Skip to content

Latest commit

 

History

History
294 lines (269 loc) · 16.8 KB

DEPRECATED.md

File metadata and controls

294 lines (269 loc) · 16.8 KB
Raw

Ensembl Funcgen Deprecated Methods

This file contains the list of methods, modules and scripts deprecated in the Ensembl Funcgen API. A method is deprecated when it is not functional any more (schema/data change) or has been replaced by a better one. When a method is deprecated, a deprecation warning is thrown whenever the method is used.

To be removed in Ensembl Release 109

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::get_all_overlapping_Peaks()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::get_all_overlapping_Peaks_by_Epigenome()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MotifFeatureAdaptor::_fetch_all_overlapping_Peaks()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MotifFeatureAdaptor::_fetch_all_overlapping_Peaks_by_Epigenome()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MotifFeatureAdaptor::store_associated_Peak()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::_constructor_parameters()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::dbID()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::adaptor()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::peak_calling_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::summit()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::score()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::start()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::end()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::seq_region_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::seq_region_start()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::seq_region_end()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::seq_region_strand()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::strand()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::slice()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::get_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::set_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::display_label()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::display_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::get_all_MotifFeatures()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::seq_region_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::feature_so_acc()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::feature_so_term()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::summary_as_hash()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::object_class()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::_tables()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::insertion_method()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::_columns()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::fetch_all_by_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::fetch_all_by_Slice_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::_fetch_overlapping_MotifFeatures()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::_parse_bed_line()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::PeakAdaptor::_bulk_export_to_bed_by_PeakCalling()

Removed in EnsEMBL Release 104

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::FeatureType::so_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_Analysis()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_Chance()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_control_Alignment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_Epigenome()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_Experiment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_FeatureType()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_Frip()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_Idr()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_PeakCallingStatistic()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_signal_Alignment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::fetch_source_label()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_all_deduplicated_replicate_Alignments()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_all_ReadFileExperimentalConfigurations()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_all_ReadFiles()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_Analysis()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_bam_DataFile()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_bigwig_DataFile()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_Chance_by_control_Alignment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_Experiment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_PhantomPeak()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::fetch_source_Alignment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryBuild:fetch_Analysis()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryBuild:fetch_FeatureType()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryBuild:fetch_sample_RegulatoryFeature()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::SegmentationStateEmission:fetch_segmentation_state_assignment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Frip:fetch_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Idr:fetch_Experiment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeTranscriptMapping:fetch_Probe()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeSetTranscriptMapping:fetch_ProbeSet()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeFeatureTranscriptMapping:fetch_ProbeFeature()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCallingStatistic:fetch_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PhantomPeak:fetch_Alignment()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PhantomPeak:fetch_Idr()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ReadFile::fetch_FastQC()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ReadFile::fetch_mate_ReadFile()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ReadFile::fetch_ReadFileExperimentalConfiguration()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Probe::fetch_all_ProbeTranscriptMappings()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeSet:fetch_all_ProbeSetTranscriptMappings()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Chance::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DataFile::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExampleFeature::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExecutionPlan::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::FastQC::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Frip::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Idr::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCalling::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PeakCallingStatistic::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::PhantomPeak::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeMapping::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeMappingStatistic::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ReadFile::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ReadFileExperimentalConfiguration::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryActivity::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryBuildStatistic::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Segmentation::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::SegmentationStateAssignment::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::SegmentationStateEmission::db()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::SegmentationStatistic::db()

Removed in EnsEMBL Release 101

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrixFrequencies::binding_matrix
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::binding_matrix
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::EpigenomeAdaptor::fetch_by_display_label()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Epigenome::display_label()

Removed in EnsEMBL Release 100

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::fetch_overlapping_Peak_by_Epigenome()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::fetch_all_overlapping_Peaks()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MotifFeatureAdaptor::fetch_all_by_Slice_Epigenome()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::fetch_PeakCalling()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::get_underlying_structure()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Peak::fetch_all_MotifFeatures()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::fetch_all_MotifFeatures()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::fetch_all_MotifFeatures_with_matching_Peak()

Removed in EnsEMBL Release 99

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Alignment::db

Removed in EnsEMBL Release 97

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::fetch_all_MotifFeatures_by_Epigenome()

Removed in EnsEMBL Release 94

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::feature_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::description()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::analysis()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::frequencies()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::_build_matrix()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::_validate_matrix()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::frequency_matrix()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::weight_matrix()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::matrix()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::weights()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::_process_frequency_matrix()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::_compute_base_weight()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::info_content()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::feature_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::display_label()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::associated_annotated_features()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature::interdb_stable_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::BindingMatrixAdaptor::fetch_all_by_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::BindingMatrixAdaptor::fetch_all_by_name_FeatureType()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::BindingMatrixAdaptor::fetch_all_by_FeatureType()

Removed in Ensembl Release 93

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Epigenome::ontology_accession()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Epigenome::tissue()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Probe::get_complete_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::is_projected()

Removed in Ensembl Release 92

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryActivity::regulatory_evidence()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::regulatory_evidence()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ProbeAdaptor::fetch_all_by_external_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ProbeSetAdaptor::fetch_all_by_external_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ProbeSetAdaptor::fetch_by_array_probeset_name()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Probe::get_all_Transcript_DBEntries()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeSetTranscriptMapping::display_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeSetTranscriptMapping::linkage_annotation()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeTranscriptMapping::display_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeTranscriptMapping::linkage_annotation()

Removed in Ensembl Release 90

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::RegulatoryFeatureAdaptor::fetch_all_by_Slice_Epigenomes()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::RegulatoryFeatureAdaptor::fetch_all_by_Slice_Epigenomes_Activity()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::RegulatoryFeatureAdaptor::fetch_all_by_Slice_Activity()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::FeatureSetAdaptor::fetch_attribute_set_config_by_FeatureSet()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::FeatureSet::is_attribute_set()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::InputSet
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::Bed
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::GFF
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::InputSet
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::MAGE
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::Nimblegen

Removed in Ensembl Release 89

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::ResultSet::replicate()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::CellTypeAdaptor
  • Bio::Ensembl::Funcgen::CellType
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DataSet::cell_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Experiment::cell_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Importer::cell_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::SetFeature::cell_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Set::cell_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Epigenome::efo_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Experiment::primary_design_type()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Experiment::description()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Experiment::mage_xml()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::Experiment::mage_xml_id()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::cell_type_count()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ExperimentAdaptor::fetch_all_by_CellType()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MotifFeatureAdaptor::fetch_all_by_Slice_CellType()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::SetAdaptor::fetch_all_by_CellType()
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::get_focus_attributes
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::get_nonfocus_attributes
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::is_unique_to_FeatureSets
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature::get_other_RegulatoryFeatures
  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeatureAdaptor::fetch_all_by_stable_ID

Removed in Ensembl Release 88

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Channel
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ChannelAdaptor
  • Bio::Ensembl::Funcgen::ExperimentalChip
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ExperimentalChipAdaptor
  • Bio::Ensembl::Funcgen::InputSet
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::InputSetAdaptor
  • Bio::Ensembl::Funcgen::ResultFeature
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor
  • Bio::Ensembl::Funcgen::Collector::ResultFeature

Removed in Ensembl Release 86

  • Bio::Ensembl::Funcgen::ResultSet::get_ResultFeatures_by_Slice

Removed in Ensembl Release 85

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Experiment::date()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::ResultSet::get_replicate_set_by_chip_channel_id()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::BaseAdaptor::list_dbIDs()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::BaseAdaptor::_constrain_status()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::BaseAdaptor::fetch_all_by_status()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor::list_regulatory_feature_ids_by_extid()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor::list_probeset_ids_by_extid()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor::list_feature_type_ids_by_extid()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor::list_external_feature_ids_by_extid()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor::list_annotated_feature_ids_by_extid()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor::list_probe_ids_by_extid()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::FeatureSetAdaptor::fetch_all_by_type()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::InputSubsetAdaptor::fetch_by_name_and_experiment()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ProbeFeatureAdaptor::fetch_all_by_probeset()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor::fetch_all()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor::fetch_by_dbID()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor::fetch_all_by_dbID_list()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor::fetch_all_by_logic_name()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor::_list_seq_region_ids()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultSetAdaptor::store_dbfile_data_dir()
  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::ResultSetAdaptor::_fetch_dbfile_data_dir()

Removed in Ensembl Release 84

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Dataset::add_supporting_sets()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Dataset::_validate_and_set_types()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::InputSubset::input_set()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::InputSubset::archive_id()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::InputSubset::display_url()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Probe::add_Analysis_score()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Probe::add_Analysis_CoordSystem_score()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Probe::get_score_by_Analysis()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Probe::get_score_by_Analysis_CoordSystem()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::Probe::get_all_design_scores()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::DBSQL::DataSetAdaptor::store_updated_sets()

  • Bio::Ensembl::Funcgen::HiveConfig::Alignment_conf.pm

  • Bio::Ensembl::Funcgen::HiveConfig::Peaks_conf.pm

  • Bio::Ensembl::Funcgen::HiveConfig::Annotation_conf.pm

  • Bio::Ensembl::Funcgen::HiveConfig::Dnase_profile_conf.pm

  • Bio::Ensembl::Funcgen::HiveConfig::MotifFinder_conf.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Alignment.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::AnnotateRegulatoryFeatures.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Annotation.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::ClusterMotifs.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::ConvergeReplicates.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Funcgen.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Import.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::InferMotifs.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::MakeDnaseProfile.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Motif.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunBWA.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunCCAT.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunCentipede.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunMACS.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunSWEmbl.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SWEmbl.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupAlignmentPipeline.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupAnnotationPipeline.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupMotifInference.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupPeaksPipeline.pm

  • Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::WrapUpAlignment.pm

  • scripts/pipeline/configure_hive.pl

  • scripts/regulatory_build/load_segmentation.pl

  • scripts/regulatory_build/unpack_swilder_segmentation.pl