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[ moleculetype ]
; molname nrexcl
ZN 1
[ atoms ]
;id type resnr residu atom cgnr charge
;mapping to keep molecule symmetric and use small beads.
;Bead choice based upon Xaviers.
1 SP1b 1 ZIN NA 1 -0.20
2 SC3 1 ZIN CHA 2 0.00
3 SP1b 1 ZIN NB 3 -0.20
4 SC3 1 ZIN CHB 4 0.00
5 SP1b 1 ZIN NC 5 -0.20
6 SC3 1 ZIN CHC 6 0.00
7 SP1b 1 ZIN ND 7 -0.20
8 SC3 1 ZIN CHD 8 0.00
9 SQ0b 1 ZIN ZIN 9 0.80
10 SC3 3 AROM A1 10 0
11 SC3 3 AROM A2 11 0
12 SC3 3 AROM A3 12 0
13 SP3 3 PEPT P1 13 0
14 SC3 3 AROM A4 14 0
15 SC3 3 AROM A5 15 0
16 SC3 3 AROM A6 16 0
;
17 N0 4 DITO D1 17 0
18 C1 4 DITO D2 18 0
19 C1 4 DITO D3 19 0
;
20 N0 4 DITO D1 21 0
21 C1 4 DITO D2 22 0
22 C1 4 DITO D3 23 0
;
23 N0 4 DITO D1 25 0
24 C1 4 DITO D2 26 0
25 C1 4 DITO D3 27 0
;
26 SC3 3 AROM A1 29 0
27 SC3 3 AROM A2 30 0
28 SC3 3 AROM A3 31 0
29 SP3 3 PEPT P1 32 0
30 SC3 3 AROM A4 33 0
31 SC3 3 AROM A5 34 0
32 SC3 3 AROM A6 35 0
;
33 N0 4 DITO D1 36 0
34 C1 4 DITO D2 37 0
35 C1 4 DITO D3 38 0
;
36 N0 4 DITO D1 40 0
37 C1 4 DITO D2 41 0
38 C1 4 DITO D3 42 0
39 N0 4 DITO D1 44 0
40 C1 4 DITO D2 45 0
41 C1 4 DITO D3 46 0
;
42 SC3 3 AROM A1 48 0
43 SC3 3 AROM A2 49 0
44 SC3 3 AROM A3 50 0
45 SP3 3 PEPT P1 51 0
46 SC3 3 AROM A4 52 0
47 SC3 3 AROM A5 53 0
48 SC3 3 AROM A6 54 0
;
49 N0 4 DITO D1 55 0
50 C1 4 DITO D2 56 0
51 C1 4 DITO D3 57 0
;
52 N0 4 DITO D1 59 0
53 C1 4 DITO D2 60 0
54 C1 4 DITO D3 61 0
;
55 N0 4 DITO D1 63 0
56 C1 4 DITO D2 64 0
57 C1 4 DITO D3 65 0
;
58 SC3 3 AROM A1 67 0
59 SC3 3 AROM A2 68 0
60 SC3 3 AROM A3 69 0
61 SP3 3 PEPT P1 70 0
62 SC3 3 AROM A4 71 0
63 SC3 3 AROM A5 72 0
64 SC3 3 AROM A6 73 0
;
65 N0 4 DITO D1 74 0
66 C1 4 DITO D2 75 0
67 C1 4 DITO D3 76 0
;
68 N0 4 DITO D1 78 0
69 C1 4 DITO D2 79 0
70 C1 4 DITO D3 80 0
;
71 N0 4 DITO D1 82 0
72 C1 4 DITO D2 83 0
73 C1 4 DITO D3 84 0
;
74 SC1 1 HEM LAT 86 0.00
75 SC1 1 HEM LAT 87 0.00
76 SC1 1 HEM LAT 88 0.00
77 SC1 1 HEM LAT 89 0.00
[ bonds ]
2 74 1 0.3 10000
2 75 1 0.3 10000
4 75 1 0.3 10000
4 76 1 0.3 10000
6 76 1 0.3 10000
6 77 1 0.3 10000
8 77 1 0.3 10000
8 74 1 0.3 10000
;collegamento braccia-cuore
8 10 1 0.34 10000
8 11 1 0.34 10000
6 26 1 0.34 10000
6 27 1 0.34 10000
4 42 1 0.34 10000
4 43 1 0.34 10000
2 58 1 0.34 10000
2 59 1 0.34 10000
;braccio1
10 11 1 0.27 10000
10 12 1 0.27 10000
11 12 1 0.27 10000
12 13 1 0.31 10000
13 14 1 0.31 10000
14 15 1 0.27 10000
14 16 1 0.27 10000
15 16 1 0.27 10000
;
15 17 1 0.4 10000
17 18 1 0.46 2000
18 19 1 0.46 2000
;
15 20 1 0.4 10000
16 20 1 0.4 10000
20 21 1 0.46 2000
21 22 1 0.46 2000
;
16 23 1 0.4 10000
23 24 1 0.46 2000
24 25 1 0.46 2000
;braccio2
26 27 1 0.27 10000
26 28 1 0.27 10000
27 28 1 0.27 10000
28 29 1 0.31 10000
29 30 1 0.31 10000
30 31 1 0.27 10000
30 32 1 0.27 10000
31 32 1 0.27 10000
;
31 33 1 0.4 10000
33 34 1 0.46 2000
34 35 1 0.46 2000
;
32 36 1 0.4 10000
31 36 1 0.4 10000
36 37 1 0.46 2000
37 38 1 0.46 2000
;
32 39 1 0.4 10000
39 40 1 0.46 2000
40 41 1 0.46 2000
;braccio3
42 43 1 0.27 10000
42 44 1 0.27 10000
43 44 1 0.27 10000
44 45 1 0.31 10000
45 46 1 0.31 10000
46 47 1 0.27 10000
46 48 1 0.27 10000
47 48 1 0.27 10000
;
47 49 1 0.4 10000
49 50 1 0.46 2000
50 51 1 0.46 2000
;
47 52 1 0.4 10000
48 52 1 0.4 10000
52 53 1 0.46 2000
53 54 1 0.46 2000
;
48 55 1 0.4 10000
55 56 1 0.46 2000
56 57 1 0.46 2000
;braccio4
58 59 1 0.27 10000
58 60 1 0.27 10000
59 60 1 0.27 10000
60 61 1 0.31 10000
61 62 1 0.31 10000
62 63 1 0.27 10000
62 64 1 0.27 10000
63 64 1 0.27 10000
;
63 65 1 0.4 10000
65 66 1 0.46 2000
66 67 1 0.46 2000
;
63 68 1 0.4 10000
64 68 1 0.4 10000
68 69 1 0.46 2000
69 70 1 0.46 2000
;
64 71 1 0.4 10000
71 72 1 0.46 2000
72 73 1 0.46 2000
[ constraints ]
1 2 1 0.219 10000
2 3 1 0.219 10000
3 4 1 0.219 10000
4 5 1 0.219 10000
5 6 1 0.219 10000
6 7 1 0.219 10000
7 8 1 0.219 10000
8 1 1 0.219 10000
1 5 1 0.471 10000
3 7 1 0.471 10000
2 4 1 0.436 10000
4 6 1 0.436 10000
6 8 1 0.436 10000
8 2 1 0.436 10000
1 9 1 0.239 10000
3 9 1 0.239 10000
5 9 1 0.239 10000
7 9 1 0.239 10000
[ angles ]
1 2 3 2 99 1150 ;
3 4 5 2 99 1150 ;
5 6 7 2 99 1150 ;
7 8 1 2 99 1150 ;
9 1 74 2 180 1000 ;
9 3 75 2 180 1000 ;
9 5 76 2 180 1000 ;
9 7 77 2 180 1000 ;
;collegamento braccia-cuore
;fasullo
9 2 60 2 180 10
9 4 44 2 180 10
9 6 28 2 180 10
9 8 12 2 180 10
;
;sinistroedestro
; 74 2 10 2 65 10
; 74 2 11 2 115 10
; 75 4 29 2 65 10
; 75 4 30 2 115 10
; 76 6 48 2 65 10
; 76 6 49 2 115 10
; 77 8 67 2 65 10
; 77 8 68 2 115 10
;
;ang2_mod
8 12 13 2 180 5
6 27 28 2 180 5
4 44 45 2 180 5
2 60 61 2 180 5
;ang3
12 13 14 2 180 5
28 29 30 2 180 5
44 45 46 2 180 5
60 61 62 2 180 5
;ang5
13 14 15 2 150 10
29 30 31 2 150 10
45 46 47 2 150 10
61 62 63 2 150 10
;ang6
14 15 17 2 150 10
14 16 23 2 150 10
30 31 33 2 150 10
30 32 39 2 150 10
46 47 49 2 150 10
46 48 55 2 150 10
62 63 65 2 150 10
62 64 71 2 150 10
;ang7
14 15 20 2 130 10
14 16 20 2 130 10
30 31 36 2 130 10
30 32 36 2 130 10
46 47 52 2 130 10
46 48 52 2 130 10
62 63 68 2 130 10
62 64 68 2 130 10
;ang8
15 17 18 2 150 5
16 23 24 2 150 5
15 20 21 2 150 5
16 20 21 2 150 5
31 33 34 2 150 5
32 39 40 2 150 5
31 36 37 2 150 5
32 36 37 2 150 5
47 49 50 2 150 5
48 55 56 2 150 5
47 52 53 2 150 5
48 52 53 2 150 5
63 65 66 2 150 5
64 71 72 2 150 5
63 68 69 2 150 5
64 68 69 2 150 5
;ang9e10
17 18 19 2 180 25
20 21 22 2 180 25
23 24 25 2 180 25
;
33 34 35 2 180 25
36 37 38 2 180 25
39 40 41 2 180 25
;
49 50 51 2 180 25
52 53 54 2 180 25
55 56 57 2 180 25
;
62 66 67 2 180 25
68 69 70 2 180 25
71 72 73 2 180 25
;
[ dihedrals ]
9 1 3 5 2 0.0 2000.0
9 3 5 7 2 0.0 2000.0
9 5 7 1 2 0.0 2000.0
9 7 1 3 2 0.0 2000.0
8 10 11 12 2 180.0 50.0
6 26 27 28 2 180.0 50.0
4 42 43 44 2 180.0 50.0
2 58 59 60 2 180.0 50.0
[ exclusions ]
;Almost everything is excluded because it is such a cramped molecule
1 2 3 4 5 6 7 8 9 74 75 76 77
2 3 4 5 6 7 8 9 74 75 76 77
3 4 5 6 7 8 9 74 75 76 77
4 5 6 7 8 9 74 75 76 77
5 6 7 8 9 74 75 76 77
6 7 8 9 74 75 76 77
7 8 9 74 75 76 77
8 9 74 75 76 77
9 74 75 76 77
74 75 76 77
75 76 77
76 77
10 1 3 5 7 74 75 76 77
11 1 3 5 7 74 75 76 77
26 1 3 5 7 74 75 76 77
27 1 3 5 7 74 75 76 77
42 1 3 5 7 74 75 76 77
43 1 3 5 7 74 75 76 77
58 1 3 5 7 74 75 76 77
59 1 3 5 7 74 75 76 77