From 4193ded7860fecc9ecfe1d263a5d8bdf76321ea4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: DylanCarbone Date: Tue, 11 Jun 2024 17:08:34 +0100 Subject: [PATCH] fix to detect jags break; --- .gitignore | 3 +- Custom_Wts.txt | 1000 ----------------------------------------------- DESCRIPTION | 3 +- NAMESPACE | 1 + R/detect_jags.r | 3 +- 5 files changed, 7 insertions(+), 1003 deletions(-) delete mode 100644 Custom_Wts.txt diff --git a/.gitignore b/.gitignore index a86a340..5234e3a 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -18,4 +18,5 @@ inst/JAGS vignettes/wincomm.cmd vignettes/myFolder vignettes/vignette_cache -benchmarking \ No newline at end of file +benchmarking +Custom_Wts.txt diff --git a/Custom_Wts.txt b/Custom_Wts.txt deleted file mode 100644 index a43c36e..0000000 --- a/Custom_Wts.txt +++ /dev/null @@ -1,1000 +0,0 @@ -A51 A100 0.0000 -A51 A13 0.0618 -A51 A27 0.0835 -A51 A36 0.1425 -A51 A40 0.9510 -A51 A44 0.0763 -A51 A47 0.0130 -A51 A49 0.0749 -A51 A51 1.0000 -A51 A54 0.2952 -A87 A25 0.1532 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+37,7 @@ import(LearnBayes) import(gdata) import(ggplot2) import(lme4) +import(rjags) import(rmarkdown) import(sp) importFrom(boot,inv.logit) diff --git a/R/detect_jags.r b/R/detect_jags.r index 449cccf..9b21a0d 100644 --- a/R/detect_jags.r +++ b/R/detect_jags.r @@ -1,5 +1,6 @@ -# Internal function to detect JAGS installation. +# Internal function to detect JAGS installation. Note rjags is needed to detect the JAGS installation #' @importFrom runjags testjags +#' @import rjags #' detect_jags <- function(){ return(suppressWarnings(runjags::testjags(silent = TRUE)$JAGS.found))