbol(character); + + if (!symbol.has_value()) { + throw preprocessing::PreprocessingException(fmt::format( + "{} sequence with illegal {} code: {}", + SymbolType::SYMBOL_NAME, + SymbolType::SYMBOL_NAME_LOWER_CASE, + std::to_string(character) + )); + } + + sequence_vector.push_back(*symbol); + } + return sequence_vector; +} + +template <> +std::vector ReferenceGenomes::stringToVector( + const std::string& string +); + +template <> +std::string ReferenceGenomes::vectorToString( + const std::vector& vector +) { + std::string sequence_string; + sequence_string.reserve(vector.size()); + + for (const typename Nucleotide::Symbol symbol : vector) { + auto character = Nucleotide::symbolToChar(symbol); + sequence_string += character; + } + return sequence_string; +} + +template <> +std::string ReferenceGenomes::vectorToString(const std::vector& vector +); + } // namespace silo \ No newline at end of file diff --git a/src/silo/storage/unaligned_sequence_store.cpp b/src/silo/storage/unaligned_sequence_store.cpp new file mode 100644 index 000000000..4949fb703 --- /dev/null +++ b/src/silo/storage/unaligned_sequence_store.cpp @@ -0,0 +1,51 @@ +#include "silo/storage/unaligned_sequence_store.h" + +#include +#include +#include +#include + +#include +#include +#include +#include + +#include "silo/common/aa_symbols.h" +#include "silo/common/format_number.h" +#include "silo/common/nucleotide_symbols.h" +#include "silo/common/symbol_map.h" +#include "silo/preprocessing/preprocessing_exception.h" +#include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h" + +silo::UnalignedSequenceStorePartition::UnalignedSequenceStorePartition( + std::filesystem::path file_name, + std::string& compression_dictionary +) + : file_name(std::move(file_name)), + compression_dictionary(compression_dictionary) {} + +size_t silo::UnalignedSequenceStorePartition::fill(silo::ZstdFastaTableReader& input) { + const size_t line_count = input.lineCount(); + + input.copyTableTo(file_name.string()); + + sequence_count += line_count; + return line_count; +} + +silo::UnalignedSequenceStore::UnalignedSequenceStore( + std::filesystem::path folder_path, + std::string&& compression_dictionary +) + : folder_path(std::move(folder_path)), + compression_dictionary(std::move(compression_dictionary)) {} + +silo::UnalignedSequenceStorePartition& silo::UnalignedSequenceStore::createPartition() { + return partitions.emplace_back( + folder_path / fmt::format("P{}.parquet", partitions.size()), compression_dictionary + ); +} + +void silo::UnalignedSequenceStore::saveFolder(const std::filesystem::path& save_location) const { + std::filesystem::copy(folder_path, save_location); +} diff --git a/src/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.cpp b/src/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.cpp index 8afc3f13c..10ca74c2b 100644 --- a/src/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.cpp +++ b/src/silo/zstdfasta/zstd_decompressor.cpp @@ -4,6 +4,8 @@ #include #include +#include + namespace silo { ZstdDecompressor::~ZstdDecompressor() { @@ -27,27 +29,30 @@ ZstdDecompressor& ZstdDecompressor::operator=(ZstdDecompressor&& other) noexcept return *this; } -void ZstdDecompressor::decompress(const std::string& input, std::string& output) { - auto size_or_error_code = ZSTD_decompress_usingDDict( - zstd_context, output.data(), output.length(), input.data(), input.size(), zstd_dictionary - ); - if (ZSTD_isError(size_or_error_code)) { - const std::string error_name = ZSTD_getErrorName(size_or_error_code); - throw std::runtime_error( - "Error '" + error_name + "' in dependency when decompressing using zstd." - ); - } +size_t ZstdDecompressor::decompress(const std::string& input, std::string& output) { + return decompress(input.data(), input.size(), output.data(), output.size()); } -void ZstdDecompressor::decompress( +size_t ZstdDecompressor::decompress( const char* input_data, size_t input_length, char* output_data, size_t output_length ) { - ZSTD_decompress_usingDDict( + auto size_or_error_code = ZSTD_decompress_usingDDict( zstd_context, output_data, output_length, input_data, input_length, zstd_dictionary ); + if (ZSTD_isError(size_or_error_code)) { + const std::string error_name = ZSTD_getErrorName(size_or_error_code); + throw std::runtime_error(fmt::format( + "Error '{}' in dependency when decompressing using zstd (dst buffer size: {}, src size: " + "{}).", + error_name, + output_length, + input_length + )); + } + return size_or_error_code; } } // namespace silo \ No newline at end of file diff --git a/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.cpp b/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.cpp index 8b5b3951e..c04755257 100644 --- a/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.cpp +++ b/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table.cpp @@ -7,6 +7,7 @@ #include "silo/preprocessing/preprocessing_exception.h" #include "silo/zstdfasta/zstd_compressor.h" #include "silo/zstdfasta/zstdfasta_reader.h" +#include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h" namespace { void initializeTable(duckdb::Connection& connection, std::string table_name) { @@ -27,10 +28,22 @@ void initializeTable(duckdb::Connection& connection, std::string table_name) { } } // namespace -void silo::ZstdFastaTable::generate( +namespace silo { + +ZstdFastaTable::ZstdFastaTable( + duckdb::Connection& connection, + std::string table_name, + std::string_view compression_dict +) + : connection(connection), + table_name(std::move(table_name)), + compression_dict(compression_dict) {} + +ZstdFastaTable ZstdFastaTable::generate( duckdb::Connection& connection, const std::string& table_name, - silo::ZstdFastaReader& file_reader + ZstdFastaReader& file_reader, + std::string_view reference_sequence ) { initializeTable(connection, table_name); std::optional key; @@ -51,18 +64,19 @@ void silo::ZstdFastaTable::generate( appender.EndRow(); } appender.Close(); + return {connection, table_name, reference_sequence}; } -void silo::ZstdFastaTable::generate( +ZstdFastaTable ZstdFastaTable::generate( duckdb::Connection& connection, const std::string& table_name, - silo::FastaReader& file_reader, + FastaReader& file_reader, std::string_view reference_sequence ) { initializeTable(connection, table_name); std::optional key; std::string uncompressed_genome; - silo::ZstdCompressor compressor(reference_sequence); + ZstdCompressor compressor(reference_sequence); std::string compressed_genome; compressed_genome.resize(compressor.getSizeBound()); duckdb::Appender appender(connection, table_name); @@ -81,4 +95,16 @@ void silo::ZstdFastaTable::generate( appender.EndRow(); } appender.Close(); + return {connection, table_name, reference_sequence}; } + +ZstdFastaTableReader ZstdFastaTable::getReader( + std::string_view where_clause, + std::string_view order_by_clause +) { + return ZstdFastaTableReader( + connection, table_name, compression_dict, "sequence", where_clause, order_by_clause + ); +} + +} // namespace silo \ No newline at end of file diff --git a/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.cpp b/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.cpp index 6c989969b..3ea717f88 100644 --- a/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.cpp +++ b/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.cpp @@ -1,5 +1,7 @@ #include "silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.h" +#include +#include #include #include @@ -13,11 +15,13 @@ silo::ZstdFastaTableReader::ZstdFastaTableReader( duckdb::Connection& connection, std::string_view table_name, std::string_view compression_dict, + std::string_view sequence_column, std::string_view where_clause, std::string_view order_by_clause ) : connection(connection), table_name(table_name), + sequence_column(sequence_column), where_clause(where_clause), order_by_clause(order_by_clause), decompressor(std::make_unique(compression_dict)) { @@ -74,8 +78,8 @@ std::optional silo::ZstdFastaTableReader::next(std::optionaldecompress(compressed_buffer.value(), genome_buffer); - genome = genome_buffer; + auto size = decompressor->decompress(compressed_buffer.value(), genome_buffer); + genome = std::string(genome_buffer.data(), size); } else { genome = std::nullopt; } @@ -83,11 +87,19 @@ std::optional silo::ZstdFastaTableReader::next(std::optionalHasError()) { + SPDLOG_ERROR("Error when executing SQL " + query_result->GetError()); + throw preprocessing::PreprocessingException("Error when SQL " + query_result->GetError()); + } +} + +size_t silo::ZstdFastaTableReader::lineCount() { + query_result = connection.Query(fmt::format("SELECT COUNT(*) FROM ({})", getTableQuery())); + if (query_result->HasError()) { + SPDLOG_ERROR("Error when executing SQL " + query_result->GetError()); + throw preprocessing::PreprocessingException("Error when SQL " + query_result->GetError()); + } + const duckdb::Value count_value = query_result->GetValue(0, 0); + const uint64_t line_count = duckdb::BigIntValue::Get(count_value); + return static_cast(line_count); +} diff --git a/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.test.cpp b/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.test.cpp index 4208e2cb4..2960a1796 100644 --- a/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.test.cpp +++ b/src/silo/zstdfasta/zstdfasta_table_reader.test.cpp @@ -23,7 +23,7 @@ TEST(ZstdFastaTableReader, correctlyReadsZstdFastaTableFromFastaFile) { silo::ZstdFastaTable::generate(connection, "test", file_reader, "ACGT"); - silo::ZstdFastaTableReader under_test(connection, "test", "ACGT", "true", ""); + silo::ZstdFastaTableReader under_test(connection, "test", "ACGT", "sequence", "true", ""); std::optional key; std::optional genome; @@ -50,9 +50,9 @@ TEST(ZstdFastaTableReader, correctlyReadsZstdFastaTableFromZstdFastaFile) { duckdb::DuckDB duck_db(nullptr); duckdb::Connection connection(duck_db); - silo::ZstdFastaTable::generate(connection, "test", file_reader); + silo::ZstdFastaTable::generate(connection, "test", file_reader, "ACGT"); - silo::ZstdFastaTableReader under_test(connection, "test", "ACGT", "true", ""); + silo::ZstdFastaTableReader under_test(connection, "test", "ACGT", "sequence", "true", ""); std::optional key; std::optional genome; @@ -81,7 +81,9 @@ TEST(ZstdFastaTableReader, correctlySortsZstdFastaTableFromFastaFile) { silo::ZstdFastaTable::generate(connection, "test", file_reader, "ACGT"); - silo::ZstdFastaTableReader under_test(connection, "test", "ACGT", "true", "ORDER BY key desc"); + silo::ZstdFastaTableReader under_test( + connection, "test", "ACGT", "sequence", "true", "ORDER BY key desc" + ); std::optional key; std::optional genome; @@ -108,9 +110,11 @@ TEST(ZstdFastaTableReader, correctlySortsZstdFastaTableFromZstdFastaFile) { duckdb::DuckDB duck_db(nullptr); duckdb::Connection connection(duck_db); - silo::ZstdFastaTable::generate(connection, "test", file_reader); + silo::ZstdFastaTable::generate(connection, "test", file_reader, "ACGT"); - silo::ZstdFastaTableReader under_test(connection, "test", "ACGT", "true", "ORDER BY key desc"); + silo::ZstdFastaTableReader under_test( + connection, "test", "ACGT", "sequence", "true", "ORDER BY key desc" + ); std::optional key; std::optional genome; diff --git a/testBaseData/exampleDataset/reference_genomes.json b/testBaseData/exampleDataset/reference_genomes.json index 25456327a..11bfb2f6b 100644 --- a/testBaseData/exampleDataset/reference_genomes.json +++ b/testBaseData/exampleDataset/reference_genomes.json @@ -4,7 +4,10 @@ "name": "main", "sequence": "ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAAC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