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100755 index 0000000..88c1f55 --- /dev/null +++ b/.github/scripts/check_outputs.py @@ -0,0 +1,116 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +import argparse +import csv +import glob +import json +import os +import urllib.request + +from jsonschema import validate +import yaml + + +def check_provenance_format_valid(provenance_files, schema): + """ + Check that the provenance files are valid according to the schema. + """ + for provenance_file in provenance_files: + with open(provenance_file) as f: + try: + provenance = yaml.load(f, Loader=yaml.BaseLoader) + validate(provenance, schema) + except Exception as e: + print(f"Error validating {provenance_file}: {e}") + exit(1) + return False + + return True + +def check_expected_files_exist(output_dir, sample_ids): + """ + Check that the expected files exist in the output directory. + + :param output_dir: Path to the output directory + :param sample_ids: List of sample IDs + :return: True if all expected files exist, False otherwise + :rtype: bool + """ + for sample_id in sample_ids: + expected_files = [ + f"{sample_id}/{sample_id}_fastp.csv", + f"{sample_id}/{sample_id}_fastp.json", + f"{sample_id}/{sample_id}_short.bam", + f"{sample_id}/{sample_id}_short.bam.bai", + f"{sample_id}/{sample_id}_short_combined_alignment_qc.csv", + f"{sample_id}/{sample_id}_short_depths.tsv", + f"{sample_id}/{sample_id}_short_freebayes.vcf", + f"{sample_id}/{sample_id}_short_low_coverage_regions.bed", + ] + + for expected_file in expected_files: + expected_file_path = os.path.join(output_dir, expected_file) + if not os.path.exists(expected_file_path): + print(f"Expected file {expected_file_path} not found") + return False + + return True + + +def main(args): + + output_dir = os.path.dirname(args.output) + os.makedirs(output_dir, exist_ok=True) + + provenance_schema_url = "https://raw.githubusercontent.com/BCCDC-PHL/pipeline-provenance-schema/main/schema/pipeline-provenance.json" + provenance_schema_path = ".github/data/pipeline-provenance.json" + urllib.request.urlretrieve(provenance_schema_url, provenance_schema_path) + + provenance_schema = None + with open(provenance_schema_path) as f: + provenance_schema = json.load(f) + + provenace_files_glob = f"{args.pipeline_outdir}/**/*_provenance.yml" + provenance_files = glob.glob(provenace_files_glob, recursive=True) + + sample_ids = [os.path.basename(provenance_file).split("_")[0] for provenance_file in provenance_files] + + # TODO: Add more tests + tests = [ + { + "test_name": "provenance_format_valid", + "test_passed": check_provenance_format_valid(provenance_files, provenance_schema), + }, + { + "test_name": "all_expected_files_exist", + "test_passed": check_expected_files_exist(args.pipeline_outdir, sample_ids), + }, + ] + + output_fields = [ + "test_name", + "test_result" + ] + + output_path = args.output + with open(output_path, 'w') as f: + writer = csv.DictWriter(f, fieldnames=output_fields, extrasaction='ignore') + writer.writeheader() + for test in tests: + if test["test_passed"]: + test["test_result"] = "PASS" + else: + test["test_result"] = "FAIL" + writer.writerow(test) + + for test in tests: + if not test['test_passed']: + exit(1) + + +if __name__ == '__main__': + parser = argparse.ArgumentParser(description='Check outputs') + parser.add_argument('--pipeline-outdir', type=str, help='Path to the pipeline output directory') + parser.add_argument('-o', '--output', type=str, help='Path to the output file') + args = parser.parse_args() + main(args) diff --git a/.github/scripts/check_outputs.sh b/.github/scripts/check_outputs.sh new file mode 100755 index 0000000..3f4b54a --- /dev/null +++ b/.github/scripts/check_outputs.sh @@ -0,0 +1,12 @@ +#!/usr/bin/env bash + +set -e -o pipefail + +source ${HOME}/.bashrc + +eval "$(conda shell.bash hook)" + +conda activate check-outputs + + +.github/scripts/check_outputs.py --pipeline-outdir .github/data/test_output -o artifacts/check_outputs_results.csv diff --git a/.github/scripts/create_art_environment.sh b/.github/scripts/create_art_environment.sh new file mode 100755 index 0000000..d393421 --- /dev/null +++ b/.github/scripts/create_art_environment.sh @@ -0,0 +1,3 @@ +#!/bin/bash + +conda env create -f .github/environments/art.yml diff --git a/.github/scripts/create_output_checking_environment.sh b/.github/scripts/create_output_checking_environment.sh new file mode 100755 index 0000000..0f9a4a4 --- /dev/null +++ b/.github/scripts/create_output_checking_environment.sh @@ -0,0 +1,3 @@ +#!/bin/bash + +conda env create -f .github/environments/check-outputs.yml diff --git a/.github/scripts/download_refs.sh b/.github/scripts/download_refs.sh new file mode 100755 index 0000000..4427fca --- /dev/null +++ b/.github/scripts/download_refs.sh @@ -0,0 +1,6 @@ +#!/bin/bash + +mkdir -p .github/data/refs + +curl -o .github/data/refs/NC_000962.3.fa "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&id=NC_000962.3&db=nucleotide&rettype=fasta" +curl -o .github/data/refs/NC_002973.6.fa "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&id=NC_002973.6&db=nucleotide&rettype=fasta" diff --git a/.github/scripts/install_nextflow.sh b/.github/scripts/install_nextflow.sh index 2bfa4c7..ae5cde8 100644 --- a/.github/scripts/install_nextflow.sh +++ b/.github/scripts/install_nextflow.sh @@ -1,12 +1,11 @@ #!/bin/bash -set -eo pipefail -echo Install Nextflow .. >> artifacts/test_artifact.log +set -eo pipefail -wget -qO- https://get.nextflow.io | bash +artifacts_dir="artifacts" -mkdir -p /opt/nextflow/bin +echo Install Nextflow .. >> ${artifacts_dir}/test.log -mv nextflow /opt/nextflow/bin +wget -qO- https://get.nextflow.io | bash -echo "export PATH=/opt/nextflow/bin:$PATH" >> ~/.bashrc +sudo mv nextflow /usr/local/bin/ diff --git a/.github/scripts/prepare_artifacts.sh b/.github/scripts/prepare_artifacts.sh new file mode 100755 index 0000000..2ac7069 --- /dev/null +++ b/.github/scripts/prepare_artifacts.sh @@ -0,0 +1,13 @@ +#!/bin/bash + +artifacts_dir="artifacts" + +echo "Prepare artifacts .." >> ${artifacts_dir}/test.log + +mkdir -p ${artifacts_dir}/fastq + +mv .github/data/fastq/*.fastq.gz ${artifacts_dir}/fastq + +mkdir -p ${artifacts_dir}/pipeline_outputs + +mv .github/data/test_output/* ${artifacts_dir}/pipeline_outputs diff --git a/.github/scripts/run_pipeline.sh b/.github/scripts/run_pipeline.sh new file mode 100755 index 0000000..63c7681 --- /dev/null +++ b/.github/scripts/run_pipeline.sh @@ -0,0 +1,21 @@ +#!/bin/bash + +set -eo pipefail + +sed -i 's/cpus = 8/cpus = 4/g' nextflow.config +sed -i 's/cpus = 12/cpus = 4/g' nextflow.config +sed -i 's/cpus = 16/cpus = 4/g' nextflow.config +sed -i 's/cpus = 24/cpus = 4/g' nextflow.config +sed -i 's/cpus = 24/cpus = 4/g' nextflow.config +sed -i "s/memory = '36G'/memory = '2G'/g" nextflow.config + +nextflow run main.nf \ + -profile conda \ + --cache ${HOME}/.conda/envs \ + --fastq_input .github/data/fastq \ + --outdir .github/data/test_output \ + --min_depth 5 \ + --ref .github/data/refs/NC_000962.3.fa \ + --collect_outputs \ + -with-report .github/data/test_output/nextflow_report.html \ + -with-trace .github/data/test_output/nextflow_trace.tsv diff --git a/.github/scripts/simulate_reads.sh b/.github/scripts/simulate_reads.sh new file mode 100755 index 0000000..7001cce --- /dev/null +++ b/.github/scripts/simulate_reads.sh @@ -0,0 +1,35 @@ +#!/bin/bash + + +source ${HOME}/.bashrc + +eval "$(conda shell.bash hook)" + +conda activate art + +mkdir -p .github/data/fastq + +while IFS=',' read -r sample_id assembly; do + art_illumina \ + --paired \ + --in ${assembly} \ + --fcov 12 \ + --len 150 \ + --mflen 400 \ + --sdev 100 \ + --rndSeed 42 \ + --qShift 0 \ + --qShift2 0 \ + --out .github/data/fastq/${sample_id}_R + + rm -f .github/data/fastq/${sample_id}_R1.aln + rm -f .github/data/fastq/${sample_id}_R2.aln + + mv .github/data/fastq/${sample_id}_R1.fq .github/data/fastq/${sample_id}_R1.fastq + mv .github/data/fastq/${sample_id}_R2.fq .github/data/fastq/${sample_id}_R2.fastq + + gzip -f .github/data/fastq/${sample_id}_R1.fastq + gzip -f .github/data/fastq/${sample_id}_R2.fastq + +done < .github/data/reads_to_simulate.csv + diff --git a/.github/scripts/test_against_previous_release.sh b/.github/scripts/test_against_previous_release.sh deleted file mode 100755 index db8245d..0000000 --- a/.github/scripts/test_against_previous_release.sh +++ /dev/null @@ -1,87 +0,0 @@ -#!/bin/bash - -set -eo pipefail - -export PATH=/opt/miniconda3/bin:$PATH -export PATH=/opt/nextflow/bin:$PATH - -# the github runner only has 2 cpus available, so replace for that commit required: -sed -i s'/cpus = 24/cpus = 2/'g nextflow.config -sed -i s'/cpus = 12/cpus = 2/'g nextflow.config -sed -i s'/cpus = 16/cpus = 2/'g nextflow.config -sed -i s"/memory = '36G'/memory = '256M'/"g nextflow.config - -mkdir -p artifacts - -# write test log as github Action artifact -echo Nextflow run current PR >> artifacts/test_artifact.log -NXF_VER=21.04.3 nextflow run ./main.nf \ - -profile conda \ - --cache ~/.conda/envs \ - --fastq_input $PWD/.github/data/fastqs/MN908947.3 \ - --fastq_input_long $PWD/.github/data/fastqs/MN908947.3 \ - --ref $PWD/.github/data/refs/MN908947.3/MN908947.3.fa \ - --min_depth 4 \ - --qualimap_coverage_histogram_limit 50 \ - --coverage_by_depth_limit 20 \ - --collect_outputs \ - --outdir $PWD/output \ - -with-trace $PWD/output/trace.tsv - -cp .nextflow.log artifacts/pull_request.nextflow.log -cp output/trace.tsv artifacts/pull_request.trace.tsv -cp -r output artifacts/pull_request_results - -# run tests against previous previous_release to compare outputs -git clone https://github.com/dfornika/alignment-variants.git previous_release -cd previous_release -git checkout 51afc5fac3dc3962baed1316ae640ecb2837c1b3 - -# the github runner only has 2 cpus available, so replace for that commit required: -sed -i s'/cpus = 24/cpus = 2/'g nextflow.config -sed -i s'/cpus = 12/cpus = 2/'g nextflow.config -sed -i s'/cpus = 16/cpus = 2/'g nextflow.config -sed -i s"/memory = '36G'/memory = '256M'/"g nextflow.config - -echo Nextflow run previous release.. >> ../artifacts/test_artifact.log -NXF_VER=21.04.3 nextflow run ./main.nf \ - -profile conda \ - --cache ~/.conda/envs \ - --fastq_input $PWD/../.github/data/fastqs/MN908947.3 \ - --fastq_input_long $PWD/../.github/data/fastqs/MN908947.3 \ - --ref $PWD/../.github/data/refs/MN908947.3/MN908947.3.fa \ - --min_depth 4 \ - --qualimap_coverage_histogram_limit 50 \ - --coverage_by_depth_limit 20 \ - --collect_outputs \ - --outdir $PWD/output \ - -with-trace $PWD/output/trace.tsv - -cp .nextflow.log ../artifacts/previous_release.nextflow.log -cp -r output ../artifacts/previous_release_results - -cd .. - -# exclude files from comparison -# and list differences -echo "Compare ouputs of current PR vs those of previous release.." >> artifacts/test_artifact.log -find output ./previous_release/output \ - -name "*.fq.gz" \ - -o -name "*.bam" \ - -o -name "*.bam.bai" \ - -o -name "*.vcf" \ - -o -name "*.pdf" \ - -o -name "trace.tsv" \ - -o -name "*_provenance.yml" \ - | xargs rm -rf -if ! git diff --stat --no-index output ./previous_release/output > diffs.txt ; then - echo "test failed: differences found between PR and previous release" >> artifacts/test_artifact.log - echo "see diffs.txt" >> artifacts/test_artifact.log - cp diffs.txt artifacts/ - exit 1 -else - echo "no differences found between PR and previous release" >> artifacts/test_artifact.log -fi - -# clean-up for following tests -rm -rf previous_release && rm -rf output && rm -rf .nextflow* diff --git a/.github/workflows/pull_request.yml b/.github/workflows/pull_request.yml deleted file mode 100644 index 21b184d..0000000 --- a/.github/workflows/pull_request.yml +++ /dev/null @@ -1,28 +0,0 @@ -on: - pull_request: - branches: - - main - workflow_dispatch: -name: Tests -jobs: - test: - name: Run tests - runs-on: ubuntu-latest - steps: - - uses: actions/checkout@master - - name: create artifacts dir to save test logs - run: mkdir artifacts - - name: Install Miniconda - run: bash .github/scripts/install_conda.sh - - name: Install Nextflow - run: bash .github/scripts/install_nextflow.sh - - name: Test against previous release - run: bash .github/scripts/test_against_previous_release.sh - - name: if failure, add latest NF log to artifacts - run: mv .nextflow.log artifacts/failure.nextflow.log && mv work artifacts/work_failed - if: failure() - - uses: actions/upload-artifact@v1 - if: always() - with: - name: test_artifacts - path: artifacts diff --git a/.github/workflows/tests.yml b/.github/workflows/tests.yml new file mode 100644 index 0000000..6ca076d --- /dev/null +++ b/.github/workflows/tests.yml @@ -0,0 +1,47 @@ +on: + pull_request: + branches: + - main + push: + branches: + - main + workflow_dispatch: +name: Tests +jobs: + test: + strategy: + fail-fast: false + matrix: + nextflow_version: ["21.04.3", "23.10.1"] + name: Run tests + runs-on: ubuntu-latest + steps: + - uses: actions/checkout@master + - name: create artifacts dir to save test logs + run: mkdir artifacts + - name: Install Miniconda + run: bash .github/scripts/install_conda.sh + - name: Install Nextflow + env: + NXF_VER: ${{ matrix.nextflow_version }} + run: bash .github/scripts/install_nextflow.sh + - name: Create ART Read-Simulation Environment + run: bash .github/scripts/create_art_environment.sh + - name: Download Assemblies + run: bash .github/scripts/download_refs.sh + - name: Simulate Reads + run: bash .github/scripts/simulate_reads.sh + - name: Run Pipeline + run: bash .github/scripts/run_pipeline.sh + - name: Create Output Checking Environment + run: bash .github/scripts/create_output_checking_environment.sh + - name: Check Outputs + run: bash .github/scripts/check_outputs.sh + - name: Prepare Artifacts + if: always() + run: bash .github/scripts/prepare_artifacts.sh + - uses: actions/upload-artifact@v4 + if: always() + with: + name: artifacts-BCCDC-PHL-alignment-variants-nextflow-v${{ matrix.nextflow_version }}-${{ github.run_id }}.${{ github.run_attempt }} + path: artifacts diff --git a/README.md b/README.md index 52df1d1..4eb3053 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,6 +1,6 @@ # alignment-variants -[![Tests](https://github.com/BCCDC-PHL/alignment-variants/actions/workflows/pull_request.yml/badge.svg)](https://github.com/BCCDC-PHL/alignment-variants/actions/workflows/pull_request.yml) +[![Tests](https://github.com/BCCDC-PHL/alignment-variants/actions/workflows/tests.yml/badge.svg)](https://github.com/BCCDC-PHL/alignment-variants/actions/workflows/tests.yml) A pipeline to align (map) reads against a reference genome, and call variants based on the alignment. diff --git a/nextflow.config b/nextflow.config index 020f737..4641c0a 100644 --- a/nextflow.config +++ b/nextflow.config @@ -58,12 +58,13 @@ def parsePipelineName(name) { } profiles { - conda { - process.conda = "$baseDir/environments/environment.yml" - if (params.cache){ - conda.cacheDir = params.cache - } - } + conda { + conda.enabled = true + process.conda = "$baseDir/environments/environment.yml" + if (params.cache){ + conda.cacheDir = params.cache + } + } } process {