Otro_Comando_Heatmap.txt

library(ggplot2)
library(gplots)
setwd("/media/bioinfo/ToshibaExt/Naranjo_Fastq/HTSeq_Gene/DESeq2/Heatmap")
dge <- read.csv("Completo_Familias.tab", sep="\t")
row.names(dge) <- dge$X
dge <- subset( dge, select = -1 )
dge_matrix <- data.matrix(dge)
my_palette <- colorRampPalette(c("pink", "red"))(n = 25)
heatmap.2(as.matrix(dge_matrix), col=my_palette, breaks = seq(0, n, length.out = 26), density.info="none", cexRow=1,cexCol=1, margins=c(4,10), trace="none", dendrogram='none', symm=F,symkey=T,symbreaks=T, scale="none", Rowv=FALSE, Colv = FALSE)

density.info = etiqueta en la referencia de color
margins = márgenes del gráfico
trace = traza unas lineas en las filas, columnas o ambas (none no traza nada)
dendrogram = agrega o quita el dendrograma
symm = para la simetria del eje X, solo debe ser true si la matriz es cuadrada
scale = tiene que ser none para que respete el valor de las counts de la matriz
breaks = son las divisiones que crea en la leyenda
length.out = siempre tiene que ser mayor por 1 al n seteado en cantidad de colores
symbreaks = hace los cortes simetricos al cero si la matriz tiene valores negativos
symkey = indica si la leyenda de color es o no simetrica al cero
Rowv = indica el orden de las filas. Por defecto TRUE, pero si quiero que mantenga el orden de la matriz, debe ser FALSE
Colv = indica el orden de las columnas. Por defecto TRUE, pero si quiero que mantenga el orden de la matriz, debe ser FALSE

FUNDAMENTAL: CORREGIR MANUALMENTE EL RANGO DE BREAKS, SEGUN EL VALOR MAS GRANDE DE COUNTS EN LA MATRIZ.

> my_palette <- colorRampPalette(c("pink", "red"))(n = 25)
> heatmap.2(as.matrix(dge_matrix), col=my_palette, 
+           breaks = seq(0, 1500, length.out = 26), density.info="none", cexRow=1,cexCol=1, margins=c(4,10), trace="none", dendrogram='none', symm=F,symkey=T,symbreaks=T, scale="none")



heatmap.2(as.matrix(dge_matrix), col=my_palette, 
         breaks = seq(-3, 3, length.out = 101), density.info="none", trace="none", 
         dendrogram='none', symm=F,symkey=T,symbreaks=T, scale="none")
>